弘法大師空海の『三十帖冊子』に代表される経典類、『医心方』をはじめとする医書類、 『御室相承記』などの歴史史料や『御室御記』、『明月記』といった日記類など、 仁和寺には莫大な古文書類が残されています。また門跡寺院として、高倉天皇、後嵯峨天皇、 後醍醐天皇といった貴重な天皇の書（宸翰）を多く所蔵している事も特色の一つといえます。

仁和寺に伝わる工芸品には、仁和寺草創期から鎌倉時代にかけて、 密教の世界・王朝の美を伝えるものと、 桃山時代から江戸時代初期の文化の広がりを示すものに大別されます。 前者は｢宝相華迦陵頻伽蒔絵冊子箱｣「金銅火焔宝珠形舎利塔｣など、 後者は｢住吉蒔絵机｣、仁清作｢色絵瓔珞文花生｣などが挙げられます。