大津の判別分析法にもとづくグレイスケール画像の高速多値化 | えどがわだい BioImaging: 大宮分室2
ImageJ MLで紹介されていた Liao PS, Chen TS, Chung PC (2001) A fast algorithm for multilevel thresholding. J Info Sci Eng 17: 713-727. の実装がImageJ本家にプラグインとして置いてあるのを見つけた． http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/multi-otsu-threshold.html 8bitグレイスケール用で，指定した1〜4つの閾値を求める．ただし画像生成部分で閾値と画素の輝度との比較の判定に等号が抜けており，得られる画像を足しあわせるとちょうど閾値相当の画素が黒く欠けてしまう． 4値化の例．左は原画像by2dapi-8(512*512 pixel, 8bits/pixel)，右は4値化像の擬似色表示像．計算はAthlon64 350
DICOM IE
Dcm_Inspector: This is a plugin and a stand-alone program. Its purpose is to look inside a DICOM image. It also allows to convert a DICOM image to a XML representation and to process that by a XSL processor. In contrast to the ImageJ build-in DICOM functionality it is possible to read and write to the local filesystem and to DICOM file-sets, i.e. a DICOMDIR. That means, that for example DICOM CD
Rを用いた顕微鏡画像解析入門
数値化できることは数値化したほうがよい。-ホグネス このページでは、フリーの統計ソフトR（アール）を使って共焦点顕微鏡の画像データ（Zeiss社のlsm形式）を解析する。 Rは、無料、高機能、プログラミングが容易、プラットフォームフリー、日本語のドキュメントが豊富、などの利点をもつ（詳しくはここ）。 Rで画像解析を行うと、画像の読み込みから統計処理・グラフの出力までを自動化できて便利である。 FRAPデータの解析、分子の軸索内局在の解析、小胞輸送の解析、拡散障壁のシミュレーションについて記録する。 必要に迫られたプログラミング初心者の備忘録。 Image gallery 2.1 lsmはバイナリ 2.2 lsmの仕様書 2.3 image directoryとは 2.4 directory entryとは 2.5 画像のピクセルデータ 2.6 lsm特有
Kbi ImageJ_Macro
外部リンク http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html ImageJ Macro Language. マクロの解説．イントロや文法など一通りまとまっている． 日本語訳 http://www.bioarts.co.jp/~ijjp/ij/developer/macro/macros.html 日本語訳 http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/Macro.htm http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html ImageJ Built-in Macro Functions. 組込み関数の解説．たまに新しい組込み関数が加わるようだ． 日本語訳 http://www.bioarts.co.jp/~ijjp/ij/devel
Macro Language
home | news | docs | download | plugins | resources | list | links ImageJ Macro Language Introduction Hello World" Example Running ImageJ commands Command Recorder Macro Sets Keyboard Shortcuts Tool Macros Image Tools Action Tools Menu Tools Tool Sets Icons Variables Operators if/else Statements for, while and do...while Statements Functions Working with Strings Extending the Macro Language Runnin
MOSAIC
The Modern Ocean Sediment Archive and Inventory of Carbon is a global database that compiles marine sediment data of organic carbon, its isotopic composition (C-13, C-14), and any associated parameters (e.g., sedimentological properties and biomarkers) that can help understand the fate of organic matter in marine sediments.
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