Rで様々な表を書く。<br />パラメータの多いStanの結果も美しい表に。 – MrUnadon – Bayesian Statistical Modelings with R and Rstan
まずはTwitterでこの記事をシェアする author: Unadon (見習い飯炊き兵) 動作環境:Mac OS Sierra 10.12.1; R version３.３.１; rstan 2.10.1 はじめに Rを使う時、私はわざわざ表など使わず、”head(data)”なんかでデータの確認を済ませてしまったりすることが多いです。 でも、他人と共有するとなると、見せ方を考えなければならない。それで、面倒だけどエクセルにコピペして…とやっていました。 また、Rのコンソールに収まりきれないデータを確認したいときなども、何らかの手立てを考える必要があるとおもいます。 今回は、そんなデータの確認に使える”表の出力”についてまとめていきます。 本稿のお品書き package{DT}: dataframeをHTMLの表に一発変換(データが大きい場合有用) package{knitr}: dat
グラフ描画ggplot2の辞書的まとめ20のコード – MrUnadon – Bayesian Statistical Modelings with R and Rstan
Rによる美しいグラフの作成に欠かせないパッケージ "ggplot2" ですが、 グラフ作成のたびにネット検索したり自分の以前のコードを掘り起こしたりしませんか？ author: Unadon (見習い飯炊き兵) 動作環境:Mac OS Sierra 10.12.1; R version３.３.１; rstan 2.10.1 まずはTwitterでこの記事をシェアする はじめに ggplot2のグラフ作成で迷った時、チートシートやマニュアルは役に立つけど援用しにくいんですよね。「何を言ってるのかわからない」っていうのが結構あります。 「軸ラベル」と「軸タイトル」ってどれがどれなん？など、そういう初歩的なところで引っかかったりして、 目的(こういう図にしたい！)と手段(コード)の間の知識を埋めるのが手間で「もうイヤ！」ってなる。 で、次すぐに忘れてる。 なので、頻繁に使用するggplot２の基
「統計解析ソフトRのスクリプト集」（Ver. 3.0β）公開のお知らせ - 心理発達科学専攻からのお知らせ
石井准教授の作成した「統計解析ソフトRのスクリプト集」の Ver. 3.0βを公開しました。記述統計量の算出の部分を統一的にしたのと、データ例を書籍にあわせて変えています。内容の紹介はこちらの記事をご覧下さい。 統計解析ソフトＲのスクリプト集 (PDF)
統計・R・Stan関連の本、用途別のオススメ10冊 - StatModeling Memorandum
2016 - 12 - 24 統計・R・Stan関連の本、用途別のオススメ10冊 書評 R Stan 年末年始向けに、比較的読みやすい本を中心にオススメします。 統計学 入門 色々読んでみましたが、現在決定版と言えるものは存在しないように思えました。個人的には、シグマと 積分 の復習、場合の数・数え上げの方法、確率、確率変数、確率密度、度数分布と ヒストグラム 、代表値・平均・分散、確率分布、同時分布、周辺分布、確率変数の変数変換、検定、散布図と箱ひげ図、回帰、相関あたりをRなどを使いながらシンプルに説明していく本があるといいと思うのですが、なかなかバランスのとれたいい本がありません。初歩の初歩しか説明してない、グラフが少ない、検定にページを割きすぎ、分厚い、ちょっと難しいなどの不満点があります。立ち読みして自分にあった本を選ぶのがいいと思います。ネットで検索して調べるのでもいいと思います
R言語徹底解説を読む (1) ようこそRプログラミング - 僕らはRを愛しすぎてる
この記事が想定する読者層 もしあなたが「プログラマー」ならば、この記事はまるで不要かもしれません。 ここで言うプログラマーとは、たとえば以下のような習慣を持っている人です。 ほとんど同じ処理をソースコード中に2回以上書いていたら違和感を感じる 出力結果が変わらなくても、実行速度や理解しやすさのためにソースコードを書き直すことがある Gitなどのバージョン管理システムを使うことができ、過去のソースコードを「日付の含まれたファイル名でバージョンごとに別ファイルとして保存しておけばよい」とは考えない 動作テストを自動化し、ソースコードを書き換えてもそれぞれの関数の挙動が意図したものになっているかを確認できる この記事は、ひょんなことからRに出会い、コードをコピペで動かせるようになり、 「いつかコピペじゃないコードが書けるようになりたい」 「他のプログラミング言語もできるようになりたい」 とぼんや
【NGSハンズオン】データ解析環境R - R基礎
本家はこちら http://togotv.dbcls.jp/ja/20151111.html 下記に内容の目次があります。 本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「データ解析環境R - R基礎」をお送りします。約4時間29分です。 1. おさらい (0:05:33) 2. 解析基礎2 (「基本的な利用法」PDF 中) (0:07:38) 3. 作業ディレクトリとフォルダ中のファイルの確認 (0:09:56) 4. コマンド群のコピペと実行結果 (0:15:17) 5. コードの中身の説明 (0:21:48) 6. R コード中の色の使い分けの説明とそれを踏まえた応用例 (0:
初心者でもほぼ無料でR言語を勉強できるコンテンツ10選 - paiza開発日誌
Photo by Hermann Kaser こんにちは。谷口がお送りします。 ITエンジニアの方の中には「R言語を学習したい」という方も多くいらっしゃるかと思います。 R言語は、データ分析やデータ処理に特化したオープンソースのプログラミング言語です。システムを開発をする他のプログラムミング言語とは位置付けが異なり、統計解析機能が付いていて、解析処理やその結果をグラフィカルに表示することができます。 そのため、多量のデータ解析が求められるソーシャルゲームの解析や、リサーチ、データマイニング、アソシエーション分析が必要な業務の求人が増えています。 また近年データサイエンティストが注目されていることもあり、今後求人が増えることが予想されます。 そこで今回は、プログラミング未経験～初心者の方が、なるべくコストをかけずにR言語に触れられて、学習に役立てられるコンテンツを10件ご紹介していきます。
