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統計と生物学に関するr_coppeliaのブックマーク (3)

  • Maxentの利用方法 その2;MaxentでHSIモデルを作成する方法 - 自然環境保全のための周辺技術

    Maxentの利用方法の続きです。ようするに、Maxentは、生き物の生息データと、その場所の環境データ(標高、植生など)から、対象地域内での生息確率を予測するツールです。これだけだとRでのロジスティック回帰分析などと手順はあまり変わりません。 しかし、Maxentの便利な所は、 計算された生息確率が、どの環境データにどれくらい依存しているか? それぞれの環境データの値の変化が、生息確率にどのように影響するか? この結果も同時に出力できるところです。つまり、変数選択と、変数の説明も同時にできてしまうのです。この結果を利用すれば、HSIモデルを簡単に作成できるので、その方法を紹介します。 1. Maxentの設定 Maxentを実行するときに、"Create response curves" と "Do jackknife to measure variable importance"にチェ

    Maxentの利用方法 その2;MaxentでHSIモデルを作成する方法 - 自然環境保全のための周辺技術
  • Maxent software and datasets

    Maxent software for species habitat modeling This website has moved to the American Museum of Natural History. For full details and to download maxent software (which is now open source), please visit the new maxent website at: biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent.

  • Maxentの利用方法 その1;Maxentってなに? - 自然環境保全のための周辺技術

    動物の生息確率や、巣の存在確率を、調査で得られた発見位置とその環境データから推測するソフトMaxentを紹介します。Maxentによる方法は、ロジスティック回帰分析に似ていますが、不在データが必要ないところが最も違います。生物調査では、生息している場所を記録しますが、生息していない場所は記録しません。その場合、ロジスティック回帰分析を行おうとすると、生息していない場所をランダムに作成する必要があります。しかし、ランダムに作成した生息していない場所には、実際には生息している場所も含まれる可能性があります。Maxentでは、不在データが必要ないので、このような問題が生じず、高精度な推測が行えるようです。 http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/ 使い方は、マニュアルを見れは、なんとなく分かると思うので、その原理や出力結果について説明したいと思い

    Maxentの利用方法 その1;Maxentってなに? - 自然環境保全のための周辺技術
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