アメリエフのブログ | バイオインフォマティクス
学生時代に研究していた植物のタンパク質には、2つの名前がありました。 そのタンパク質をつくる遺伝子をノックアウトすると起きる現象由来の名前と、タンパク質の機能由来の名前です。そのタンパク質の研究は、ノックアウトにより起きる現象から始まったため、前者のほうが歴史的に使われている名前なのですが、後者の方がタンパク質の性質を表す適切な名前、ということで2つの派閥があったようです。 2つも名前があるなんて、ややこしいなと思っていました。 ゲノムの世界でも似たようなことがありました。 主に使われているリファレンスゲノムには、Genome Reference Consortiumが配布しているものとUCSC Genome Browserが配布しているものがありますが、これまでは、両者のbuild番号はたとえばヒトではGRCh36/hg18やGRCh37/hg19と、大きく隔たっていました。
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データフレームの出力 read.table() に対して関数 write.table() や write() で実現できる．例えば以下の様な 5 行 3 列のデータが入ったファイル data11.txt が（ C:/ に）あったとする．このデータ data11.txt を関数 read.table() で読み込んで，関数 write.table(データフレーム名, "出力するファイルのパス") でファイル output.txt に出力してみる．write.table(x,"C:/output.txt") だけでは（quote=F にしないと）要素に "" がついてしまう． x <- read.table("C:/data11.txt") write.table(x, "C:/output.txt", quote=F, col.names=F, append=T) # append=F にす
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Colors (ggplot2)
Problem Solution Sample data Simple color assignment Mapping variable values to colors A colorblind-friendly palette Color selection Setting luminance and saturation (chromaticity) Palettes: Color Brewer Palettes: manually-defined Continuous colors Color charts Hexadecimal color code chart RColorBrewer palette chart Problem You want to use colors in a graph with ggplot2. Solution The default color
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グラフィックスパラメータ 高水準作図関数や低水準作図関数で作図する場合，作図関数固有のパラメータ以外にもグラフィックスパラメータと呼ばれるパラメータを指定することが出来る．これにより作図結果の微妙なカスタマイズを行うことが出来，自分好みの出力結果を得ることが出来る． グラフィックスパラメータ事始 グラフィックスパラメータを設定する方法は，作図関数の引数にパラメータを与える方法と，関数 par() を使って設定する方法の 2 通りがある．前者は一時的にパラメータ値が変更され，後者は永続的にパラメータ値が変更される．重要なことは，グラフィックスパラメータの全てがこの 2 通りの方法で変更出来るわけではなく，一部のグラフィックスパラメータは関数 par() を使ってしかパラメータ値を変更することが出来ない点を理解することである．例えば，色に関するグラフィックスパラメータ col を赤に設定する方
Rの関数定義の基本 - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですR での処理は一連の関数を用いて行なわれます。 既に多くの関数が定義されており、それだけでも一通りの解析ができるものの、R の真の実力は 自分で関数を書く ことで発揮されます。 R には、最初から関数を簡便に定義するための多くの便利な機構が組み込まれており、R の組み込み関数の多くも、R 言語で書かれた関数です。関数はエディタで定義ファイルに書き込み source("ファイル名") で読み込むか、R 起動中にインタラクティブに定義します。 いずれにしても、一旦定義されれば、自前の関数も、R 固有の関数も外見からは全く同等に使えます。 目次 関数定義の基本書式 > foo <- function(引数リスト) 関数本体 # 関数本体が一つの表現式なら {} は不要 > foo <- funct
グラフィックス参考実例集：棒グラフ - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですグラフィックス参考実例集：棒グラフ、ヒストグラムを描く barplot, hist (グラフィックス参考実例集に戻る。Rのグラフィックスパラメータを参照する。) 単純な棒グラフ † barplot 関数は棒グラフを描きます。棒グラフは、棒の長さにより観測値の大きさや度数を表すものです。数値ベクトルを引数として与えるのが、関数barplotもっとも簡単な使い方です。こうするとベクトルのそれぞれの値が棒の高さになります。 引数が行列ならば各列が一本の棒となり、列の各要素の値により棒をブロックに分けます。 引数angle、density、colはそれぞれ棒を塗り分ける線分の角度、塗り分ける際の線分の本数、塗り分けの色を指定します。colだけを与えればブロックごとに塗りつぶします。 引数legen
SPARQL with R in less than 5 minutes | R-bloggers
[This article was first published on ProgrammingR, and kindly contributed to R-bloggers]. (You can report issue about the content on this page here) Want to share your content on R-bloggers? click here if you have a blog, or here if you don't. In this article we’ll get up and running on the Semantic Web in less than 5 minutes using SPARQL with R. We’ll begin with a brief introduction to the Semant
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Rのデータをいれて標準化するまで - 統計解析とか色々勉強する学生のブログ
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