Git can facilitate greater reproducibility and increased transparency in science
IntroductionReproducible science provides the critical standard by which published results are judged and central findings are either validated or refuted [1]. Reproducibility also allows others to build upon existing work and use it to test new ideas and develop methods. Advances over the years have resulted in the development of complex methodologies that allow us to collect ever increasing amou
githubのwikiエンジン"gollum"の導入と細かい設定 - yukke::note
gollumの特徴、良いところなど Markdown, MediaWiki, Textileなど大抵の記法で書ける。 基本的にgitリポジトリ一つで完結しており、MySQLなどのDBが不要で、簡単にprivate wikiを立ち上げられる。 セットアップが非常に楽。 gitで動いているので、バージョン管理や差分、コミットを遡ってrevertする、なんてこともWebのUIから簡単に操作できる。 全文検索も実装されている。 ruby+sinatraで実装されているので、分かる人は拡張を簡単に書ける気がする。 導入 Python 2.5+ (2.7.3推奨)、Ruby 1.8.7+ (1.9.3推奨)とのこと。なのでpythonbrewなりrvmなりrbenvなりで新し目のpython+rubyを入れます。あとはgemからgollum本体をインストールします。 gem install gollu
Git - Git の属性
1. 使い始める 1.1 バージョン管理に関して 1.2 Git略史 1.3 Gitの基本 1.4 コマンドライン 1.5 Gitのインストール 1.6 最初のGitの構成 1.7 ヘルプを見る 1.8 まとめ 2. Git の基本 2.1 Git リポジトリの取得 2.2 変更内容のリポジトリへの記録 2.3 コミット履歴の閲覧 2.4 作業のやり直し 2.5 リモートでの作業 2.6 タグ 2.7 Git エイリアス 2.8 まとめ 3. Git のブランチ機能 3.1 ブランチとは 3.2 ブランチとマージの基本 3.3 ブランチの管理 3.4 ブランチでの作業の流れ 3.5 リモートブランチ 3.6 リベース 3.7 まとめ 4. Gitサーバー 4.1 プロトコル 4.2 サーバー用の Git の取得 4.3 SSH 公開鍵の作成 4.4 サーバーのセットアップ 4.5 Git
Gitの驚愕の真実：1億行のファイルに1行追記するとレポジトリ容量が200MB増える[※補足あり] · DQNEO日記
１億行のファイルに１行追記するだけでレポジトリ容量が２倍になった 以前の記事「Gitレポジトリはパッチの集積ではなくてスナップショットの集積である。」を確認するために、１億行のファイルを作って実験してみました。 結果は、なんと１行追記しただけでレポジトリ容量が200MB増加し、サイズが２倍になりました。 実験手順 空のレポジトリを作る １億行のファイルを作ってgit addしてgit commit コミットする そのファイルに１行だけ追記してgit addして git commitする 空のレポジトリを作る $ git init １億行のファイルを作る １億行のファイル(１から1億までの数字が書かれたファイル)を作ります。 $ seq 1 100000000 > numbers.txt この時点で、ワーキングツリーとレポジトリ容量を調べてみます。 $ ls -lh 合計 848M -rw-
YappoLogs: xlsx ファイルを git diff しやすくする為の天才的な wrapper script を書いた
皆さんはプロジェクトのリソースとしてエクセルの xlsx ファイルを使う事があると思います。 何てったって事務職の人ですら楽々使えるスーパー優れた UI なので、 web の管理画面とかを作り込むよりもエクセルでシート作ってもらってしまった方が早いケースも多いんです。現実の世界では。 で、普通の人は TSV にするだの CSV にしてもらうだのすると思うんですが、一方的にデータ貰うだけなら良いんだけど、相手とやり取りする時にはどうしても xlsx ファイル経由とかにしないと相手がこまる！やっぱりエンジニアのエは優しさのエだから相手に優しくしないとだめです。 で、 xslx ファイルでエンジニア以外の人とデータやり取りするとやっぱり、バージョン管理したくなるのが人情です。 でも xslx ファイルはバイナリファイルなので git diff とかが残念です。。。 って事で作っちゃいました。 h
【無料】アカデミック版GitHubアカウントで非公開レポジトリライフ - 雨に煙る
御多分にもれず、書いたコードを管理するためにGitHubを使っています。 簡単にいろいろ保存できるし、ウェブサイトさえもホストできるのでとても便利なのですが、無料ユーザーの場合はすべてのレポジトリが公開指定というのが注意を要するところです。 例えば、実験ノートをGollumを使って電子化する際に、「むむ、研究内容が全公開なのはマズイかもしれんぞ」と思ったりするわけです。 かといって課金するほどヘビーユーザーなわけでもないので、電子化を諦めかけていたそんなとき。 We're improving GitHub for science https://t.co/Kllad5cwgG #openscience #opendata— GitHub (@github) 2014年5月14日 お？ We also know that as a scientific researcher, sometim
gitosisのcloneに失敗したときの対処方法 - production.log
