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Linear Graph Miner: 線形グラフのマイニングアルゴリズム - Yasuo Tabeiの日記
データマイニングの国際会議 PAKDD2011に線形グラフのマイニングアルゴリズムに関する論文がアクセプトされました。本研究は、PFIの岡野原さん(@hillbig)、産総研の廣瀬さん、津田さん(@kojitsuda)との共同研究です。論文をarxiv.orgにアップしました。 LGM: Mining Frequent Subgraphs from Linear Graphs, Yasuo Tabei, Daisuke Okanohara, Shuichi Hirose, Koji Tsuda, The 15th Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD2011), link to the paper 線形グラフ(Linear Graph)とは、通常のグラフの頂点に順序がついたグラフです(下
sleepy_yoshi 2011/03/11
ML
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FM-index++を公開しました - Yasuo Tabeiの日記
FM-indexのC++による実装 FM-index++を公開しました。 http://code.google.com/p/fmindex-plus-plus/ FM-index[1〜4]とは、圧縮全文索引の一種でO(n)時間とO(nlgσ)メモリー(n:テキスト長、σ:文字種類数)で構築することができます。最近では、テキスト処理ばかりでなくゲノム検索[5]など、いろいろなところで応用されています。今回は、クエリーに対する検索操作の内、exact検索、ハミング距離による検索、編集距離による検索の３つを実装しました。それぞれの計算時間は、qがクエリーの長さとすると、exact検索がO(q)時間、ハミング距離による検索がO(q^σ)時間、編集距離による検索がO((q \times q)^σ)時間です。よって、４文字種のDNAや２０文字種のタンパク質など、文字種類数が少ない対象にはハミング距離
sleepy_yoshi 2011/01/01
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講演その２と今後の予定 - Yasuo Tabeiの日記
東京工業大学の杉山研究室でSketchSort法に関する講演をさせていただきました。杉山研はいろいろな国からの留学生が多くゼミでの公用語は英語だそうです。企業と同様に大学の研究室単位でもグローバル化しているようです。ツッコミも激しかった。杉山研での発表のためにスライドを少し修正したので再アップしました。またまた英語で発表したので英語のスライドになっております。 Sketch sort sugiyamalab-20101026 - publicView more presentations from tbyasu. 今後の予定 11月4日〜6日に行われるibis2010にて以下のタイトルでポスター発表します。「大規模化合物のスケッチ表現によるクラスタリング」 http://ibis-workshop.org/2010/index.html SketchSort法を2千５百万からなる化合物デ
sleepy_yoshi 2010/11/19
algorithm
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