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生命科学の新しい潮流 理論生物学 (ISBN978-4-320-05713-5) 望月敦史 編集 A5,290頁,3800円 ●内容 現在,生物の高次機能を作り出す分子メカニズムが次々と明らかにされている。その結果,遺伝子や蛋白質などの多数の生体分子が相互作用する制御ネットワークが,生命現象を作り出す根源だと分かってきた。これらの複雑で動的なシステムを解明するために,数理科学や計算機シミュレーションなどの理論的方法が期待されている。しかし,実験生物学を専門にするものにとって,数理科学や物理学などの理論的手法はまだ敷居が高い。また生物学に関心をもつ理論系の研究者にとっても,生物学研究についての適当な解説書はほとんどない。 このような背景のもと,生物学における新しい手法である理論生物学を解説し,紹介する目的で本書は執筆された。本書は二つの側面を柱として持っており,「生命現象の理解に
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というわけで大変便利なライブラリwat-arrayを使ってFM-Indexを簡単に実装してみるよ。本格的なライブラリは既にFM-Index++という良いものがあるので、本記事では仕組みの解説を目的とする。 参考資料: FM-index++を公開しました - tb_yasuの日記 An alphabet-friendly FM-index (P. Ferragina, G. Manzini, V. Makinen, G. Navarro, 2004) なお、本記事では前回の記事で実装した(ってほどでもないけど)text2bwt()とLF()を使っている。 話題のwat-arrayを使ってBurrows-Wheeler変換(BWT)してみた - EchizenBlog-Zwei 今回もテキストとしてmississippi#を使う。まずテキストから任意のキーの出現回数を得る関数get_rows(
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