Burrows Wheeler Transform と Suffix Array - naoyaのはてなダイアリー
,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.＿＿_,,,... -ｧァﾌ| あ…ありのまま 今日 起こった事を話すぜ！ |i i| }! }} /／| |l､{ j} /,,ｨ//｜ 『BWT について調べていたら Suffix Array のライブラリができていた』 i|:!ヾ､_ﾉ／ u {:}//ﾍ |ﾘ u' } ,ﾉ _,!V,ﾊ | ／´fト､_{ﾙ{,ィ'ｅﾗ , ﾀ人 な… 何を言ってるのか わからねーと思うが /' ヾ|宀| {´,)⌒`/ |<ヽﾄiゝ おれも何をされたのかわからなかった… ,ﾞ ／ )ヽ iLﾚ u' | | ヾｌﾄﾊ〉 |／_／ ﾊ !ニ⊇ '／:} V:::::ヽ 頭がどうにかなりそうだった… /／ 二二二7'T'' ／u' __ /:::::::/｀ヽ /'
プログラミングコンテストでのデータ構造 2 ～平衡二分探索木編～
1. 2012/3/20 NTTデータ駒場研修所 (情報オリンピック春合宿) プログラミングコンテストでの データ構造２ ～平衡二分探索木編～ 東京大学情報理工学系研究科 秋葉 拓哉 1 2. 自己紹介 • 秋葉 拓哉 / @iwiwi • 東京大学 情報理工学系研究科 コンピュータ科学専攻 • プログラミングコンテスト好き • プログラミングコンテストチャレンジブック 2 3. データ構造たち (もちろん他にもありますが) • 二分ヒープ • 組み込み辞書 (std::map) • Union-Find 木 初級編 • Binary Indexed Tree コンテストでの データ構造１ • セグメント木 (2010 年) • バケット法 中級編 • 平衡二分探索木 • 動的木 本講義 • （永続データ構造） 3
バグから学ぶ計算機科学 Scalaのハッシュテーブルにおいて並列コレクションのためのコード変更が大量の衝突を引き起こした事例
バグから学ぶ計算機科学 Scalaのハッシュテーブルにおいて並列コレクションのためのコード変更が大量の衝突を引き起こした事例 書いた人: ると 書いた日: 2012年1月21日 はじめに Twitterで「有名なオープンソースソフトで今まであったおもしろいバグを解説した本とかないだろうか」とツイートしたらそれなりに需要があるようでした。そこで先ず隗より始めよという故事にのっとり、死馬の骨としてバグ解説記事を書いてみます。 今回のバグはScala 2.9の標準ライブラリに含まれるmutable.HashSet(ハッシュテーブルを使った重複無しコレクション)のコピーがJavaの標準ライブラリに含まれるHashSetの100倍遅いというバグです。並列コレクションのためにぱっと見問題の無い変更を加えたら思わぬところで影響が出たというものです。 なお、今回はScalaに関するバグですが、Scalaに
Good Programmers learn Mathematics
良いプログラマは数学を学ぶ、方が良いと思う この文章は 2003 年 2 月 28 日（金曜日）に 株式会社 ACCESS の研究開発室のメンバ向けに行われた講義のために準備されたものです。 目次 はじめに アルゴリズム ― 数学によって可能になること 数学とプログラミングの美学 ― （多分）一番たいせつなこと 質問と回答 文献表 はじめに これから何回か皆さんの前で数学の話をさせてもらうことになりましたが、 今回はまず、その手始めとして 「どうして皆さんが数学を学んだ方が良いのか」、 いいえ、「どうして皆さんに数学を学んでほしいと私が思っているのか」 というお話をさせて下さい。 もちろん、それは皆さんに、より良いプログラマになって欲しいからですが、 また、私の経験によれば、 コンピュータサイエンスの教育の現場では、 何故か数学が軽視されることが多いことを残念に思っているからでもあります。
探索アルゴリズム:フリーセル解決プログラムにおける手順探索
フリーセル解決手順のプログラムによる探索実行結果 フリーセル百万種類のゲーム全てに対してサンプルプログラムを実行したところ、おそらく勝てないと言われている 11982、146692、186216、455889、495505、512118、517776、781948 以外のゲームでは勝つことができました。 百万種類のゲームの中で 57148、563096 の二つはコンピュータにとって勝つのが難しい性質を持っています。非常に長い堂々巡りの手順が現れ、およそ四百万局面ぐらいの同一局面判定ができなければ勝てません。また最初の一枚をホームセルへ置くまでの手数が長いので、先読みを長くしなければ勝ち手順を見つけることができないのです。この二つのゲームに勝つために、最大手数を 8,192 (freecell.h : MAX_SEARCH_DEPTH)、同一局面判定上限を 4,194,304 局面 (mov
アルゴリズムの勉強のしかた - きしだのHatena
