macでインフォマティクス

ゲノムデータの解釈には、既存のリファレンスデータベースとの関連で結果を評価することが繰り返し課題となっている。コマンドラインやPythonの利用者が増加する中、大規模な公開ゲノムデータベースの多様なコレクションに保存されているキュレーションされたリファレンス情報への自動的かつ容易なプログラムによるアクセスを実現するツールが必要とされている。ggetは、Ensemblのようなゲノムリファレンスデータベースの効率的なクエリを可能にする、フリーでオープンソースのコマンドラインツールおよびPythonパッケージである。ggetは、別々のモジュールから構成されているが、相互運用可能である。マニュアルとソースコードは、https://github.com/pachterlab/gget で入手できる。 Analysis of #scRNAseq requires constant, tedious,

[sayamatcher]

“TALC (Transcript-level Aware Long Read Correction)と呼ばれる新しいリファレンスフリーのアルゴリズムを作成した。これは、RNA発現とアイソフォーム表現の変化を重み付きDe-Bruijnグラフでモデル化し、トランスクリプトーム研究のロ