2019 4/15  Githubリンクの誤り修正、7/3 名前修正、12/11 論文引用追加、タイトル修正 2022/06/07 インストール手順修正 デノボシーケンスアセンブリは、比較的短いシーケンシングリードからサンプルゲノムを再構築する。リファレンスゲノムは関心のある領域を欠いている可能性があるため、マッピングベースの分析に失敗することが多い、新種および構造ゲノムの変化の研究に不可欠である。 Pacific Biosciences（PacBio）およびOxford Nanopore Technologies（ONT）による一分子シークエンシング技術の急速な進歩により、10〜100キロベース（kb）のリードを手頃なコストでシークエンスすることができる。このようなロングリードは霊長類の主要なrepetitiveクラスを解決し、アセンブリの連続性を改善するのに役立つ。今日では、いくつかの

Spalnは、哺乳類サイズの真核生物ゲノム配列にタンパク質のクエリ配列をスプライスアライメントし、自己完結的にゲノムマッピングを行うための最も初期の実用的なツールである。しかし、その計算速度は、急速に増加するゲノムおよび転写産物配列データの解析には不十分である。 Spalnの動的計画計算は、(i)多重中間一方向Hirschberg法の導入、(ii)SIMDベースのベクトル化、の2つの方法で高速化された。新バージョンのSpaln3は、最新のSpalnバージョン2より約7倍高速で、遺伝子予測精度は常にMiniprotより高い。 インストール ubuntu22.04でビルドした。 git clone https://github.com/ogotoh/spaln.git cd spaln/src/ ./configure make -j8 make install > ./spaln No in

2019 4/15 Githubリンク追加 2019 6/21 seqmit sample コマンド追記 2019 8/7 help追加 2019 8/8 stats追記 2020 3/18 help更新 2021 ツイート追加（対応するバージョンを使っている人は注意） 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit チュートリアル Tutorial - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit 公式マニュアルの機能比較。競合のツールより多機能に見える。 公式マニュアルより。 2023/03/22 SeqKit has got 1000 citations 🎉 We've