この記事で、アルゴリズムの勉強はアルゴリズムカタログを覚えることじゃないよということを書きました。 プログラムの理論とはなにか アルゴリズムの勉強というのは、スポーツで言えば腕立て伏せや走り込みみたいな基礎体力を養うようなもので、「ソートなんか実際に自分で書くことないだろう」とかいうのは「サッカーは腕つかわないのに腕立ていらないだろう」とか「野球で1kmも走ることなんかないのに長距離の走り込みいらないだろう」とか言うようなものです。 Twitterでアルゴリズムの勉強とはなにかと尋ねられて、「アルゴリズムの基本的なパターンを知って、それらの性質の分析のしかたをしって、いろいろなアルゴリズムでどのように応用されているか知って、自分が組むアルゴリズムの性質を判断できるようになることだと思います。 」と答えたのですが、じゃあ実際どういう本で勉強すればいいか、ぼくの知ってる本からまとめてみました。
P2Pの専門知識ゼロから独自DHTを実装評価するまでの学習方法と参考資料まとめ - 情報科学屋さんを目指す人のメモ（FC2ブログ版）
何かのやり方や、問題の解決方法をどんどんメモするブログ。そんな大学院生の活動「キャッシュ」に誰かがヒットしてくれることを祈って。 P2P、特にDHTの前提知識が無い状態から、オリジナルDHTアルゴリズムを実装・評価できるようになるまでの学習方法と参考資料をまとめました。 基本的なアルゴリズムの仕組みから、実装評価に用いるツールキットの使い方までを短期間で学習することが出来ます。 「P2Pに関する卒論を書こうと思っている人」や「P2Pアプリケーションの開発前に、アルゴリズムをテストしたい人」、「なんとなくP2Pアルゴリズムに興味が出た人」などにぴったりだと思います。また、研究室での後輩教育用資料にするのも良いと思います。実際に使いましたし。 ここで紹介する資料一覧は以下の通りです。 資料１：「ChordアルゴリズムによるDHT入門」 資料１ーオプション１：「DHTアルゴリズムSymphony
アルゴリズムに始まり，アルゴリズムに終わる - カレーなる辛口Javaな加齢日記
「アルゴリズムの勉強のしかた」http://nowokay.hatenablog.com/entry/20110922/1316676007 これを見て強烈な違和感を覚えたので，自分の意見も書いておくことにする．*1 アルゴリズムはとても重要だ．これは間違いない．プログラミングを志す者ならば，必ず学んでおかなければならない基礎知識の一つだ．DBやJavaを使ってるのに「ハッシュも平衡木もB木も知りません」なんて開発者がいるのは，日本IT業界の恥だと思ってる． プログラマが知るべき97のこと 作者: 和田卓人,Kevlin Henney,夏目大出版社/メーカー: オライリージャパン発売日: 2010/12/18メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 58人 クリック: 2,107回この商品を含むブログ (350件) を見る89. Use the Right Algorithm and Da
クラスタリングの定番アルゴリズム「K-means法」をビジュアライズしてみた - てっく煮ブログ
集合知プログラミング を読んでいたら、K-means 法（K平均法）の説明が出てきました。K-means 法はクラスタリングを行うための定番のアルゴリズムらしいです。存在は知っていたんだけどいまいちピンときていなかったので、動作を理解するためにサンプルを作ってみました。クリックすると１ステップずつ動かすことができます。クラスタの数や点の数を変更して、RESET を押すと好きなパラメータで試すことができます。こうやって１ステップずつ確認しながら動かしてみると、意外に単純な仕組みなのが実感できました。K-means 法とはK平均法 - Wikipedia に詳しく書いてあるけど、もうすこしザックリと書くとこんなイメージになります。各点にランダムにクラスタを割り当てるクラスタの重心を計算する。点のクラスタを、一番近い重心のクラスタに変更する変化がなければ終了。変化がある限りは 2. に戻る。これ
「最強最速アルゴリズマー養成講座」関連の最新 ニュース・レビュー・解説 記事 まとめ - ITmedia Keywords
最強最速アルゴリズマー養成講座： そのアルゴリズム、貪欲につき――貪欲法のススメ アルゴリズムの世界において、欲張りであることはときに有利に働くことがあります。今回は、貪欲法と呼ばれるアルゴリズムを紹介しながら、ハードな問題に挑戦してみましょう。このアルゴリズムが使えるかどうかの見極めができるようになれば、あなたの論理的思考力はかなりのレベルなのです。（2010/9/4） 最強最速アルゴリズマー養成講座： 病みつきになる「動的計画法」、その深淵に迫る 数回にわたって動的計画法・メモ化再帰について解説してきましたが、今回は実践編として、ナップサック問題への挑戦を足がかりに、その長所と短所の紹介、理解度チェックシートなどを用意しました。特に、動的計画法について深く掘り下げ、皆さんを動的計画法マスターの道にご案内します。（2010/5/15） 最強最速アルゴリズマー養成講座： アルゴリズマーの登
Bayes 法による系統解析―原理
