全ゲノム解析による慢性リンパ性白血病患者の層別化に成功
a)全ゲノムシーケンス解析によるDNA変異の特定。 b)CLLに関連するDNA変異（186のCLLドライバー）の特定および変異パターンの解析により患者ゲノムデータを五つのCLLサブグループへ層別化。 c)CLL患者をDNA変異パターンの類似性解析により層別化、五つのCLLサブグループと実際の臨床経過区分との関連。 今後の期待 本研究を用いれば、CLL患者を五つのCLLサブグループに層別化して、この層別化に対応する最適な治療を最初に受けることができ、副作用の可能性がある不必要な治療を省くことができます。また、新しい標的療法の臨床試験に最も適した患者の選択にも役立ちます。今後、本研究において解析しなかった新たな標的療法を受けた患者のデータについて追加解析をすることで、効果的な治療法の予測精度を上げる可能性もあります。 また、本研究により、CLLの原因となる可能性がある新たなドライバーが発見され
蛍光アプリケーション ～milestone
蛍光アプリケーション ～milestone 皆様にご愛顧いただきました蛍光アプリケーション～milestoneは2004年12月をもって一旦終了させていただきました。今後、新たな企画としてもう一度にお目にかかることを祈りつつ、これまでのご愛読に感謝いたします。 『全ての道はローマに通じる』という言葉で有名な古代ローマ帝国の街道には1マイルごとに目印になる石碑が置かれていました。この石碑がmilestoneの語源です。コンパスもカーナビも無い時代には、そこに石碑があるだけで多くの旅人に安心感をもたらせたことでしょう。研究という皆様の旅の道中、少しでもお役に立てるようなものを作りたいと願いまして、この連載をmilestoneと名付けました。
日本の研究.com
2018年8月3日(金) ～ 2018年8月5日(日)の記事・注目研究者 集計期間：2018-08-02 18:00 ～ 2018-08-05 17:59
Natureによる2014年のサイエンスのちょっとした予想 - Pursuing Big Oceans
2014年、ブログへの初エントリー。ブログ初めということで2014年の予想話でもしようと思う。といっても、2014年のサイエンスにおける予想をNature誌が載せていたので、それを翻訳しつつ、自分の感想を加えて書く程度のこと。元の記事は以下になるので、詳しく読みたい方はどうぞ。 → What to expect in 2014 : Nature News & Comment 遺伝子改変サル 慶応大学の岡野栄之教授のグループ（参考）を含む、いくつかのグループが免疫系や脳の疾患を持つ遺伝子改変サルの作成を目指しているとのこと。最初のキメラ猿の報告がたった2年前にCellに出たもの（参考）なので、次の段階の論文が出るのは時期尚早な気がするが、疾患解析を目的とした遺伝子改変サルの作成は、間違いなく世界の何処かで進行中だろう。 倫理的な問題をはらんでいるが、マウスよりもサルの方が近縁のため、人間の疾
ゲノマーと情報科学について(続き)
Masahiro Kasahara @mkasahara .@taroleo TL を見るに、パーソナルゲノムとか Illumina とか全ゲノムシークエンシングとかをビッグデータ的に話して、情報な人が、ACGTをテキストで使うとかどんだけ無駄、とか、シェルスクリプトで数百TBのデータ処理してるとか草不可避、みたいな流れだったくさい。 2013-08-26 13:14:16
バイオと情報科学の関係について
Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34
理研、自然免疫と獲得免疫の両方を活性化させるがん免疫療法を開発
理化学研究所(理研)は12月26日、リンパ球の一種であるナチュラルキラーT細胞(NKT細胞)や、免疫反応の司令塔である樹状細胞を利用して、自然免疫と獲得免疫の両方を活性化させ特定のがんを抑制する「ヒト型人工アジュバントベクター細胞」によるがん免疫療法を開発したことを発表した。 同成果は、理研免疫・アレルギー科学総合研究センター 免疫細胞移植戦略研究ユニットの藤井眞一郎ユニットリーダー、東京大学 医学部付属病院腫瘍免疫学の垣見和宏 准教授、山口大学 共同獣医学部獣医内科学の水野拓也 教授、永井良三 前東大拠点長(現 自治医科大学学長)らによるもので、詳細は米国の科学雑誌「Cancer Research」オンライン版に近日掲載される予定だ。 生体防御を担う免疫系には、先天的な免疫システムでさまざまな種類の抗原を対象に初期防御を担う「自然免疫」と、抗体や多様な細胞性免疫応答によって特定の異物を強
