Chatbaseとは？ Chatbaseとは、Google が開発した、 ユーザーはどのようなトピックを経由しながら会話をしているのか 会話のどこでユーザーが離脱してしまうのか といったchat特有のアナリティクスを提供してくれるツールです。Dialogflow（旧API.ai）とも既に連携しており、さらに使える機能は増える見込みのようです。 会話のstatusを送りつけることのできるAPIがあり、そこにuser idとともにintentやmessageを送るだけでどんなチャットサービスのbotでも使用することができます。 今年５月のGoogle I/Oでお披露目があり、クローズドで利用されていましたが、11月にようやくPublicになりました。 Did you catch our new explainer video via the @googledevs YouTube Channe

以前、こわくないRパッケージ開発！2016 - Qiita という記事で、こんなことを書きました。 次のような場合、分析タスクの運用や共有を楽にするため、Rのコードをパッケージ化しましょう。 その場限りの分析用ではなく、同じコードを今後も使用する見込があること 同じコードを複数人が利用すること そこでは充分に紹介しきれなかった、R言語でコードリンターを利用する方法について書いていきます。 これは株式会社ネクスト(Lifull) Advent Calendar 2016 の20日目の記事です。 「コードを私物化しない」ことによるメリット 自己紹介が遅れましたが、@wakuteka といいます。株式会社ネクスト(Lifull)では、@ninomiyt くんと同じ部署で、主にR言語を使って集計や前処理や分析を行っています。今年で、ようやく入社2年目になりました。 今ではあたりまえに思うようになっ

これはRStudio Advent Calendar 7日目の記事です。 2016年、歴史が動きました。RStudioのv1.0がついにリリースです！ ということで、RStudio関連のTipsを集めるためのアドベントカレンダーを立ててみました。 という趣旨ではじまったアドカレですが、そういえばこれまでRStudio関連のTipsはどれくらいあったのだろう？　と思い、日本語情報になっているものだけをまとめてみました。 勉強会でのスライドなどをあまり網羅できておりませんが、参加数が足りず...ご容赦ください。コメント等でお知らせいただければ適宜追加します。 1.0からの新機能 https://blog.rstudio.org/2016/11/01/announcing-rstudio-v1-0/ 新しく公式にサポートされた機能（抜粋 R Notebooks (Jupyter Notebook

はじめに この記事はRStudio Advent Calendar 2016の5日目の記事です。タイトル通り、細かすぎて伝わってなさそうなGUI機能を、ボタンを中心に紹介します。 1. Go to Project directory RStudio Advent Calendar 2016 3日目でも「紹介された」Project機能ですが、これを使っていると、「Projectのホームディレクトリに戻りたい」ということがありませんか？ 画像やソースコードなどを細かくフォルダに分けて管理していると、Projectのホームディレクトリに一発で戻りたいということが、僕はよくあります。 そんなとき、 のボタンを押すと、 一発でやりたい挙動ができて便利です。 ちなみに、Go to directoryボタンもあって、これを押すと任意のフォルダを開いてFilesパネルに表示することができます。 2. Sh

Rには、分析手法や可視化手法を試すことのできる多くのデータセットが同梱されています。 その数は2016年12月現在で104個にも達していますが、その大半はあまり紹介されることがなく、知る機会も多くはありません。「ヘルプが英語で書かれている」というのもその要因の1つでしょうが、「数が多すぎて、何に使えるのか把握しきれない」という理由も大きいのではないでしょうか。 実は、 間瀬先生のR 基本統計関数マニュアル の巻末 パッケージ 'datasets' の情報 - RjpWiki R 3.3.1の datasets パッケージ中のオブジェクトの全ヘルプドキュメント一覧 (Google Docs) などに情報がまとまっているのですが、アルファベット順に表記されているため、データの「構造」でソートしたものがあってもいいんじゃないかな、とふと思いました。 これらのデータについておおまかに分類して、概要

