ウェーブレット行列の省メモリ構築方法 - アスペ日記
ウェーブレット行列の構築方法について。 前に書いた記事とは違って、「ウェーブレット行列大好き！」って人*1以外が読んでもあんまり益がない記事だということをあらかじめ書いておく。 内容としては、相変わらず中学生以上の知識が必要ということはないけれど。 上の記事で書いたように、ウェーブレット行列は 2進数の基数ソートと同じような感じで構築できる。 で、基数ソートをするには、元の配列と同じだけの領域が必要になる。 だが、ウェーブレット行列のように各段階でのビット列だけが必要であるなら、その領域は必要ない。 ウェーブレット行列でも、ウェーブレット木のノードのようなものを持っておくことで、配列長のオーダーでなく、文字の種類のオーダー（一般的に配列長よりずっと小さい）だけの記憶領域で構築できる。 ぼくのウェーブレット行列ライブラリである wavelet-matrix-cpp や、 id:echizen
First website it uses Oktavia — Oktavia
Today, Oktavia is merged into JSX website that is hosted on Github pages. Let’s try! This is a first example of Oktavia search engine. JSX is a programming language to generate JavaScript. As its tagline, “faster safer easier”, it provides type checking and optimization to JavaScript programmers. It is a return to the cool programming language, JSX, because Oktavia is written in JSX (and found bug
中学生にもわかるウェーブレット行列 - アスペ日記
id:echizen_tm さんの記事「ウェーブレット木の効率的で簡単な実装 "The Wavelet Matrix"」から始まったウェーブレット行列ブームから半年以上が過ぎ、すでに枯れた技術として確立されつつある感があります。 …嘘です。 日本以外ではあんまり来ていません。 理由としては、やはりアルファベット圏では単語境界が明確であるため、こちらの記事で書かれているような「キーワード分割の難易度」といったことがあまり問題にならないということがあるかもしれません。 まあ、そういうわけで局所的に来ているウェーブレット行列ですが、日本語をはじめとする単語境界のない言語圏にとっては重要なネタであると思うため、解説記事を書き直して*1みようと思います。 ウェーブレット行列でできること 主となる操作は、文字列に対する 定数時間の rank() と select()*2 です。 rank() は、「文
gwtのwavelet木の実装をwavelet行列に変更しました - Yasuo Tabeiの日記
大規模グラフ類似度検索のためのソフトウェアーgwtの内部で使われているwavelet木の実装をwavelet行列に変更しました。 下のサイトからgwt-wm-3.0.0.tar.bz2をダウンロードできます。 http://code.google.com/p/gwt/ gwtに関する説明は以前のブログ記事を参照してください。 gwtについての解説記事 wavelet行列に関する説明は論文とechizen_tmさんの記事を参照して下さい。 http://d.hatena.ne.jp/echizen_tm/20120801 Francisco Claude and Gonzalo Navarro.The Wavelet Matrix.Proc. SPIRE'12, pages 167-179. LNCS 7608
Graph-indexing wavelet tree (gWT)のグラフ検索が超速い
高速文字列解析の流れで、タイミングよく統数研チャンネルの資料が公開されていて、最後のほうのスライド(65枚目)にグラフの類似度検索の実装としてgwtが紹介されていたので遊んでみた。 データベースは、ChEMBLから取ってきた。なぜpubchemじゃないかというと面倒なので略。 入力のフォーマットがgSpanとかGASTONと一緒だったので、昔書いたのを流用しようとしたんだが、昔書いたpythonスクリプトはどうもOBMolAtomIterあたりがバグっていて動かないようだ(OBMolBondIterも動かなかった。) File "sdf2gsp", line 17, in convert for i,atom in enumerate(ob.OBMolAtomIter(mol)): File "/usr/local/Cellar/python/2.7.3/lib/python2.7/sit
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DSIRNLP#03 ウェーブレット行列 最速攻略~予告編~ - EchizenBlog-Zwei
