インフルエンザの全国レベルでの定点当たり報告数は、2008年第41週以降増加が続いており、第48週の報告数は0.83(患者発生報告数3911)となった。都道府県別では、山梨県(3.6)、島根県(3.4)、兵庫県(2.3)、大阪府(2.1)、福井県(2.1)、栃木県(1.7)、和歌山県(1.7)の順となっている。注意報レベルのみを超えている保健所地域は3箇所(千葉県1、京都府1、兵庫県1)に増加したが、警報レベルを超えた保健所地域は存在しない。 第36週以降、これまでにインフルエンザウイルスの検出はAH1(Aソ連)型27件、AH3(A香港)型60件、B型38件が報告されている。