東大、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子「TAWAWA1」を発見 （マイナビニュース） - Yahoo!ニュース
東大、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子「TAWAWA1」を発見 マイナビニュース 12月27日(木)16時10分配信 東京大学(東大)は、稲穂にできるコメ粒の数を決定する遺伝子を発見し、「TAWAWA1」と命名したことを発表した。 同成果は、日本学術振興会の吉田明希子 特別研究員PD、東京大学大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻 修士課程の笹尾真史氏(当時)、同 安野奈緒子 特任研究員、同 大門靖史 特任研究員、同 Ruihong Chen 特別研究学生、同 山崎諒 特任研究員、同 徳永浩樹 特任研究員、同大学農学部 応用生物学専修の北口善教 氏(当時)、同大大学院農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻の経塚淳子 准教授、岡山大学 資源植物科学研究所の前川雅彦教授らによるもの。詳細は「米国科学アカデミー紀要(Proceeding of the National Academ
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される2012.12.26 12:3015,919 satomi ｢完璧な人間なんかいないさ｣と人を慰めることありますけど、あれって本当だったのね！ 英ケンブリッジ大学が179人のヒトゲノムを解読してみたら、本当に完璧な人間がひとりもいないことがわかりました！ DNAには欠陥があって無害なものもあれば病気となって現れる場合もある...というのはみなさんもご存知だと思いますが、｢平均的な人間はどれぐらいの欠陥を持ってるものなのか？｣という部分はこれまで曖昧なままでした。 ケンブリッジ大学のクリス・タイラー-スミス（Chris Tyler-Smith）博士はNPR放送にこう話してます。 ｢これは非常に面白い問題ですね。長年、間接的なアプローチによる推定の試みはなされてきました。重病が絡む変異体の推定数は、ほんの一握りしかないとい
プログラマーに比べ、バイオ研究者に飛び抜けた才能が現れない理由のひとつ - ミームの死骸を待ちながら
最近情報系クラスタの人々と接触する機会が多かったのだが、彼らの多くは 楽しんでいろいろ試行錯誤して、意識しないままスキルが向上した のだろうな、という印象を持っている。きっかけはいろいろだろうが、通常人よりも時間を投入してきた人たちだと思う。 日本のインフラの力か、もしくはITという領域の特異性か、最新の技術で遊び、遊びから得た知識を応用して次の新しいものに手を付ける。たまに自分で新しいものを作ってみたりする。 それぞれが得意分野を持ってて、互いに一目置いている。その場のノリで僕から見たら神業としか思えないことをやってのける。 うらやましいことこの上ない。 彼らのやってることを僕の専攻でパラフレーズすると 「ところでこのシャーレをどう思う？」 「コロニーが生えてるな」 「こいつを手で暖めると…」 「ちょ…赤くなったwww なんぞこれwww」 「イソギンチャクのRFP (Red Fluore
科学史上最悪のスキャンダル？！ "Climategate" - 化学者のつぶやき - Chem-Station
一般的な話題 科学史上最悪のスキャンダル？！ “Climategate” 2009/12/7 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 日常から Climategate, クライメイトゲート, 二酸化炭素, 京都議定書, 国連機構変動枠組条約会議, 温暖化, ＣＯＰ１５ 投稿者: StarryNight 既に海外のメディアでは大きく取り上げられており、日本でも数々のサイトで取り上げられていることなのでご存知の方も多いかと思いますが、去る１１月に起きた、「Climategate事件」についてのつぶやきです。（＊筆者が尊敬する科学者H.M氏より情報提供・ご協力を得ての執筆です） 長いので先に簡単にまとめると、 ・地球温暖化に関する大御所研究者のこれまでのデータとemail等が流出 ・そのデータから、研究の不正・印象操作が発覚（地球温暖化はＣＯ２が主要因ではない＆そもそも温暖化してない？！） とのこと
