織田信長 ぼちぼち、元気にやっています。少し薬にも慣れた...んかなぁ。相変わらず食べられないけど。朝、指がこわばって文字なんて入力できなかったけど、それはほぼなくなった。関節もどこも痛くない。薬効いてきたんやろな。 で、ブログを書こうと言う気がまた起きてきた。 …
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織田信長 ぼちぼち、元気にやっています。少し薬にも慣れた...んかなぁ。相変わらず食べられないけど。朝、指がこわばって文字なんて入力できなかったけど、それはほぼなくなった。関節もどこも痛くない。薬効いてきたんやろな。 で、ブログを書こうと言う気がまた起きてきた。 …
休日出勤 - piyotaの【ちぇブラで行こう】：楽天ブログ
2008.11.09 休日出勤 カテゴリ：生命科学 夕ーゲット夕ンパク中間評価 なぜ５年プロジェクトの予算をもらってからわずか１４か月で中間評価報告書をださなければいけないのかとてもとても理解に苦しむが、ともかくそこそこ膨大な事務仕事の果てに報告書を出さなければいけないのだそうだ。たぶん来年度には予算が減額されるのだ。どのグループから予算を減額するのか決めるための、順位付けなのだ。とんでもなく憂鬱な作業なのだ。こんな減点主義がはびこる世界はいやだいやだ。 仕込み・・・・オフィスと同じような環境で論文書きができるようにする Piyotaは日常、ワープロ仕事などはすべてノートパソコンで行い、ラボのデスクトップパソコンは常にLinuxで立ち上げている。そのLinuxには、これまでに読むため・論文に引用するためにダウンロードしたPDF形式の論文ファイルがおよそ1G Byteくらいぶん入っている。こ
PDFファイルに対する検索で、こんな機能を捜しています。…
PDFファイルに対する検索で、こんな機能を捜しています。「文字検索でヒットした指定文字部分にマーカーが入った状態をプリント出力できる機能」画面チェックでなく、紙面チェックをしたい人が使うので、この機能が必須なのです。
リスト/TeX - MacWiki
TeX のバイナリパッケージ、関連ソフトウェアのリストです。 TeXWiki/Mac内にも諸情報が纏まっています。 PDF ファイルのプレビューアについては PDF を参照して下さい。 TeX のバイナリパッケージ[編集] 管理者がお勧めするのは、小川版バイナリパッケージです。 他にも、TeX Live や TeX Live ベースのパッケージ（MacTeX）が広く使われています。 バイナリパッケージ（小川版）[編集] 熊本学園大学の小川弘和先生によって配布されている BasicTeX ベースのバイナリパッケージです。 「文系縦組用」に便利なツール類が一通り揃っています。 これに加えて Ghostscript もダウンロード＆インストールすればよいでしょう。Mac OS X 10.10.x〜10.11.xに対応しています。 サイト：「JIS X0212 for pTeX」 tlmgr コマ
bluem.net
You probably came here for my software. Quite a number of projects I worked on are now discontinued, for various reasons. The ones I still regard as relevant can be found on GitHub, some are also available on Packagist, npm or via Homebrew and/or MacPorts. Below, you will find a list of legacy software or outdated versions of current applications. Please note that more outdated versions are av
ArrangeBiblio - BUGJA - Bioperl Users Group in Japan
処理の流れ † 文献情報の入力を得る（PMID指定、PMIDリスト読み込み、ファイルから、など） 実際の文献情報を得る → $biblio_xml（普通のXMLテキスト） my $biblio_obj = Bio::Biblio::IO->new(...); # $biblio_xml →（Bio::Biblio::IO）→ $biblio_obj（Perl オブジェクト） while ($each_obj = $biblio_obj->next_bibref()) { 処理 } ↑ PMID（リスト）を指定して、abst. のXMLを得る † Bio::DB::GenBank? だと、きれいにNCBIを呼んでくれるようだが、これはそうでもないようだ。 3秒ルール（たくさん投げるときは3秒以上間隔をあける、など）に気をつけながら、処理するべし。 （http://eutils.ncbi.nl
2008-01-29
文献管理ソフトは、pdf ファイルの名前を pmid.pdf にするのが多そうだけど、手作業はめんどい。 => 誰か変換スクリプトを〜。 => ktkr http://www.geocities.jp/researcherinus/perl1 => うまく text 抽出できない場合がある => 自分で書けないもんだろうか？ => Ruby で pdf から text 抽出どうやるのか見つからなかった ところが寝る前に HMDT3版を読んでいたら RubyCocoa*1 で pdf からの text 抽出が載っていた ので、ちょっと Nature とかの pdf から text 抽出して doi を抜き出せるか試してみた。 #!/usr/bin/env ruby # # Created by mako on 2008-01-29. # What? # This_script.rb extr
[Mac] Zotero BibDeskによる文献管理(2) N7 - tips and tricks
前回に引き続きZoteroとBibDeskの導入方法と（自分の）使い方を． 導入方法 Zotero…Firefoxのアドオンとして動作する． BibDesk…ホームページから各OSに対応したバージョンがダウンロードできる． 機能 両方のソフトとも似たような機能を持っていて、多機能だけどそれぞれ１つの機能に特化させています． ZoteroはFirefoxでWebサイト（例えば、IEEE Xplore）を開いて、文献情報を読み出す． BibDeskはZoteroからエクスポートしたBibTeXファイルの管理、LaTeXの¥siteコマンドのコピー． に用いる、って感じでしょうか． 文献管理だけならZoteroのみでもいけそうですが、LaTeXで文章を書きながら同時進行で文献情報とPDFを管理する必要があるのとインターフェースが美しいという理由もありBibDeskを併用しています． Zotero
BibCompanion: 参考文献管理ソフトウェア
※目次 概要 主な機能 動作環境 ダウンロード バージョン履歴 既知の問題と対応策 バグ報告など ※概要 BibCompanionはBibTeXデータベース形式に準拠した参考文献管理ソフトです。データベースエディタとしての機能はもちろん、簡便で軽快な操作の 絞り込み検索機能 や スマートライブラリ/手動ライブラリ機能 が充実しており、所望の文献に素早くアクセス可能です。また、 PDF等の関連ファイル(複数可)を各文献にリンク することもできるので、論文を書くときのみならず日々の研究活動で文献を活用するときにも最適です。 本ソフト起動時の画面サンプルを以下に示します。 ※主な機能 データベース編集機能 フィールド文字数無制限 各フィールドに入力可能な文字数はコンピュータのメモリの許す限り可能で、事実上無制限。 スマートペースト機能 WebやPDFファイルから著者名やタイトルの情報をコピーペー
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OpenDOI: A doi: and hdl: resolver for MacOS X
http://icculus.org/referencer/
https://www.molspaces.com/cb2bib/doc/overview/
Importing metadata from PDF
Help Needed: Workflow for existing PDFs into Zotero
OSDIR
Perl programs : 自作 プログラム スクリプト doi2pmid
refEDITXの詳細情報 : Vector ソフトを探す！
http://bibdesk.sourceforge.net/screenshots.html
Third Street Software