統計学・データサイエンスの勉強法
ここ数年、私はデータサイエンスについて学んでいます。おすすめの学習資料を紹介したいと思います。 教師用の教科書と初心者用の教科書 私自身、データサイエンスを学ぼうとして色々なソースを試してみました。残念なことに、日本語の良い学習資料は見つけられませんでした。どこかのブログで読んだことがありますが、教科書は教師用と学生用の二週類があるそうです。一つめは内容が既に分かっている教師の為の教科書で、日本はこのタイプです。もう一つのタイプの教科書は自学自習を目的に作られているので、教師なしで学ぶできる教科書になっているということで、アメリカはこのタイプの教科書が多いです。私自身、他の文系・理系の教科書を探した時もアメリカの教科書の方が分かりやすく、その本だけを読めば分かるようになっていると同じ印象を持ちました。 オンライン教育（MOOC） アメリカは科学教育に熱心であり、最近はやりのMOOCでも豊富
2013年秋版：データサイエンティストを目指すなら揃えておくべき10冊 - 渋谷駅前で働くデータサイエンティストのブログ
5ヶ月前に書いた記事がだいぶ陳腐化してきた*1気がするので、それ以降出版された書籍や、他にも学術的知識を得るだけでなく「データサイエンティストとして働く上で必要なスキル」について書かれた書籍などを加えて、「2013年秋版」の10冊をチョイスしてみました。 これはあくまでも「データサイエンティストを目指す上で必要な素地が既にある程度備わっている人」向けのスタートアップとしての10冊です。実際にはこの10冊では知識が足りなくなる場面の方が多いので、その場合は適宜発展的な書籍に当たってどんどん独習していくことをお薦めします。逆に、本当にゼロからスタートする初学者の人にはこれでもかなり辛いかもなので、今回は見なかったことにしてください、ということで。。。 そうそう、相変わらずですが僕個人はアフィリエイトやってないので、こちらのリンクから書籍を購入されても儲かるのは僕ではなくはてなです（笑）。 （※
(Rで)マイクロアレイデータ解析
(Rで)マイクロアレイデータ解析(last modified 2023/05/24, since 2005) お知らせは主に(Rで)塩基配列解析で行っておりますのでそちらをご覧ください。(2018/11/21) アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、生命情報解析研究室 What's new? アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大なページとして構成していたためですが、章ごとのページに変更することで解決しました。(2023/05/24) このページに取り残されていた2014年出版のトランスクリプトーム解析という本のWeb資料情報を「(Rで)塩基配列解析」に移行しました。(2022/12/24) バイオDBとウェブツール ラボで使える
サービス終了のお知らせ - NAVER まとめ
サービス終了のお知らせ NAVERまとめは2020年9月30日をもちましてサービス終了いたしました。 約11年間、NAVERまとめをご利用・ご愛顧いただき誠にありがとうございました。
統計解析ソフト「R」での立廻り
Rはフリーでオープンソースの統計解析環境です。Rを使うとデータの操作や計算、可視化を統合して行うことができます。豊富に用意されたサンプルデータや、対話的な解析、網羅的なパッケージアーカイブCRANが特徴です。Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』では、500以上のパッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。今回はRを使う上で基本的な知識や、便利なウェブサイトを紹介します。また、実際にHuman Induced Pluripotent Stem Cell Epigenomesのデータを階層的クラスタリングを用いて解析します。この解析はHots
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析（第２版） - Loud Minority
著者の樋口さんより献本頂きました．ありがとうございます． この本が合う人は明確です． Rで何が出来るか眺めたい． Rを使い始めて，使い方を検索エンジンで検索したが，全然見つからない（入れるべき単語が分からない） RJpWikiとか眺めたけど，専門用語っぽいものがわからないので，俯瞰したい． 理論はどうでもよいので，Rで出来そうな事を一通り見てみたい というタイプの人です．これ一冊でRが1から10まで分かる事はありませんし，データ解析のイロハが分かる事もありません．ましてや，バイオインフォマティクスが何かにも答えてはくれません．例題も時々DNAの塩基配列やBioconductor(Rを用いたバイオデータ解析用の一連のコマンド群)が出てきますが，例題として出ている感じです． なので，はじめから最後まで通して読むのではなく，辞書的に使う本です．特に図を眺めて，自分の目的にあった検索用語を調べるた
統計解析ソフト「R」の使い方 〜導入編〜
R(The R Project)は、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットホームで動作します。近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。 今回はその導入編として、RとBioConductorのインストール方法について紹介しています。
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