生命科学を革新するバイオイメージ・インフォマティクス｜ヒルズライフ
「ある瞬間の生物を見れば何も変化がないように見えますが、実は、時々刻々と変化しています。あらゆる生物は、生まれた瞬間から死に向かうプロセスが始まっている。生物はすべて『動的』なのです」 捨てられていた貴重な情報 絶えず変化する、「動的な」生命現象を理解する新しい方法論を、大浪はさまざまな角度から模索してきた。その根幹にある手法が、多様で複雑な生命現象を記録した画像や映像を、画像解析や機械学習といった情報科学の手法を利用して分析し、有用な情報を取り出す「バイオイメージ・インフォマティクス」だ。 「生命科学の研究では、生き物の動きを画像や映像をつかって『ビジュアル』に記録してきました。そこには生命を理解するためのさまざまな情報が含まれています。しかし、これまでは観察者が自分の気になったことだけを取り出して、それ以外の情報は『ゴミ』として捨てていました。 そのような、人間が取り出せなかった貴重な
オープンソースで3Dデータを解析できるVaa3Dの基本 - Qiita
最近は二光子顕微鏡やlattice顕微鏡などで3次元データがきれいに撮れるようになってきました。解析する機会も多いです。 3Dデータ解析の有名なツールとしてImarisがありますが、高価な有料のソフトウェアです。 ImageJ Pluginには3D Viewerもありますが、あまり機能が充実していません。 そこでVaa3Dというソフトを見つけました。名前は「3D Visualization-Assisted Analysis」の意味です。 オープンソースで、特に神経科学研究向けのソフトウェアです。 開発者ホームページ：https://alleninstitute.org/what-we-do/brain-science/research/products-tools/vaa3d/ githubのwiki:https://github.com/Vaa3D/Vaa3D_Wiki/wiki/Va
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Tracing Neurons using FIJI (ImageJ)
Neuron Stitcher - a Vaa3D plugin
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