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Pajek入門 －巨大ネットワーク分析用フリーソフトウェア－: それゆけBioinformatics
Pajek official site Developed by Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar at the University of Ljubljana, Slovenia. 1. Pajek概要 Pajekは、フリーのWindows (32 bit)用の巨大なネットワーク分析プログラムである。 Yeast two-hybrid (Y2H)法によるタンパク質－タンパク質相互作用ネットワークのような大量データ(多数のタンパク質がある)をネットワーク分析する際に、行列表示に基づく標準的なネットワーク分析ツールで効率的に扱うことは非常に困難である。大量なネットワークデータに対してPajekが出来ること・目指すゴールは以下の通りである。 (1) 巨大なネットワークを小さなネットワークへと分離・抽出する (2) ユーザにネットワークの強力な視覚化ツールを提
pajek: それゆけBioinformatics
去る1月16日にネットワーク分析プログラムpajekがバージョンアップしたようです。昨今ネットワーク分析が注目されておりますので、興味のある方は是非使用してみてくださいませ。ただしWindowsのみ。 関連記事 Networks / Pajek Program forLarge Network Analysis http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ それゆけBioinformatics: pajek http://bioinfo-goto.seesaa.net/category/67276.html (以前に、Pajekのごく初歩的な扱いを解説しました) それゆけBioinformatics: graphviz http://bioinfo-goto.seesaa.net/category/67259.html (Pajekのような分
Bioconductor - Wikipedia
Bioconductor is a free, open source and open development software project for the analysis and comprehension of genomic data generated by wet lab experiments in molecular biology. Bioconductor is based primarily on the statistical R programming language, but does contain contributions in other programming languages. It has two releases each year that follow the semiannual releases of R. At any one
BioConductor tutorial
はじめに このチュートリアル用に, 比較的安定的なパッケージを収拾及び調査の 結果, R-2.4.1を選びました. R-2.5.1が出る頃にはR-2.5系も安定するかと思いますが, 現状安定して いるR-2.4.1の方が前もって準備も可能ですので, R-2.4.1をベースに, BioConductor-1.9のパッケージを選抜したインストーラを作成しました. Rは様々なOSで動作しますが, 全てのOSでのパッケージングは困難ですので Windows版限定と致しました. R-2.4.1pat + BioConductor1.9 パックのインストール http://prs.ism.ac.jp/%7Enakama/BioC1.9/ の中から, R-2.4.1pat_BioC1.9-win32.exe(サイズは199MB)を ダウンロードします. ダウンロード後, 実行すれば以下のパッケージをイン
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Bioconductor - Home
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