定量的PCRと遺伝子発現の評価 定量的PCR（以下、qPCR）の用途の一つに遺伝子発現の評価があり、これはmRNAのコピー数から測定されます。少量のRNAから遺伝子発現を検出し定量化するためには、定量的逆転写PCR（以下、RT-qPCR）による増幅が欠かせません。 この記事では、RT-qPCRの基礎となる逆転写PCR（以下、RT-PCR）について解説し、その後、RT-qPCRにおいてよく生じる問題とその解決方法について紹介します。 無料PDF(PCR技術のすべて)はこちら RT-PCRの概要 RT-PCRは、RNAを増幅するための技術です。DNAポリメラーゼは1本鎖RNAを増幅することができないため、鋳型RNAからcDNAを作るためには逆転写が必要です。鋳型RNAから逆転写されたcDNAは通常のPCRか、場合によってはqPCRプロトコールを用いて増幅されます。 逆転写については、様々な逆転

世の研究者たちはFASTAファイルのハンドリングにはどのようなツールを使っているのだろうか。 長さでソートしたい 特定の文字列を持つものだけ抽出したい 名前だけ抽出したい 名前を置換したい/通しで付け直したい でかすぎるファイルを分割したい ランダムサンプリングしたい といった欲望は、シーケンスを扱うすべての研究者たちが持っていそうなものだけど、調べてみても、意外と統一的な方法って無くて、各自が自分なりの方法で作業してるのが実情みたいだ。自分自身もbioperl, biopython, bioawkなど、色々なツールをかじってみたけれど、どれもとっつきにくくて、結局、一番使い慣れているRにパッケージ"seqinr"を入れて作業する方法に落ち着いていた。けどこの方法は、もともと文字列処理が得意でないRに無理矢理FASTAを読み込ませているところもあるので、次世代シーケンサーで出てくるバカでか

2019 4/15  Githubリンクの誤り修正、7/3 名前修正、12/11 論文引用追加、タイトル修正 2022/06/07 インストール手順修正 デノボシーケンスアセンブリは、比較的短いシーケンシングリードからサンプルゲノムを再構築する。リファレンスゲノムは関心のある領域を欠いている可能性があるため、マッピングベースの分析に失敗することが多い、新種および構造ゲノムの変化の研究に不可欠である。 Pacific Biosciences（PacBio）およびOxford Nanopore Technologies（ONT）による一分子シークエンシング技術の急速な進歩により、10〜100キロベース（kb）のリードを手頃なコストでシークエンスすることができる。このようなロングリードは霊長類の主要なrepetitiveクラスを解決し、アセンブリの連続性を改善するのに役立つ。今日では、いくつかの

Spalnは、哺乳類サイズの真核生物ゲノム配列にタンパク質のクエリ配列をスプライスアライメントし、自己完結的にゲノムマッピングを行うための最も初期の実用的なツールである。しかし、その計算速度は、急速に増加するゲノムおよび転写産物配列データの解析には不十分である。 Spalnの動的計画計算は、(i)多重中間一方向Hirschberg法の導入、(ii)SIMDベースのベクトル化、の2つの方法で高速化された。新バージョンのSpaln3は、最新のSpalnバージョン2より約7倍高速で、遺伝子予測精度は常にMiniprotより高い。 インストール ubuntu22.04でビルドした。 git clone https://github.com/ogotoh/spaln.git cd spaln/src/ ./configure make -j8 make install > ./spaln No in

今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。 現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。 しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。 そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションをを使っての実行方法について紹介します。 検索実行では前回作成した酵母のアミノ酸配列データベースに対して、サンプル配列と類似の配列を検索しています。オプションの実行では、さまざまなオプションを使って検索結果をしぼった

2019 4/15 Githubリンク追加 2019 6/21 seqmit sample コマンド追記 2019 8/7 help追加 2019 8/8 stats追記 2020 3/18 help更新 2021 ツイート追加（対応するバージョンを使っている人は注意） 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit チュートリアル Tutorial - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit 公式マニュアルの機能比較。競合のツールより多機能に見える。 公式マニュアルより。 2023/03/22 SeqKit has got 1000 citations 🎉 We've

この記事はPythonエンジニア列伝第５回の１記事目です Pythonエンジニア列伝は、「Pythonエンジニアたちのインタビューを通して、Pythonを使う人達がどんな人なのか、どんな場面で活用しているのか、なぜPythonに出会ったかなどを紐解く」連載です。 連載はトピックごとになっているので記事単体でも読むことができます。 関連記事 プロフィール・インデックス…片柳さんのご紹介とインデックスページです。 この記事はPythonエンジニア列伝第５回の１記事目です 関連記事 ご挨拶 研究員とプログラミングの関係性 soil_texture_visualization NumPy pandas Matplotlib 農業系研究分野での使用技術について 「メッシュ農業気象データ」 次回の内容 ご挨拶 haruこの度はインタビューを受けていただきありがとうございます。PyQ開発チームメンバーの

データ分析における関数の使い方については様々な記事が上がっています。関数を知らなかったり使い方が分からないときは調べればだいたい答えが見つかります。 一方で、実際に分析を始めようとすると、たとえ関数の使い方がわかっていても、データをどのような切り口から何を分析・可視化していけば良いのか困ってしまうことがよくあります。 この記事では、あんちべさんが書いたデータ解析の実務プロセス入門という本をベースに、どのようなデータから何を見たいときにどのような可視化手法を使えばよいのかを、具体例を交えながら整理していきます。 探索的データ解析とは データ解析のアプローチは、大きく分けて仮説をデータで検証する「仮説検証型」とデータから仮説を生み出す「探索型」に分けられます。 実際にデータ解析を行うときは、仮説検証型と探索型を行き来しつつ知見を見出していきます。 データ解析には検証すべき仮説を設定することが必

TwitterにこんなDMが届いていたので、今日はDMの回答にnoteを使ってみようと思います。（質問をくれた方の許可は取っています） 【フォロワーさんからの質問】 貨幣信仰が最大の宗教であるこの世の中で「有用性に欠ける」と言われている学問についてどのように考えていますか？ 【ぼくの回答】 こんばんは。昨晩はDM有難うございました。DMでばーっと返信しちゃおうかな、とも思ったのですが、「そういえばあんまり深く考えたことないな」と思ったこともあり、せっかくなのでnoteのネタにさせてください。 まずは「有用性に欠ける」という言葉について考えてみたいと思います。質問主さんは「貨幣信仰が最大の宗教であるこの世の中で」と限定されていることから、これの意味するところは「儲からない学問」、つまり例えば哲学であったり文学であったり、いわゆるそういう文系の（文系にも経済学や経営学といった「儲かる」学問があ