核内混み合い環境でのヌクレオソーム、クロマチンの機能発現機構HPCI戦略プログラム 分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」 Supercomputational Life Science (SCLS) http://www.scls.riken.jp/ 二重鎖DNAは、遺伝情報の担い手ですが、細胞の核の中では、コンパクトにまとまっており、クロマチンという構造を形成しています。遺伝子が働くためにRNAに転写されるときは、クロマチン構造が緩む必要があります。この構造変化はヒストンの化学修飾などによって制御されています。このような複雑な生命のしくみを研究するために、スーパーコンピュータ「京」の中に、クロマチンを構成するヌクレオソームの立体構造をバーチャルに構築して、運動方程式などの物理法則に基づいた分子動力学シミュレーションを実行することで、クロマチン構造がダイナミックに動く様子をシミュレーションして観察することができるようになりました。
