ベルリンでのアベンジャーズの戦いに参加し、大興奮していたスパイダーマン=ピーター・パーカー(トム・ホランド)。昼間は普通の高校生としてスクールライフをエンジョイし、放課後は憧れのアイアンマン=トニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr)から貰った特製スーツに身を包み、NYの街を救うべくパトロールの日々。ある日、スタークに恨みを抱く“バルチャー”(マイケル・キートン)が、巨大な翼を装着しNYを危機に陥れる。アベンジャーズに任せておけというスタークの忠告も聞かず、ピーターは一人戦いに挑むが・・・。 地球を脱出してから1000年後、人類は新たな星ノヴァ・プライムへと移住していた。伝説の戦士サイファ(ウィル・スミス)と、父・サイファへ憧れを抱きながらも過去の悲劇から、父と距離をおく息子キタイは共に宇宙への任務に出ていた。しかしその途中 、小惑星嵐に見舞われ宇宙船が大破、緊急発信器<ビーコン>を載せ