多数の化合物のファイルはSMILES形式でsqliteのデータベースにしておくと、あつかいやすいのだけど、たまにさくっとアクセスしてゴニョりたいときにsqliteでSQL文発行してとかめんどくさかったりする。 で、SQLAlchemy使うとpythonの対話環境で使えてそのままpybelとかに持っていけるので便利なんだけど、いちいちマッピングしなくても良いらしい。 create_engineでsqliteのファイルを指定して、reflectをTrueにすればよい。 from sqlalchemy import * db = create_engine('sqlite:///test.db') metadata = MetaData(bind=db, reflect=True) table = metadata.tables['table_name']
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