根粒菌の共生的窒素固定
新・土の微生物（２）植物の生育と微生物 第２章植物の根に共生する微生物 p.41-74を若干訂正（博友社転載許可）> 生物的窒素固定についての英語版はこちら BNF.html １ 共生的窒素固定のあらまし 1.1.窒素固定と共生 空気中の窒素ガス(N2)を還元してアンモニアと水素ガスを作る生物反応は酵素ニトロゲナーゼで触媒される。この反応を窒素固定作用という。 ニトロゲナーゼの反応は次の化学式であらわされる。 N2 + 8RH = 2NH3 + H2 + 8R (RHは還元性物質で，Rはそれが酸化されたもの） この反応は微生物である原核生物と古細菌にのみ見られ，真核生物には無い． 固定したアンモニアを自分の窒素栄養に使う微生物を，独立性窒素固定菌という。 一方，なんらかの植物にかかえ込まれて，密接な関係を保ちつつ，固定したアンモニアを相手の植物である宿主に与える
R で個体差のあるロジスティック回帰1 - glmmML - なんとなくな Developer のメモ
前回 のロジスティック回帰に続き、書籍 「 データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC (確率と情報の科学) 」のサンプルを使って個体差を考慮したロジスティック回帰を GLMM と階層ベイズモデルで試してみます。 (1) GLMM によるロジスティック回帰 （glmmML 関数） (2) MCMCglmm を使った階層ベイズモデルによるロジスティック回帰（MCMCglmm 関数） ただし、今回は (1) だけで (2) に関しては次回に書く予定です。 サンプルソースは http://github.com/fits/try_samples/tree/master/blog/20140209/ はじめに パッケージのインストール 今回使用するパッケージを R へインストールしておきます。 install.packages("glmmML") データ デ
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