島式ホーム1面2線を有する地下駅。開業当時よりホームドアが両方向ホームに設置され、渋谷方面行きホームのみ可動ステップも設置されている。 明治通り直下、諏訪通りとの交差点付近に位置する。コンコースとホーム両端部の一部が開削工法、中央部はシールド工法で建設されている。東西線や神田川を避けるため、駅やトンネルを深く設定した経緯から、ホームは地表から約30 mの深さにある。 改札口はホーム両端付近に別個に設置され、それぞれから明治通りの両側へ、計4か所の出入口が設けられている。なお、出入口の一つは早稲田大学西早稲田キャンパス(旧・大久保キャンパス、理工学術院・各理工学部など)敷地内に設置されている。 当駅の北、約350 mのところ(早稲田通り直下)を東西線が走っているが、副都心線との交点が高田馬場駅から近いこと、また東西線や既存の地下埋設物(ライフラインなど)、神田川を避けることにより生じる勾配な