ほくそ笑む
引き続きロジスティック回帰について調べている。 前回、ロジスティック回帰の最尤推定量にはバイアスがあることを調べた。 ロジスティック回帰の最尤推定量にはバイアスがある - ほくそ笑む このバイアスは、サンプルサイズが大きい場合は無視できるが、入力変数の数に対してサンプルサイズが小さい場合には無視できないほど大きくなる。 今回はサンプルサイズをさらに小さくすると起こる問題について考える。 前回の最初の例を少しだけ変えて実行してみよう。 この例では、入力変数の数 として、パラメータ 300個の真の値を、最初の 100個は 、次の 100個は 、残りの 100個は と設定した。 ここまでは同じだが、変更点として、前回はサンプルサイズ だったのに対して、今回は で実行する。 n <- 1300 p <- 300 # データの生成 set.seed(314) x <- rnorm(n * p, me
RNA-seq Analysis With R/Bioconductor - The Cat Way
RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq
aggren0xの日記
「この研究分野では二つのセクトが戦っている。ひとつは聖シーウォルから日本人への手紙の信奉者で、こう信じている：必ずしも速い者が競争に勝つのではなく、強い者が戦いに勝つのでもない。しかし時と災難はすべての人に臨む。もう一つの宗派は聖ロナルドの門弟たちで、次のように信じる：招かれる者は多いが、選ばれる者は少ない」 前半は旧約聖書「伝道の書」9:12、後半は新約「マタイによる福音書」。 www.nature.com こんな記事があった。インテレクチュアル・ダーク・ウェブというのがあるのだそうだ。 https://gendai.ismedia.jp/articles/-/59351 これを呼んで、ふと、論文を紹介したいと思った。これらは強烈な研究成果である、と、私は思っているのだが。日本国内的には特に注目はされていないように思う。 これらは科学雑誌としては、昨年度に公開された結果である。 2018
バイオ系研究室PC管理担当のメモ
ブログの場所を下記に移しました。 http://yfuruta.sakura.ne.jp/blog/
データえっせい
本日，大腸内視鏡検査を受けてきました。そのいきさつの記録です。 私は毎年，横須賀市の成人特定健康診断を受けています。会社員なら強制的に健診は受けさせられますが，私のような在野人は，自分で手配しないといけません。まあ市から送られてくる受診券を持って，近くのかかりつけ医に行くだけですが。 有料のオプションとして，胸部検査や大腸がん検診もついています。後者については躊躇する人も多いでしょうが，私は毎年受けることにしています。お肉をバクバク食べますのでね。 昨年の11月半ば，渡された検査キットを使って，自宅にて便を採取しました。正確さを期すため2回行うのですが，2回目は，お尻を拭いたトイレットペーパーに血がついていました。排便の時に，肛門が切れるような感覚があり，おそらく痔だなと思いました。しかし便に血が混ざってしまった可能性が高く，これは陽性と出るな，と覚悟を決めました。 1か月経った12月半ば
DNAでもRNAでもない新たな遺伝物質XNAについて - 蝉コロン
科学遺伝、進化できる物質作製に成功 生命起源や研究に貢献 - 47NEWS（よんななニュース）進化するだなんだ言っていますが、どうなんでしょう。実際の論文はこちら。 Synthetic Genetic Polymers Capable of Heredity and Evolution さて、DNAの構造はこんな感じです。http://en.wikipedia.org/wiki/File:DNA_chemical_structure.svgデオキシリボースという五炭糖（図中オレンジ）がリン酸（図中黄色P）を介して連なっていて、AGCTの塩基が枝みたいに伸びています。二本鎖の相補対が点線で結ばれてます。ちなみに図でバックボーンと書かれているように、塩基がなくても縦のリン酸結合の数珠つなぎ自体は壊れない。DNA二本鎖だったらそういう塩基のない部分は歯抜けみたいになりabasic siteと呼ば
パックマンの挑戦 － PacBioシークエンサー
PacBioシークエンサーONLYの日本で唯一のブログ 2012年1月～今 PacBio以外のことも書いてます。最近は非モデル生物系がマイブーム 今日はお酒の話。みなさんはお酒飲みますか？飲むとしたら何が好きですか？ ビール、ワイン、日本酒、焼酎、泡盛、ウイスキー、カクテル、ハイボール、、、 私はビールはスタウト以外なら何でも。ワインは詳しくないけど甘すぎなければ何でも。日本酒はこだわりないけど甘くないやつなら何でも。焼酎はお湯割りが合うなら何でも。泡盛はサンエーに売っているようなお手頃なものしか飲んだことないけど、今のところ何でも。 基本だいたい何でもいけますが、これも前の会社、トミーデジタルバイオロジーにいたおかげです。いい意味で（重要）。 でもウイスキー飲めるようになったのは比較的最近です。海外のひとと飲むと途中からウイスキーになることがあるんですが、彼ら薄めないんですよね。基本ス
ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ 2020年のイルミナ新製品は、NextSeq1000・2000でしたか。 そうですかー、ミドルサイズのシークエンサーをバージョンアップしたんですね。 私は正直、もっとハイエンドのクラスを行ってくるかと思っていたのですが、ベンチトップクラスを狙ってくるとは。でも、だんだんと種類が増えてきて、エ
読書猿Classic
Reading Monkey ChatGPTについてブログ記事を書こうと思います。アドバイスしてください。 ChatGPT ChatGPTは、自然言語処理タスクのためのトランスフォーマー・ベースのモデルで、大量のテキストデータを学習しています。 ブログ記事を書く際には、ChatGPTの特徴や使用方法について説明し、実際に使用した例や、改良の余地などについても触れることが有益でしょう。また、ChatGPTが扱えるタスクや利用可能な言語についても説明することで、記事の内容を充実させることができます。 Reading Monkey ChatGPTの特徴を５歳の子供にも分かるように説明してください ChatGPT ChatGPTは、大量の文章を読んで、人間のように文章を書くことができるコンピュータープログラムです。 例えば、あなたが「私は犬が好きだ」と言ったら、ChatGPTは「なぜ犬が好きなの？
Pocket WiFi (D25HW) を契約したら必ずやっておくべき設定 - livedoor Blog（ブログ）
【2010/4/29 追記】ある方に教えていただきましたが、Pocket WiFi のソフトバンク版である C01HW でも同じであり、当記事が有効のようです。 【2011/4/25 追記】フォロワーさんに教えていただきましたが、新型 Pocket WiFi GP01 でもセキュリティの初期設定が同じで、当記事が有効であるそうです。 【2011/12/26 追記】EMOBILE G4 対応 GP02 を一から設定してみましたが、そのままではないものの当記事を参考にセキュリティ設定を行うべき部分はありました。 前回の記事でも書いたように、Pocket WiFi (D25HW) は購入・契約すると、すぐに使える状態になっている。１枚紙の「かんたんセットアップマニュアル」（基本編・ゲーム編の２種類）の通り、 になっている。この「買ってすぐに誰でも使える」コンセプト自体は素晴らしい。 ところが、P
ニューロサイエンスとマーケティングの間 - Between Neuroscience and Marketing
1995年の春、金融領域におけるコンシューマーマーケティング*1の先駆け的なプロジェクト（僕のいた会社の慣習で以下「スタディ」と書く）があり*2、初めて大手銀行のお仕事をした。そこまでに、消費財分野において、次々と現れる強烈な競合ブランドの登場で相当厳しい状況にある歴史あるブランドを劇的にテコ入れする、市場のど真ん中を撃ち抜く商品を生み出す*3、などの取り組みを経て、かなりコテコテのマーケティングストラテジストになっていたため、マーケティング研究グループのリーダーのお一人*4と一緒に異種格闘技戦的に投下されたのだった。 そのスタディのワーキングメンバーには僕以外は金融やオペレーションのプロが入っていた。僕は消費財分野はそれなりに経験してきたが、金融についてはほとんど何もわかっていない状況だった。上記のような効果が期待されていたため、過度のガイダンスは僕にはされなかった。その異質間の化学反応
大学教師が新入生にすすめる100冊
恒例の100冊リスト。 ただし、これまでの趣向を外した。「ベスト100ランキング」は楽しいが、変わりばえしない。毎年似たような「ベスト100」をヒネり出すのも飽きた。ホントのところ、「大学新入生」と銘打っているものの、わたしのためのブックリストなのだ。読んできたやつ、未読のやつ、読みたいやつを抽出したりふり返るためのきっかけなのだから。 だから、今回はランキングをしない。母体のリストは、「大学教師が新入生にオススメする本」なんだけれど、そこからの選出はわたしの手になるもの。今までのリスト作成の過程で知り合えたものや、「読まねばリスト」に追加したもの。積読山に刺さったまま、課題と化しているものを中心に100挙げた。 もちろんこの100冊を参考にしてもいいし、母体リストから自分専用の一覧を作ってもいい。母体のリストは三千弱になるが、元となったのは、以下のリスト。ブックガイドは多々あるが、「大学
論文での情報収集 - Loud Minority
毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています（昨年と今年）。 自分で公開するのも恥ずかしい、とんでもない駄文ですが、誰かの役に立てばと思い、研究室向けに公開した文章をこちらにも掲載します。今年は、論文の情報収集の話にしてみました。ちなみに、昨年は、インターネットの情報収集の話をしました。1年経って状況も変わったので、アップデートしてあります。http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20080404/p1 - この文章では、個人的には、なんだか当たり前の事を書いています。書いて公開するのを躊躇する位のレベルです。しかし、「この論文読んでみて？」とか「この章読んでみて？」とお願いした時や、輪講の時、その論文や本で参照さ
ハーバード大学医学部留学・独立日記 ... 研究者が仕事をする上で知っておくべき１０の原則
ボストンで１３年働いた研究者が、アカデミック・キャリアパスで切磋琢磨する方法を発信することをめざします。 2024/02 « 12345678910111213141516171819202122232425262728293031» 2024/04 BioInfoDesignの村磯さんの招請でキャリアプランニングプログラム2008＠ボストンで、「研究者が仕事をする上で知っておくべき１０の原則」という講演をさせていただきました。「１０の原則」は実験医学のプロフェッショナル根性論の最終回でとりあげた「研究者の成長のプロセスへの１０のステップ」がもとになっています。会場で約束しましたようにサマリーのせておきます。 －研究者が仕事をする上で知っておくべき１０の原則－ 1. 興味を持てる分野を発見する 「好き」よりも「強い」を優先しましょう。自分で自分の強みはわかりにくいものなので、推薦状の開示、
なぜ、Facebookだけが、キャズムを楽々と超えるのだろうか？：In the looop：オルタナティブ・ブログ
なぜ、Facebookは、いとも簡単にキャズムを超えてしまうのだろうか？ Facebookがここまで巨大になった理由は、当然ながら単純ではない。(1)APIを公開することで大量のアプリを集め、ソーシャルゲームというビッグヒットを得たこと。(2)Facebookページ(旧名称ファンページ)によって、企業やアーティストが自ら集客するシステムをつくったこと。(3)Twitterのステイタスアップデイト機能をうまく取り込んだこと。(4)高度なシステム技術によりリアルタイムでアクティブな操作感を実現していることなど。これまで、Facebookが、その類まれなる創造力と技術力を駆使して弛まぬサービス改善を続けてきたことが、大いなる差別化要因となっていることは間違いないところだ。 ただし、Facebook普及の根源的な要素は、やはり「実名制」にあると筆者は考えている。日本の特殊性を語られる際に必ず出て来
Naofumi Kagami – Just another WordPress site
In comparison to other web-development languages, PHP has a unique request life-cycle. In PHP, the web application is basically booted from scratch in what is know as a “share nothing architecture”. Shared Nothing = PHP By Default If you’ve ever considered how PHP works, by default, then you’ll know that it is based around a […]
【良スレ】転職エージェントで働いてたけど何か質問ある？【2ch】-人生に勝つべくして勝つ-
大手人材紹介会社に勤めている１が転職のイロハから、裏事情まで語り尽くします！！ 下手な転職本よりも役に立ちます 本編は下にスクロールして下さい！ 転 職エージェントで働いてたけど何か質問ある？ 1 ：1：2010/02/27(土) 01:47:01 ID:EEkBV+uh0 この板にもよく出てる大手。 職種は企業担当の営業だった。 気になることあったら答えるよ。 2 ：名無しさん＠引く手あまた：2010/02/27(土) 01:49:49 ID:S/tu3R1l0 2ゲット 3 ：名無しさん＠引く手あまた：2010/02/27(土) 01:54:38 ID:Kkt07yye0 けっこうです。 4 ：名無しさん＠引く手あまた：2010/02/27(土) 01:55:09 ID:4YWmtu0r0 求職者から無茶な要求とか受けたことある？ 5 ：名無しさん＠引く手あまた：201
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