2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 資料 2010年11月2日 C++プログラムのデバッグ手法 この資料のURL http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/CppDebug 担当： 斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) クラスを使ったプログラミング クラスを使う理由は、おおざっぱに コードを再利用したいとき データ構造を作るとき（BitVector, 木構造など） アルゴリズムに必要な変数やメソッドをまとめるとき などです。クラス（オブジェクト）を作るクセをつけておくと、プログラムの細部を効率的に「忘れる」ことができ、プログラムの大きな流れに集中しやすくなる利点があります。また、道具となるクラスをたくさん用意しておくと、複雑な工程が絡み合ったプログラムでも、短い行数でコーディングできるようになっていきま
2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 資料 2010年11月2日 この資料のURL http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/STL 担当： 斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) STL(Standard Template Library) の使い方 C++には、Standard Template Library (STL) (参考: http://www.cplusplus.com/reference/stl/ , http://www.cppreference.com/wiki/ )という便利なライブラリが備わっており、非常に強力です。STLにあるデータ構造では、以下のものをよく使います。 vector 可変長配列。要素の参照がO(1)。配列の途中への要素の挿入はO(n) deque (double-ende
GitHub - xerial/larray: Large off-heap arrays and mmap files for Scala and Java
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Xerial – Trac
[English][Japanese] Xerial Project The goal of the Xerial Project is to develop a freely available native XML database system implemented in both of C++ and Java. The generated products from the Xerial project are licensed under the Apache License Ver 2.0. In order to use or distribute our softwares, please read carefully the detail description of the Apache License. The pronunciation of 'Xerial'
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I have recently joined Treasure Data, and found many java projects that are built with Maven. Maven is the de facto standard for building Java projects. I agree Maven is useful for managing library dependencies, but as the project is becoming more and more complex, managing pom.xml turns to a headache for many developers; For example, one of the projects uses a script-generated pom.xml in order to
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External Sortingを実装する 締切： 2010年1月30日 提出先： http://lecture.utgenome.org/exp2009/ このページのアドレス： http://www.xerial.org/wiki/lecture/2009/Report4 ヒント External Merge Sort のアルゴリズム 講義資料中のMultiway Merge Sort Chapter 13: External Sorting Raghu Ramakrishnan, Johannes Gehrke. Database Management Systems. 3rd Edition. 入力： タブ区切りのテーブルデータ primary keyとして使う列番号と、データ型(整数、文字列、染色体名、strand)のリスト 例： (配列名, 染色体番号, s
2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 資料 2010年11月5日 この資料のURL http://www.xerial.org/wiki/lecture/2010/Mercurial 担当： 斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) Mercurialでソースコードの変更履歴を保存する ソースコードの変更履歴を保存しておくことで、バグをコードに混入させてしまっても、以前のコードに戻すことができます。コードへの変更履歴をすべてデータベース中に保存しておくことができるので、不要なコードを削除したり、クラスの名前を付け替えるなど、大規模なコードの変更も安心して行えるようになります。 例えば、森下研で開発されているゲノムブラウザ(UTGB)のソースコードは十万行を超える大規模なものですが、Mercurialのリポジトリで管理されています。 Google Code
MPI – Xerial – Trac
Parallel and Distributed Programming (MPI Programming) written by Taro L. Saito Lecture Page (2006): http://www.logos.ic.i.u-tokyo.ac.jp/~tau/lecture/parallel_distributed/2006/ My presentation slides (PDF) C++ Source Codes Subversion repository: http://www.xerial.org/svn/project/sandbox/trunk/pdp username: anonymous, pass: (empty) To build & run these codes, you require Boost C++ Library and ANTLR
Xerial Wiki: Exception
例外 Java Tutorials: http://java.sun.com/docs/books/tutorial/essential/exceptions/index.html 例外の構文 try, catch, finally Javaでは、プログラムの実行中にエラーが起こったときに、例外クラス(Throwableインターフェースを実装したもの)を投げる(throw)ことがあります。例外がthrowされると、プログラムの流れがとまり、try文中なら、その外側のcatchクローズによって例外が補足されます。 tryブロック中を正常に終了したときも、例外処理を行った後も、finallyクローズ内のコードは必ず１度実行されます。特に必要としない場合は、finally節を省略してもよいです。 try { // throws IOExceptionという宣言をもつメソッドを実行 }
Xerial Wiki: wiki
ストリーム入出力 InputStream InputStream は、データを読み込むためのインターフェースです。InputStreamの実装として、ファイルからデータを読むためのFileInputStream, メモリ上のbyte[]配列からデータを読むためのByteArrayInputStreamなどがあります。キーボードから入力を受け付けるSystem.inもInputStreamの実装の一つです。 InputStreamは、通常byte単位(1byte = 8bit）でデータを読むのに使われます。 ファイルをコピーする例 source.txtというファイルを読み、dest.txtというファイルに書き込む例 FileInputStream in = null; FileOutputStream out = null; try { try { in = new FileI
leoj – Xerial – Trac
English/Japanese 斉藤 太郎 Taro L. Saito 所属 助教 (Assistant Professor) 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 森下研究室 (バイオインフォマティクス・データベースシステム) 住所・電話 277-8562 千葉県柏市柏の葉 東京大学柏キャンパス 総合研究棟3階370号室 電話番号：047-136-4065 紹介記事 2008年4月 NTTサイバー研の鬼塚さんから、インタビュー（電子情報通信学会 ニュースレター）を受けました。 履歴 (CV: Curriculum Vitae) 1998年4月 : 東京大学 理科Ⅰ類入学 1999年9月 : 東京大学 理学部情報科学科 進学 2002年3月 : 東京大学 理学部情報科学科 卒業 2002年4月 : 東京大学大学院 情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 修士課程
GitHub - xerial/sbt-pack: A sbt plugin for creating distributable Scala packages.