よく他のサイトでは git clone git://eagain.net/gitosis.git こちらでgitosisをインストールできるとあるが、どうもうまくいかない。 変なエラーが出ちゃう。 yum -y install git git clone git://eagain.net/gitosis.git fatal: unable to connect to eagain.net: eagain.net[0: 208.78.102.120]: errno=Connection refused どうやら、httpsで取得できるらしい。 正解はこちら。 git clone https://github.com/tv42/gitosis.git
さくらVPSのサーバで https のリポジトリを git clone する - おもしろwebサービス開発日記
これまで、さくらVPSのサーバ(CentOS 6.3) で、なぜか https のリポジトリから git clone ができませんでした。他のプロトコルを使えば問題なく clone できるのですが、なんとなく気持ち悪い。今日ようやく解決法が分かったのでエントリとして残しておきます。 さくらサーバからgistのリポジトリをcloneできない · Issue #1 · willnet/misc やり方 git をソースコードからコンパイルします。まずは必要となるパッケージを入れます。 yum install -y zlib-devel perl-devel gettext curl-devel 次に git のソースコードを下記URLからから落として展開。 git-core - Git - the stupid content tracker - Google Project Hosting
CentOSでgitのproxy越えにハマる - なぜか数学者にはワイン好きが多い
githubなんかからgitのレポジトリを落とそうとすると，https://とgit://がありますが，httpのプロクシしか立っていないためにhttps://で落とそうとしてもエラーになりました． > git clone https://github.com/imatix/zguide.git Cloning into zguide... fatal: Unable to find remote helper for 'https' > setenv https_proxy http://proxy > git clone https://github.com/imatix/zguide.git Cloning into zguide... fatal: Unable to find remote helper for 'https' どうもプロクシ以前の問題の気がするので調べると，IN
Gitをソースからコンパイルしてインストールする - Qiita
リポジトリが腐っているディストリビューションがある（例えば、CentOS） 自力で入れられないことがある（例えば、さくらのレンタルサーバ・研究室・仕事のサーバ） なんかリポジトリを整理してyumコマンドとかportコマンドでインストールするのも 面倒っていうときにソースからインストールしちまおうってたまに思うから書こうと思った。 ちなみに僕のだとこんな環境。さくらのレンタルサーバ。 $ uname -a FreeBSD www280.sakura.ne.jp 7.1-RELEASE-p16 FreeBSD 7.1-RELEASE-p16 #0: Fri May 4 06:01:53 JST 2012 root@www280sub.sakura.ne.jp:/usr/obj/usr/src/sys/SAKURA11S i386 $ which git /home/zange-box/loca
【学生必見】個人や部活でGitHubのプライベートレポジトリを無料で使おう！
“GitHub”は、”Git”で管理されたソースコードのまとまり”レポジトリ”を置いておくためのサーバを提供しているサービスです。 GitHubの無料枠では”レポジトリ”はオープンソースとして世界中の人々に公開されます。なので、プライベートなプロジェクトのソースコードや、公開できないものでは使えませんね。有料プランでは、この”プライベートリポジトリ”を持つことができますが、学生であればそこまで払いたくないですよね。。。 ですが、学生は無料で使えちゃう方法があるんです！ その方法を、紹介したいと思います。 “GitHub Education” https://education.github.com/ GitHubが、教育機関に関連する人・団体向けに、無料でプライベートリポジトリを使えるように支援を始めています。 GitHubでは、実は以前から（少なくとも2年ぐらい前から）学割クーポンを個人
GitHubの活用（アカウントの作成と設定） | UQ Times 開発の記録
GitHubの活用（アカウントの作成と設定） | ラベル: ツール, 手順書 Tweet GitHubとはGitを使えばローカルのコンピュータにリポジトリを作成することができ、バージョン管理をするだけならばGitだけで十分です。しかし、プログラミングをしていると、どうしても「他の人のソースコードを見たい」「自分のソースコードをオープンにして色々な人に見てもらいたい」などの要望が湧いてくるものです。それを叶えてくれるのがGitHubです。 名前の通り、Gitを使いGitHubのサーバ上で公開したり、GitHubで公開されている様々なプロジェクトのコピーを自分のコンピュータに保存したりすることができます。また、共同編集の設定をすることで特定の人との同じプロジェクトを共同開発することもできます。 GitHubの全ての機能は無料で利用することができます。無料プランでも有料プランでも、作成できる
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Self - [自分用] git clone https:/~ でfatal: Unable to find remote helper for 'https'が出たとき - Qiita
さくらサーバからgistのリポジトリをcloneできない · Issue #1 · willnet/misc