No more hidden solutions in bioinformatics - Nature
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遺伝研スパコンの『ここが困った！』事例集と今後への提言
3. 従来型ＨＰＣと ゲノム解析ＨＰＣの違い 従来型ＨＰＣ ゲノム解析ＨＰＣ 計算力と使いやすさ 計算力が大事。 計算より計算できるまでの お膳立てが大変。使いや すさもとても重要。 アクセラレータ 当たり前に使う。 GPGPU/Phi/… 使いにくい。 ただし今後は必要に。 メモリー 小〜中規模。 大きく必要。 ソフトウェア互換性 なくても良い応用も多い。 とても必要。 通信バンド幅 かなり必要。 あまり要らない。 ファイルシステム バルクアクセスが多い。 細かいアクセス ＋バルクアクセス ＋超大容量 資源管理 主にCPU 主にメモリ/ストレージ 耐故障性 チェックポイント等 大事 4. スパコンあれこれ スパコン名称・設置サイト 不満点 遺伝研 DDBJ この中では一番よい。 東大医科学研究所 HGC 大規模メモリノードが（事実上）無い。 東工大 Tsubame2-KFC 大規模メモリ
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