BioCyc(バイオサイクと読みます)はSRIインターナショナル(Stanford Research Institute)が開発するパスウェイデータベースです。大腸菌からヒトまで幅広く対象にしており、異株を含めて7600種以上が収載されています。収載されているパスウェイデータは主に、専門家が手作業で作成した文献ベースのデータ、自動ツールを利用して作成されたデータを手作業で修正したデータ、自動ツールで作成されたデータがあります。 今回の動画では、BioCycの基本的な操作方法を解説しながら、パスウェイの検索方法や種間比較の方法などについて説明します。 見どころダイジェスト 00:40 1. BioCycのデータベースの説明 01:46 2. E.coliのデータベースを使ってTCA cycleのパスウェイを検索 02:14 3. パスウェイ検索結果の説明 05:22 4. パスウェイ全体図の

ClinVar(クリンバーと読みます)は、ヒトゲノムの多様性と関連する疾患についての情報を収集し、自由に利用できるアーカイブとしてNCBI((National Center for Biotechnology Information: 米国 国立生物工学情報センター)が提供しているデータベースです。多型の位置、遺伝子名、疾患関連情報などを収録しています。 疾患名や遺伝子名などで簡単に検索できるので、今回はdiabetes(糖尿病)を検索例に関連する変異を検索する方法を紹介します。また後半では、Variation Viewerの機能を使って、ゲノム上での変異の配置を視覚的に探索する方法についても解説しています。

ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野 と ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。 今回の動画では、既報の ChIP-seq データをまとめて閲覧し、何がどこに結合しているかが一目でわかる「Peak Browser」の使い方を紹介します。Peak Browserでは、Integrative Genomics Viewer (IGV) (参考: 統合TVによるIGVの使い方解説動画 基本編、マッピングデータ可

2017年度生命科学系学会合同年次大会（ConBio2017）において企画開催したフォーラム「生命科学のデータベース活用法」の講演スライド（一部）を公開しました。 講演スライド掲載ページはこちら