pythonラッパーで。openbabelで気をつけないといけないところはAtomのインデックスは1から始まるのに対しBondのインデックスは0からはじまる。 from openbabel import * mol = OBMol() a = mol.NewAtom() a.SetAtomicNum(6) a.SetVector(0.0, 1.0, 2.0) b = mol.NewAtom() b.SetAtomicNum(6) b.SetVector(1.0, 2.0, 2.0) mol.AddBond(1, 2, 2) mol.SetTitle("Ethene") obConversion = OBConversion() obConversion.SetOutFormat("smi") smiles_string = obConversion.WriteString(mol) pri
![openbabelで分子を構築するサンプル](https://cdn-ak-scissors.b.st-hatena.com/image/square/e3356803e0ca2fbf81750674b5e9ef63e7a486bc/height=288;version=1;width=512/http%3A%2F%2Fwww.kzfmix.com%2Fimages%2Fogp%2Fogp_logo.jpg)