Macにおけるroot権限 - ミームの死骸を待ちながら
今まで「コマンドラインからツールのインストールができない」理由がわからなかった（d:id:Hash:20070827）のだが、どうやらMac OS X (僕は10.4.10を使用)ではUnixのrootパスワードが初期状態で未設定になっているらしい。 設定するには「NetInfoマネージャ」を立ち上げ、 セキュリティ > 認証... で、通常ログインパスワードでロックを解除する。次に セキュリティ > ルートパスワードの変更... でrootのパスワードを設定する。セキュリティ的におそらく最後の"鍵"なので、決して忘れない&誰にもわからないものにするのがよさそう。 sudo インストールsuとsudoについて Unixのrootパスワードを設定したことで、コマンドラインからいろいろとインストールが可能になる。とりあえずgnuplotとvim-rubyとBiorubyとptex、なんかをイン
Macでバイオインフォマティクス
use Bio::DB::Fastaを使って、FASTAファイル中から指定したIDの配列をFASTA形式で出力させます。 サンプルではスクリーン出力にしてあります。 #!/usr/bin/perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::Fasta; #スクリーンに出力 $seq_out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*STDOUT, '-format' => 'fasta'); $file = "sample.fasta"; $id = $ARGV[0]; $db = Bio::DB::Fasta->new($file); $seqobj = $db->get_Seq_by_id($id); $seq_out->write_seq($seqobj); ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FastA
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