RDF-Tutorial3 - TogoWiki
第3回 RDF 講習会 2018/11/1 に第3回 RDF 講習会を開催します。 今回のテーマは〜RDFの作り方〜です 開催概要 内容および対象者 第二回と同じく、自分のデータをRDFに変換して利用する方法に焦点をあてた講習会になります。 RDFデータの利用の仕方として、既存のRDFデータと、自分がもっているデータを統合して解析したいことがあります。自分のデータをRDF化することで、容易に既存のRDFデータと統合した利用を行うことができます。ところが、世の中に様々なRDFの解説や講義はありますが、意外とRDFの作り方については見かけないのではないでしょうか。そこで、今回もRDFの作り方に焦点をあてた講習会を行います。データをRDF形式で表現する方法にはいろいろなやり方がありますが、今回はTogoDBおよびD2RQ Mapperを利用することで、プログラミングをすることなくRDF化する方法
BH18.7 - TogoWiki
開催概要 2018年7月16日から7月20日にかけて、徳島にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第9回 国内版バイオハッカソン BH18.7 を開催いたします。 主催：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 共催：質量分析インフォマティクス研究会 (JSBi公募研究会) 開催期間：2018年7月16日(月)〜7月20日(金) 開催場所：かんぽの宿徳島（徳島市） 質量分析インフォマティクス研究会によるアクセスマップ 徳島空港 -> 徳島駅 リムジンバス (28分、440円、チケット販売機) 時刻表 路線バス (41分、440円、現金のみ)時刻表 徳島駅 -> かんぽの宿 チャーターバス（7/16 8:30 阿波観光ホテル前発） 特別送迎バス 9：30 徳島西バス停 送迎バス 時刻表 ロープウェイ (610円) 運転時間 (駅からロープ
SPARQLthon/SPARQL11test - TogoWiki
ページのサイズが大きくなったので、2018年4月27日時点でダウンロード可能なものについての最新調査結果をこちらに置きました。 以前のページはBH12.12/SPARQL11testです。 Learning SPARQL 2nd Ed. のサンプルSPARQLクエリを全て処理させてパーズ可能であるかをテストする。 様々な実装に対して行うことで、実装間の比較が行える。 W3Cのテスト用リソース一式 (2013年8月時点でSPARQL1.1Recommendationに準拠か不明。) クエリの問題への対処 まずはApache Jenaについて試してみたところ、幾つかのクエリについてはPREFIX指定が抜けているものがあるなど幾つかの問題が判明したので、これを修正した。 PREFIX欠落 ex025.rq ex048.rq ex049.rq ex114.rq ex269.rq ex528.rq
SPARQLthon61 - TogoWiki
開催概要 開催期間：2017年 10月 23（月）- 24日（火） 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階 アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて プロジェクト TPP グループ全体 H29〜 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/ MicrobeDB.jpポータル開発#SPARQLthon61 （森、内山、西出、千葉、岡別府、藤澤） SPARQLthon61/MicrobeDB.jp-Umakaviewer（藤澤） 糖鎖科学ポータルの構築 (木下) 複合糖質リポジトリの
RDF-Tutorial2 - TogoWiki
第2回 RDF 講習会 2017/10/4-5 のトーゴーの日シンポジウムにあわせて、10/6 に第2回 RDF 講習会を開催します。 今回のテーマは〜RDFの作り方〜です 開催概要 内容および対象者 RDFデータの利用の仕方として、既存のRDFデータと、自分がもっているデータを統合的に解析したいことがあります。その場合、自分のデータをRDF化することで、容易に既存のRDFデータと統合した利用を行うことができます。しかしながら、世の中にRDFの解説や講義はありますが、意外とRDFの作り方については見かけないのではないでしょうか。そこで、今回は、RDFの作り方に焦点をあてた講習会を行います。データをRDF形式で表現する方法にはいろいろなやり方がありますが、今回はTogoDBおよびD2RQ Mapperを利用することで、プログラミングをすることなくRDF化する方法を講義します。また、統合する対
SPARQLthon60 - TogoWiki
BioHackathon 2017 おつかれさまでした。第60回 SPARQLthon を下記日程で開催します。 開催概要 開催期間：2017年 9月 21（木）- 22日（金） 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階 アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて プロジェクト TPP グループ全体 H29〜 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/ ポータル開発 糖鎖科学ポータルの構築 (木下) 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pd
SPARQLthon58 - TogoWiki
