前置き DNSについて理解が浅いので誤りがあればコメントで指摘していただけると助かります。 やって分かったこと 独自ドメインのレンタルサーバーへの登録時は、(一時的に)ネームサーバー(以下NS)をさくら(以下sakura)にする必要がある。 独自ドメインのLet's Encryptをコントロールパネルから申し込むときは、申し込み初回のみ独自ドメインのNSがsakuraのNSになっている必要がある。もしくはsakuraのDNSで独自ドメインのNSを引いたとき、sakuraのNSになっている必要がある。 さくらのレンタルサーバーに独自ドメインを登録するとさくらNSにゾーンが追加されるが、ゾーン情報は(おそらく)さくらのレンタルサーバーから独自ドメインを削除するまで消すことができない。 前項から古い情報がNSに残るので、TXTやMXレコードを変えて運用すると問題が起きるかもしれない。 残った謎