pubchemのクラスタリングの結果をcytoscapeで見てみた
pubchemはクラスタリングの結果をgml形式でダウンロードできるので、それをcytoscapeで読み込んで解析することができる。早速データをとってくる。benzothioleで検索すると大体3000件くらいヒットするのでこれをクラスタリングしたものをgmlでダウンロードして、cytoscapeで読み込んでみた。 適当に描かせて眺めてみる。なんかネットワークっぽくなってますの。 さらに、ズームしてみる。 うーん、クラスタリングの結果を見てもちょっと面白くない。むしろ部分構造(MCS：Maximum Common Substructure)から構築したネットワークのほうがわかりやすいだろうな。 あとは、合成の時系列でネットワークをつくればいいと思うが、その場合、元々参考にした化合物の構造への情報をケミストから聞かなきゃいけないのでちょっとめんどいなぁ。 ということはpatentか？あれは先
[OSGi][Spring Framework] OSGi + Spring-DM = High Cohesion + Low Coupling - Viz/Sci/Dev Log
Cytoscapeは、Version 3からOSGiベースのアプリケーションになります。ユーザー側から見て大きな変化はありませんが、プラグインを書いて独自の解析を行なおうと言う場合などには、色々と新しい概念を憶えなくてはならなくなります。最初は面倒かもしれませんが、一度憶えると、きれいな実装を実現することが比較的容易になります。 自分も色々試行錯誤しながらやっていますが、なにぶん新しいテクノロジーなので、文献が充実しているとは言いがたい情况です。特に日本語の資料になると、概念の説明ばかりで、「じゃあ実際どうやるの？」と言うところで行き詰まる場合が多いと思います。そこで、少しでも将来Cytoscapeのプラグインを書いてくれる方が増えれば、と言うことで、少しずつこのあたりの技術のチュートリアル的なものを書いて行こうと思います。 前堤条件 Javaを一通り知っている Mavenが何かくらいは分
![[OSGi][Spring Framework] OSGi + Spring-DM = High Cohesion + Low Coupling - Viz/Sci/Dev Log](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/a03f43940cc338a519f7bacf64eb398d04958aac/height=288;version=1;width=512/https%3A%2F%2Fogimage.blog.st-hatena.com%2F17680117127113242936%2F17680117127113249644%2F1557030697)
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