STAP細胞論文の筆頭著者だった小保方晴子さんが、早稲田大学に「博士号」を取り消されたことに反発するコメントを出したことについて、早大は11月4日、「事実と異なるいくつかの点と誤解と思われる指摘がある」とする声明を発表した。 小保方さんは「博士号」の取り消し確定が発表された11月2日、「今回の決定には失望している」「学術的な理由とはかけ離れ、社会風潮を重視した結論を出されたことは明らか」などと、早大の判断を批判するコメントを発表していた。 小保方さんが代理人の弁護士を通じて公表したコメントによると、論文指導の担当教官らから「今回は合格する可能性はとても低い」「博士として認めることのできないのは一連の業界の反応を見ても自明なのではないか」と伝えられたという。一方、早大は声明のなかで、担当教官らの発言について「前後の文脈を無視した引用だ」と反論している。 また、論文訂正の指導をめぐって、