1. 計算する前に考えること 2. 計算の流れ 3. PDBファイルの作成 4. トポロジーファイルの作成 5. 初期構造の作成 6. エネルギー最小化 7. 初期平衡MD計算 8. 本計算 9. 結果の解析 GROMACSオンラインマニュアル 計算する前に考えること どんな現象を計算するか? 計算機の高速化により、以前は不可能と言われていた蛋白分子のフォールディングや、液晶分子系のネマチック相転移のMD計算がここ数年、可能になりつつある。 しかし、下の図に示すようにMDで算できる現象の時間・空間の範囲はまだまだ非常に限られており、MDが時間・空間スケールの小さな現象の解析に向いていることには変わりはない。 MDで解析する事が可能な現象であるか否かを、事前に注意深く検討する必要がある。 どんな系を計算するか? 実用的に興味あるソフトマテリアルの多くはある程度複雑な分子であり、また、その凝集