中学2年生の花咲つぼみは希望ヶ花市に引っ越してくる車中で、こころの大樹が砂漠の使徒に襲われ、キュアムーンライトが敗れゆく夢を見ていた。つぼみは転校を機に内気な自分を変えようと決意したが、強引でマイペースなクラスメイト・来海えりかに振り回されてしまう。新たな環境に戸惑う中、つぼみの前に、夢の中で見たこころの大樹の妖精・シプレとコフレが現れる。シプレとコフレを追ってきた砂漠の使徒の幹部・サソリーナは、居合わせたえりかのこころの花を奪ってしまう。つぼみは妖精にプリキュアになる資格があると聴かされ、彼女を救うため、つぼみはシプレの力を借りてプリキュアに変身することを決意する。キュアブロッサムとなったつぼみに救われたえりかはコフレの力でキュアマリンになり、2人は砂漠の使徒であるサソリーナ、クモジャキー、コブラージャに立ち向かっていく。そしてつぼみとえりかに続いて、生徒会長・明堂院いつきもポプリが現れ