gwtのwavelet木の実装をwavelet行列に変更しました - Yasuo Tabeiの日記
大規模グラフ類似度検索のためのソフトウェアーgwtの内部で使われているwavelet木の実装をwavelet行列に変更しました。 下のサイトからgwt-wm-3.0.0.tar.bz2をダウンロードできます。 http://code.google.com/p/gwt/ gwtに関する説明は以前のブログ記事を参照してください。 gwtについての解説記事 wavelet行列に関する説明は論文とechizen_tmさんの記事を参照して下さい。 http://d.hatena.ne.jp/echizen_tm/20120801 Francisco Claude and Gonzalo Navarro.The Wavelet Matrix.Proc. SPIRE'12, pages 167-179. LNCS 7608
Graph-indexing wavelet tree (gWT)のグラフ検索が超速い
高速文字列解析の流れで、タイミングよく統数研チャンネルの資料が公開されていて、最後のほうのスライド(65枚目)にグラフの類似度検索の実装としてgwtが紹介されていたので遊んでみた。 データベースは、ChEMBLから取ってきた。なぜpubchemじゃないかというと面倒なので略。 入力のフォーマットがgSpanとかGASTONと一緒だったので、昔書いたのを流用しようとしたんだが、昔書いたpythonスクリプトはどうもOBMolAtomIterあたりがバグっていて動かないようだ(OBMolBondIterも動かなかった。) File "sdf2gsp", line 17, in convert for i,atom in enumerate(ob.OBMolAtomIter(mol)): File "/usr/local/Cellar/python/2.7.3/lib/python2.7/sit
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DSIRNLP#03 ウェーブレット行列 最速攻略~予告編~ - EchizenBlog-Zwei