sbt pack creates a distributable package in target/pack folder. All dependent jars including scala-library.jar are collected in target/pack/lib folder. This process is much faster than creating a single-jar as in sbt-assembly or proguard plugins. Supporting multi-module projects. Useful for creating runnable Docker images of Scala programs sbt packArchive generates tar.gz archive that is ready to
GitHub - xerial/xerial: Data management utilities for Scala
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Xerial – Trac
[English][Japanese] Xerial Project The goal of the Xerial Project is to develop a freely available native XML database system implemented in both of C++ and Java. The generated products from the Xerial project are licensed under the Apache License Ver 2.0. In order to use or distribute our softwares, please read carefully the detail description of the Apache License. The pronunciation of 'Xerial'
Xerial Blog
As a programmer, I have many things to hack, but unfortunately I am not smart enough to remember everything to code after I slept. In the next morning, I usually forget some features to code. Bug Tracking System (BTS) is useful to keep remembering these tasks. Joel Spolsky also wrote an article about Bug Tracking Systems, and I totally agree what he said; Bug tracking system is necessary to ship
2008年度 生物情報科学実験I Java基礎 ガイダンス 講師 中谷 洋一郎 (nakatani 'at' cb.k.u-tokyo.ac.jp) ゲノム進化 斉藤 太郎 (leo 'at' cb.k.u-tokyo.ac.jp) データベース分野 Teaching Assistants (TA) 佐々木 惇 (Atsushi Sasaki) 吉村 淳 (Jun Yoshimura) 講義時間中はTAが常駐しています。質問は遠慮なくTAに。親切に教えてくれます。 講義の内容 講義資料 すべてWeb上に置いてあります http://www.xerial.org/wiki/lecture/2008/Java/Index Java言語を用いて、プログラムの書き方、組み立て方を学びます。内容としては、 教養課程の山口先生の計算機プログラミングＩの授業に相当しますが、この演習では、オブジェクト
GitHub - xerial/jnuma: A Java library for accessing NUMA (Non Uniform Memory Access) API
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Top Page | xerial.org
xerial.org Profile Taro L. Saito Blog Software GitHub Research Publications Genome Sciences Articles Scala Cookbook Top Page Recent Updates 2014-03-23 Updated blog site: http://xerial.org/blog
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AdaBoost – Xerial – Trac
Boosting Algorithm 2008 Lecture Slides: (pdf) (6/24, 2008) Report Submission Site: http://lecture.utgenome.org/lms2008/ 注意：u-tokyo.ac.jpのアドレスを使った場合、登録確認用のメールが遅れて届くことがあります。参考：ECC メールが届かない。登録だけは早めに済ませておくこと。 How to Submit Your Report First, open http://lecture.utgenome.org/lms2008/ , then click 'New User?' link. Type your student ID number, full name (Kanji is allowed) and e-mail address and push the
ここでは、C, C++, Javaプログラミング言語の開発環境の構築について説明します。 この資料のWebページ http://www.xerial.org/wiki/lecture/2009/Index 担当：斉藤 太郎 (http://www.xerial.org/leo) C/C++開発環境のセットアップ 以下のうち、どれか一つがインストールできればよいです。最初のうちはVisual Studioがとっつきやすいと思います。プログラミングに習熟してからも十分使える開発環境ですので、今のうちに使い方に慣れておくとよいでしょう。 Windows Microsoft Visual Studio C++ (Express Edition: 無償で利用できる) MinGW (Windowsに移植されたgcc, g++) Cygwin (Windows上で、gccなどのUNIXコマンド
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Xerial Wiki: 2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - C++プログラムのデバッグ
Xerial Wiki: 2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - STLの使い方
GitHub - xerial/silk: Simplify SQL Workflows with Scala
Building Java projects with sbt - Xerial Blog
xerial / sqlite-jdbc / Downloads — Bitbucket
Xerial Wiki: 課題4 - 2009年度 生物情報科学科 情報基礎実験
Xerial Wiki: 2010年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - Mercurialの使い方
Xerial Wiki: 生物情報科学実験I Java基礎 ガイダンス
GitHub - xerial/sqlite-jdbc: SQLite JDBC Driver
Xerial Wiki: 2009年度 生物情報科学科 情報基礎実験 - プログラム開発環境の構築