時計遺伝子(とけいいでんし、英 clock gene)は、概日リズム(体内時計)をつかさどる遺伝子群を指す。動物では period (per)、 Clock (Clk)、cryptochrome (cry) などが知られている。恒常条件(恒常的な暗黒や連続照明)の下で、時計遺伝子に変異が起きたモデル生物は、概日リズムが保てなくなり、活動にリズムがなくなったり(無周期)、短かいリズムや長いリズム(短周期、長周期)で行動するようになる。 日本には「時計遺伝子」を正式に定義されたことは無い[1]。 従来の考え方によれば、時計遺伝子(Clock gene)とは、概日リズムの発生に必要な遺伝子の一群を指す。時計遺伝子は発現に顕著な 24 時間リズムが見られるものが多い(例外もある)。一方で、時計遺伝子以外でも時計による支配を受け 24 時間リズムで発現振動する遺伝子も多く見られ、それらは Clock