最近ではベイズ法を用いて（MrBayes を用いて）系統解析を行う論文も大分増えており， 方法論としてはほぼ定着した感があります。 しかしその原理や考え方についてはあまり広く理解されていないようでもあります。 そこで，筆者が幾つかの文献や資料を読んで理解した範囲で，その考え方を紹介しておきたいと思います。 筆者は数学（統計学）を専門にしているわけではありませんので，数学的に厳密な解説ではないかもしれませんが， その程度の解説と思って読んでいただければいいと思います。 正確・詳細な解説については末尾の参考文献・サイトを当たってみてください。 なお，間違いなどがありましたら，ご指摘のほどよろしくお願い致します。 ベイズの事後確率（Bayesian posterior probability）が最大となるような系統樹を求める方法です。 これは最尤法が尤度が最大となるような系統樹を求める方法である
新はてなブックマークでも使われてるComplement Naive Bayesを解説するよ - 射撃しつつ前転 改
新はてブ正式リリース記念ということで。もうリリースから何週間も経っちゃったけど。 新はてなブックマークではブックマークエントリをカテゴリへと自動で分類しているが、このカテゴリ分類に使われているアルゴリズムはComplement Naive Bayesらしい。今日はこのアルゴリズムについて紹介してみる。 Complement Naive Bayesは2003年のICMLでJ. Rennieらが提案した手法である。ICMLというのは、機械学習に関する（たぶん）最難関の学会で、採択率はここ数年は30%を切っている。2003は119/371で、32.1%の採択率だったようだ。 Complement Naive Bayesの位置づけは 実装が簡単 学習時間が短い 性能もそこそこよい という感じで、2003年段階にあっても、絶対的な性能ではSVMに負けていた。しかし、学習が早いというのは実アプリケーシ
あらゆる数独パズルを解く
Peter Norvig / 青木靖 訳 このエッセイでは、 あらゆる数独パズルを解くという問題に取り組む。制約伝播と探索という2つのアイデアを使うと、ごく簡単に解けるということがわかる(主要なアイデアはコードにして1ページたらずで、補足的なコードが2ページある)。 数独の記法と予備概念 最初に記法をいくつか決めておこう。数独パズルは81個のマス(square)からなる盤面を使う。数独ファンの多くはカラムを1-9で、行をA-Iでラベル付けしており、カラム、行、ボックスのような9個のマスの集まりをユニット(unit)と呼び、ユニットを共有するマスをピア(peer)と呼んでいる。パズルではマスのいくつかが空いており、他は数字が入っている。パズルの目的はこうだ。 それぞれのユニットのマスが1から9の数字の順列によって埋められるようにする。 つまり、1つのユニットに同じ数字が2度現れてはならず、そ
やねうらお―よっちゃんイカを買いに行ったついでに家を買う男 - グラフ理論ならこれを読め！
うちの会社では「グラフ理論を小学校のうちに学んでおかないから、そういうことになるんジャイ！(｀ω´)」とか冗談とも本気とも取れないような会話が平気で行き交う。それほどグラフ理論は大切な分野なのにプログラマには見過ごされがちだ。ただ、グラフ理論にはいい本が少ない。そこで、グラフ理論ならこれを読め！という本を紹介する。まずは、入門書としては、左の本がお勧め。 大学の教科書としてよく採用されているのが左の「最適化とグラフ理論 技術者のための高等数学」値段も手ごろだし、高校卒業程度の知識でも読めると思う。 「そんな入門書ではなくて、もっと詳しい本は無いか？」とid:Ozyさんに聞かれて私が勧めたのは、シュプリンガー・フェアラーク東京シリーズの「グラフ理論」 このシリーズは黄色い表紙とお馬さんのマークが目印だ。 これより詳しい本となると日本語で読めるものは発売されていないと思う。「グラフ同型判定問題
第2回 memcachedのメモリストレージを理解する | gihyo.jp
株式会社ミクシィ 研究開発グループの前坂です。前回の記事でmemcachedは分散に長けた高速なキャッシュサーバであることが紹介されました。今回はmemcachedの内部構造がどう実装されているのか、そしてメモリがどう管理されているのかをご紹介します。また、memcachedの内部構造の事情による弱点も紹介します。 メモリを整理して再利用するSlab Allocationメカニズム 昨今のmemcachedはデフォルトでSlab Allocatorというメカニズムを使ってメモリの確保・管理を行っています。このメカニズムが登場する以前のメモリ確保の戦略は、単純にすべてのレコードに対してmallocとfreeを行うといったものでした。しがしながら、このアプローチではメモリにフラグメンテーション（断片化）を発生させてしまい、OSのメモリマネージャに負荷をかけ、最悪の場合だとmemcachedのプ
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幅優先探索すら知らない素人がDevQuizで満点を取るまでの話