学術出版という封建制
西洋世界でもっとも無慈悲な資本主義者は誰だろうか？ 彼らの独占の仕方の前では、ウォルマートさえ街角の個人商店にすぎず、 メディア王マードックでさえ社会主義者に見える。 そのような候補者は限りなくあるだろうが、 私が一票を投じる先は銀行でも保険屋でもない。 学術出版社である。 科学や最先端研究を理解することが望ましいということには、誰もが賛意を惜しまない。 最新の知識を欠いては安定した民主的決定は不可能だ。 しかし出版社はその門の前に立入禁止の札を掲げる。 タイムズ紙やサンデー・タイムズ紙をアクセスするのに24時間あたり1ドルという、 マードック流の購読システムには飽き飽きしている人も多いだろう。 しかし、少なくともその期間内はいくつでも記事を読めるし、ダウンロードしておくこともできる。 エルゼビアの出版する学術雑誌では、1つの論文を読むのに31.50ドルかかる（原注１）。 シュプリンガーは
統計学を勉強するときに知っておきたい10ポイント - Issei’s Analysis ～おとうさんの解析日記～
googleさんやマイクロソフトさんは「次の10年で熱い職業は統計学」と言っているようです。またIBMは分析ができる人材を4,000人増やすと言っています（同記事）。しかし分析をするときの基礎的な学問は統計学ですが、いざ統計学を勉強しようとしてもどこから取りかかればいいか分からなかくて困るという話をよく聞きます。それに機械学習系の本は最近増えてきましたが、統計学自体が基礎から学べる本はまだあまり見かけないです。 そこで今回は、統計学を初めて勉強するときに知っておいた方が良い10ポイントを紹介したいと思います。 1. 同じ手法なのに違う呼び名が付いている 別の人が違う分野で提案した手法が、実は全く同じだったということがあります。良く聞くのは、数量化理論や分散分析についてです。 数量化理論 数量化I類 = ダミー変数による線形回帰 数量化II類 = ダミー変数による判別分析 数量化III類 =
RNA-seq Analysis With R/Bioconductor - The Cat Way
RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq
リアルタイムPCRアッセイ | Thermo Fisher Scientific - JP
オンラインオーダーアカウントについて 一定期間ご利用がないThermofisher.comアカウントにつきましては、ご利用できなくなる場合があります。 お客さまのアカウントを不正アクセスからお守りし、安全にご利用いただくための措置となりますので、ご了承くださいますようよろしくお願い申し上げます。 Applied Biosystems TaqMan Assaysは、5’ヌクレアーゼqPCRアッセイにおいて業界をリードする製品。これらは、非常に洗練されたオリゴヌクレオチドプローブ／プライマーデザインパイプラインを使用して設計されています。これには、強力なプライマーデザインアルゴリズム、バイオインフォマティクスツールの高範囲なアレイ、およびアッセイデザインを自動化するプロセスが含まれます。。20万種類を超える性能保証付きの設計済みアッセイから選択できます。 数回のクリックで適切なTaqManアッ
サービス終了のお知らせ - NAVER まとめ
サービス終了のお知らせ NAVERまとめは2020年9月30日をもちましてサービス終了いたしました。 約11年間、NAVERまとめをご利用・ご愛顧いただき誠にありがとうございました。
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日本統計学会創立75周年記念出版『21世紀の統計科学』(全3巻) 増補HP版 (2012年1月)
http://www.primate.or.jp/PF/yasuda/index.html
ヒトゲノムの3D構造は「丸めた麺のようなフラクタル」