2013年前半振り返り - Yasuo Tabeiの日記
暑い日々が続きますが、いかがお過ごしでしょうか？ 早いもので2013年もう８月ということでだいぶ遅いですが2013年の前半の成果を振り返ってみたいと思います。幸いにも2013年の前半に4本論文を出す事ができました。内分けは、データマイニング・機械学習1本、バイオインフォマティクス1本、 文字列処理２本となります。以下では１つ１つ論文の内容を簡単に紹介していきたいと思います。 Yasuo Tabei, Akihiro Kishimoto, Masaaki Kotera, Yoshihiro Yamanishi: Succinct Interval Splitting Tree for Scalable Similarity Search of Compound-Protein Pairs with Property Constraints, 19th ACM SIGKDD Conferenc
gwtのwavelet木の実装をwavelet行列に変更しました - Yasuo Tabeiの日記
大規模グラフ類似度検索のためのソフトウェアーgwtの内部で使われているwavelet木の実装をwavelet行列に変更しました。 下のサイトからgwt-wm-3.0.0.tar.bz2をダウンロードできます。 http://code.google.com/p/gwt/ gwtに関する説明は以前のブログ記事を参照してください。 gwtについての解説記事 wavelet行列に関する説明は論文とechizen_tmさんの記事を参照して下さい。 http://d.hatena.ne.jp/echizen_tm/20120801 Francisco Claude and Gonzalo Navarro.The Wavelet Matrix.Proc. SPIRE'12, pages 167-179. LNCS 7608
SPIRE2012の効率的な文法圧縮のための可変長コードに関する論文とオンライン文法圧縮のソフトウェアー (olca++)を公開しました。 - Yasuo Tabeiの日記
SPIRE2012で発表したメモリー効率の良い文法圧縮のための可変長コードに関する論文を公開しました。 Y.Takabatake, Y.Tabei, H.Sakamoto: Variable-Length Codes for Space-Efficient Grammar-Based Compression, Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Cartagena, Colombia, 2012. Link to the PDF 上記の論文に基づくオンライ文法圧縮(online LCA)のC++による実装(olca++)を公開しました。 下のサイトからダウンロードできます。 https://code.google.com/p/olca-plus-plus/ 文法圧縮のアルゴリズムは@marugo
SDM2011でwavelet木を用いた大規模グラフデータベースの高速類似度検索手法について発表しました - Yasuo Tabeiの日記
4月28日から4月30日に開催されたデーターマイニングの国際会議 SIAM Conference on Data Mining (SDM2011)にてwavelet木を用いた大規模グラフデータベースの高速類似度検索手法について発表してきました。 Yasuo Tabei and Koji Tsuda: Kernel-based Similarity Search in Massive Graph Databases with Wavelet Trees, Eleventh SIAM International Conference on Data Mining (SDM), Arizona, USA, 2011. Link to the paper 本研究では大規模グラフデーターの索引による高速な類似度検索手法を提案しました。近年、グラフデータベースに登録されているグラフの数は大規模化してい
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文法圧縮に基づく高速クエリー検索法に関する論文を公開しました - Yasuo Tabeiの日記