R言語の利点のひとつは、統計処理や種々の分析を試してみるための組み込みデータセットが豊富なところです。他言語からそれらを呼び出す方法を知っていれば、Rユーザーが他の言語を試す際にも便利ですよね。というわけで今回はJuliaからRのデータセットを使う方法を試してみました。 インストールしてhead()してみる https://github.com/johnmyleswhite/RDatasets.jl RDatasetsパッケージを使います。 $julia julia> Pkg.add("RDatasets") # いろいろgit cloneされる julia> using RDatasets # いろいろprecompileされる julia> head(RDatasets.datasets("datasets")) 6×5 DataFrames.DataFrame │ Row │ Pac

この記事について この記事では、R言語で書かれたコードを、パッケージとして開発・管理するメリットとその方法について紹介しています。以下はあくまで概要であるため、詳細についてはぜひ今年2月にオライリージャパンから邦訳刊行された『Rパッケージ開発入門』 や、その原著のR packages（ウェブ版）、そして記事末尾のリファレンスをご参照下さい。 想定する読者層 業務・研究、あるいはプライベートでR言語を使いプログラムを書いている、またはこれから書く予定がある 他の人からもらったRのコード（または、他の人に渡したRのコード）がなぜかうまく動かなかった経験がある 以前書いたソースコードやファイルが散らばっており途方に暮れたことがある Rのパッケージ開発なにそれこわいと感じている 提案 次のような場合、分析タスクの運用や共有を楽にするため、Rのコードをパッケージ化しましょう。 その場限りの分析用では

library(Biostrings) filepath <- system.file("extdata", "someORF.fa", package="Biostrings") x <- readDNAStringSet(filepath) > x A DNAStringSet instance of length 7 width seq names [1] 5573 ACTTGTAAATATATCTTTTATTTTCCG...AACGCTTATCGACCTTATTGTTGATAT YAL001C TFC3 SGDI... [2] 5825 TTCCAAGGCCGATGAATTCGACTCTTT...CCAGAGTAAATTTTTTTCTATTCTCTT YAL002W VPS8 SGDI... [3] 2987 CTTCATGTCAGCCTGCACTTCTGGGTC...CCGATG

背景 DNAは二重らせんであり、ATGCの塩基からなる二つの鎖がたがいに相補鎖となっている。（これらを＋鎖と－鎖と呼んだり、二重らせん構造の発見者の名をとってWatson鎖とCrick鎖と呼んだりする。） 遺伝子はこの二つの鎖のどちらか片側にコードされているが、まれに同じ塩基位置の両方の鎖に異なる遺伝子が重なってコードされていることがある。例えばRNA-Seqによって遺伝子の発現量を網羅的に知りたい場合、このような箇所では貼り付いたリードがどちらの遺伝子から得られたものかわからない。 そんな時、鎖特異的なRNA-Seqを行えば、リードが貼り付いた位置で両方の鎖に遺伝子があってもどちらの遺伝子から得られたリードであるか推測することができる。 下の図の中段は鎖特異的に得られたリードのマッピング結果を表していて、青いリードは＋鎖にコード（右向きに表示：→）されている遺伝子に、赤いリードは－鎖にコ

# UCSCにアクセスしているため、一つのTrackを読み込むのに30~40秒くらいかかる knownGenes <- UcscTrack(genome=genome, chromosome=chr, track="knownGene", from=from, to=to, trackType="GeneRegionTrack", rstarts="exonStarts", rends="exonEnds", gene="name", symbol="name", transcript="name", strand="strand", fill="#8282d2", name="UCSC Genes") refGenes <- UcscTrack(genome=genome, chromosome=chr, track="xenoRefGene", from=from, to=to, tr

Galaxyなどを使っても良いのですが、Bioconductorのパッケージを使ってやってみます。 準備 モデル生物の中には、遺伝子を含む転写領域の情報がパッケージとして用意されているものがあります。 ここでは出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）の遺伝子領域リストを取得するために、BioconductorからTxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGeneパッケージをインストールします。