ひとつの遺伝子の塩基配列データで系統樹を描いても、誤差が大きく、ブーツトラップ値がなかなか高く出てきません。したがって、遺伝子をふたつにし、三つにし・・と増やしていっての究極が全ゲノムとなります。つまり、全ゲノムの塩基配列データを用いれば、真実の系統樹を描くことができるはずと思ってしまいます。しかし、まさに、これが幻想の始まりなのです。 コアレッセンス理論が示すように、全ゲノムを用いたとしても、系統関係はある確率でしか決まらないのです。
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