開催概要 開催期間：2017年 7月 27（木）- 28日（金） 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。 お昼について 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。 参考: ランチスポット情報 [三島グ
SPARQLthon59 - TogoWiki
開催概要 開催期間：2017年 8月 30（水）- 31日（木） 開催場所：理化学研究所 和光地区 統合支援施設 2F 大会議室 アクセス：http://www.riken.jp/access/wako-map/ (建物番号 C61) 構内徒歩参考写真 : /mw/SPARQLthon30/access 構内入り口の守衛所にて、カードキーをお受け取りください。守衛さんのところで名刺を渡すと事務処理が簡単に終わります。 所内の食堂は交通系ICカード(Suica等)でのみ支払可能です。 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて ネットワーク: 理研ゲスト用無線LANサービス、Eduroam 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストに
SPARQL TextSearch - TogoWiki
SPARQLでテキスト検索をする方法の調査 SPARQL仕様ではFilter regexを使用してテキスト検索をすることになっているが、データ量が増えると全く使用できないレベルで遅くなる。 そのため、各トリプルストアは独自に全文検索の仕組みを提供していることがある。 独自機能であるため記述方法や挙動が異なるため調査する。 SPARQL仕様 テキスト完全マッチであればオブジェクトにそのまま指定する。 @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . <http://example.com/test> rdfs:label "GI:16329170" . SELECT ?s ?p WHERE { ?s ?p "GI:16329170" .} ------------------------------ s p http://exam
SPARQLthon46-hands-on-workshop - TogoWiki
Fusekiのインストール 以下の記事を参考に、Fuseki のインストールを行う Fusekiをダウンロードして立ち上げるまで。Mac OS X編 Fusekiをダウンロードして立ち上げるまで。Windows 10編 SPARQL 体験：DBPedia DBpedia は、Wikipediaから構造化データを抽出してLinked Open Dataとして再公開しているコミュニティプロジェクト。主にWikipediaのInfoboxやリンク関係等を扱っている。 DBpediaと同様に、日本語Wikipeidaから、構造化データを抜き出してLOD化するプロジェクト DBpedia Japanse もある。 Qiita の記事 Apache Jena FusekiにデータをロードしてSPARQLを試す のサンプルを試してみる。 この例では、SPARQL 1.1 から導入された SPARQL U
BH15.15 - TogoWiki
開催概要 2016年3月14日から17日 (2015年15月14日〜17日）にかけて、金沢市にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第6回 国内版バイオハッカソン BH15.15 を開催いたします。 主催：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 開催協力：金沢大学 佐藤研究室 開催期間：2016年3月14日(月)〜17日(木) 開催場所： 3月14日〜16日 金沢ニューグランドホテル 4階「相生」 3月17日 北陸先端科学技術大学院大学 アクセス：BH15.15送迎バスについて 今回は、オープンバイオ研究会、人工知能学会 分子生物情報研究会 (SIG-MBI)、情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO) との連続開催となります。これらの研究会へもぜひ併せてご参加ください。 【お願い#1】 オープンバイオ研究会では、例年、参加
BH12.12/SPARQLthon2/VirtuosoPerformance - TogoWiki
メモリ使用量の設定 インストール時のデフォルト設定では、非常に小さなメモリ使用量になっているため、 virtuoso.iniファイルの次の2項目を修正すること。 ロードやクエリ時に改善がみられる(実際には多少速くなるものの、大幅な改善はなかった)。 適切な数値についてはvirtuoso.iniのコメントでサーバのメモリ量に応じた推奨設定値が書かれている。 NumberOfBuffers MaxDirtyBuffers デッドロック 過去に身に覚えのない(更新系をかけていない時に)デッドロックが発生し、ロードやクエリの応答が著しく悪くなる現象に遭遇した。 更新系の操作を行った覚えはないが、Virtuosoのstatusを確認したらデッドロック状態に陥っていた。 この場合の対処は不明。一旦Virtuosoをリブートしてやり直した。 ・DBのstatus確認方法 $ isql 1111 dba
SPARQLthon35 - TogoWiki
開催概要 開催期間：2015年 8月10日(月) 10:00 〜 11日(火) 18:00 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。 お昼について 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち
SPARQLthon19/PubChemLoad - TogoWiki
ここでは、サイズの大きなRDFをVirtuosoにロードする作業手順を紹介します。 対象としたデータはPubChemの一部のRDFですが、他のデータでも作業の流れは一緒です。 Virtuosoのインストール VirtuosoのOpenSource7.1(stable版)を使用する。 ※以下手順ではgitからソースを取得するため、デフォルトでその時点での最新バージョンをインストールすることになります ダウンロード ソースコードをダウンロードする用のディレクトリを作成してgitで取得する。 $ mkdir -p /home/bio/src/virtuoso71 $ cd /home/bio/src/virtuoso71 $ git clone git://github.com/openlink/virtuoso-opensource.git $ cd virtuoso-opensource $
SPARQLthon - TogoWiki
※ 2022年10月よりTogothonと改称しました。 ※ 2023年3月よりTogothon Wikiの運用をGitHub Wikiに移行しました → https://github.com/dbcls/Togothon/wiki SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1
Ontop - TogoWiki
概要 関係データベース(RDB)などの非RDFデータに対してSPARQLで問合せを可能とするミドルウェア。現バージョンは1.9。 導入するにあたりドキュメント、および動画のチュートリアルが用意されている。 Java7必須 (ただし、マッピングファイルの生成にProtegeを使う場合) オントロジーとRDBスキーマを対応させるマップを生成するためにProtegeおよびそのontopプラグインを使うが、テキストエディタでも生成可能 SPARQLによるアクセス手段としてsesameを使うことが可能 (jettyを想定したサーブレットアプリが提供されている[1]) R2RML形式でのマッピングファイルの入出力に対応している[2]が、Protege経由 マッピングファイルに基づいてRDFのダンプファイルを生成することも可能[3] クエリ処理能力についてベンチマークを実施済[4] RDBの他にもExc
BH14.14 - TogoWiki
開催概要 2015年2月2日から6日 (2014年14月2日〜6日）にかけて、札幌市の定山渓ビューホテルにて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第5回 国内版バイオハッカソン BH14.14 を開催いたします。 主催：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 開催協力：北海道大学 開催支援：株式会社シード・プランニング 開催期間：2015年2月2日(月)〜6日(金) 開催場所：定山渓ビューホテル（会場・宿泊） アクセス：じょうてつバス "白糸の滝" 停留所、または "定山渓温泉東２丁目" 停留所（白糸のあと、温泉街を一周して東２に戻ります） 行：新千歳空港（連絡バス）定山渓温泉（14:00発のみ） 行：新千歳空港（JR）札幌駅（じょうてつバス（快速7,快速8の一部, かっぱライナー））定山渓温泉 行：新千歳空港（連絡バス）真駒内駅（じょ
SPARQLthon27 - TogoWiki
開催概要 開催期間：12月18日(木) 10:00 〜 19日(金) 18:00 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。 お昼について 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことを
SPARQLthon26 - TogoWiki
開催概要 開催期間：11月17日(月) 10:00 〜 18日(火) 18:00 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階 アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて プロジェクト TPP グループ全体 ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川) 竹原さんの作った環境メタゲノムの系統組成と機能組成の比較スタンザ、菌の平均相対存在量と環境メタデータとの相関係数スタンザ、その存在量と環境メタデータについてのプロットのスタンザのデバッグ (鈴木) デバッグ出来た。 動かなかった原因はメタデータのキュレーションをした際にxsdでつけていたデータ
SPARQLthon/LODEStar - TogoWiki
EBIのRDFデータへSPARQLを用いたアクセスを提供するために開発されたインターフェース。 ソースコード一式が公開されいるので試してみた。 インストール ここにデプロイまでの必要事項が書かれている。 ただ、2014/9/25現在、コンパイル済warファイルをここからダウンロードしてデプロイしても動作しないので、GitHubから取得する。 なお、ドキュメント中、デプロイされるwarファイルはlode.warではなく、lodestar.warであり、また、設定ファイルのパスも $TOMCAT_HOME/webapps/lode/WEB-INF/classes/lode.properties ではなくて $TOMCAT_HOME/webapps/lodestar/WEB-INF/classes/lode.properties である。 Flintとの比較 Flintと比較すると、LODESt
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