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ブックマーク / qiita.com/kojix2 (1)

  • cBioPortalのがんゲノムを可視化してみた - Qiita

    ディレクトリのサイズは全部で 90GB もあるのでダウンロードには時間がかかります。しかしsraファイルを直接ダウンロードして自分で処理する手間や時間を考えたらほぼ 0GBに等しいと言って差し支えないでしょう(強弁)。 がんの変異、RNA発現、コピーナンバー、メチル化のデータをプロットする さて、このように大量にデータを入手してみたら、なんとなく全体像を可視化してみたいと思わないでしょうか? 突然ですが私はRubyが大好きです。Rubyでグラフを描くためのツールGR.rbを自作しています。(正確にはffiを用いたGR FrameworkのRubyバインディングです。) そこで自作のツールを使用して、がんゲノムのデータを大雑把に可視化してみることにしました。 https://qiita.com/kojix2/items/456259f40d5563005cd1 また、データフレームの代用とし

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