How to map billions of short reads onto genomes - Nature Biotechnology
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BowtieとBWAのインストール - Loud Minority
次世代シークエンサのマッピング関係のソフトは成熟度がまだであるせいか、パイプラインの一部にしか成らないのを自覚しているせいか、インストーラが付いていません。なので、普通にコンパイルして、PATHの通っているディレクトリに置きましょう。 Bowtie, BWA共通 パスを通します。ここではbash/zsh系を使っているとして、$HOME/bin にインストールすると仮定します。 .bashrc もしくは .profile (zshなら.zshrc)に以下を付け加えます。 export PATH=$HOME/bin:$PATH ログアウトしてログインしなおすか、source ~/.bashrc (or source ~/.zshrc)をします。 Bowtie ダウンロードします。ファイルは、http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bow
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ISMB 2009 conference report - short read focus
Course Materials for NGS workshop
404 - Case Comprehensive Cancer Center - Case Western Reserve University
syoung's agua at master - GitHub
404 - Case Comprehensive Cancer Center - Case Western Reserve University
http://chagall.med.cornell.edu/NGScourse/SeqClass03_2010.pdf