(6/28追記)：以下の方法、10.5.3に上がった頃から使えなくなったっぽいです。代替の方法ご存じの方、お教えください。 MacBook Airに負荷をかけると、片方のコアが止まり、シングルコアに落ちることがあります。 そんなときは Processor.prefPaneを起動します。 (XCodeをインストールしてない場合は、インストールディスクからXCodeをインストールしてください。その時一緒に入ります。) open /Developer/Extras/PreferencePanes/Processor.prefPane すると、システム環境設定にProcessor が現れます。 Processorの中に、CPUの選択画面がありますので、CPU2を選択します。 これで復活。 ・・・そのまえに、なんで2nd coreが死ぬんだろう？

毎年、年度頭の挨拶でも書いた方が良いかとおもうのですが、形式張ったのもどうかとおもうし、研究室に新入生も入って慣れてくるころなので、何か自分のスキルから学生に役立ちそうなものを書いてみることにしています（昨年と今年）。 自分で公開するのも恥ずかしい、とんでもない駄文ですが、誰かの役に立てばと思い、研究室向けに公開した文章をこちらにも掲載します。今年は、論文の情報収集の話にしてみました。ちなみに、昨年は、インターネットの情報収集の話をしました。1年経って状況も変わったので、アップデートしてあります。http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20080404/p1 - この文章では、個人的には、なんだか当たり前の事を書いています。書いて公開するのを躊躇する位のレベルです。しかし、「この論文読んでみて？」とか「この章読んでみて？」とお願いした時や、輪講の時、その論文や本で参照さ

エープリルフールネタではないので，少しフライングで公開します． 3月31日で丸5年間お世話になったお茶の水女子大学を退職し，4月1日より東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻の准教授として赴任する事になりました．ただし，通常の異動ではなく，お茶の水女子大学と東京工業大学との間で結ばれた教員の人材交流協定に則っての「転籍出向*1」となります．期間は3年間．2011年4月から2014年3月までです．新しい環境で，気持ちも新たに研究及び教育をしていきたいと思いますので，今まで同様，そして，今まで以上にお付き合いくださいますようよろしくお願い致します． 修士，博士の学生の受け入れ(東工大の学生として)も行いますので，瀬々研で研究したい学生さんはコンタクトをください．場所は大岡山キャンパスです． 各所先生方には，住所や電話番号など決まってから連絡しようと思っておりますので，先にブログ上で

著者の樋口さんより献本頂きました．ありがとうございます． この本が合う人は明確です． Rで何が出来るか眺めたい． Rを使い始めて，使い方を検索エンジンで検索したが，全然見つからない（入れるべき単語が分からない） RJpWikiとか眺めたけど，専門用語っぽいものがわからないので，俯瞰したい． 理論はどうでもよいので，Rで出来そうな事を一通り見てみたい というタイプの人です．これ一冊でRが1から10まで分かる事はありませんし，データ解析のイロハが分かる事もありません．ましてや，バイオインフォマティクスが何かにも答えてはくれません．例題も時々DNAの塩基配列やBioconductor(Rを用いたバイオデータ解析用の一連のコマンド群)が出てきますが，例題として出ている感じです． なので，はじめから最後まで通して読むのではなく，辞書的に使う本です．特に図を眺めて，自分の目的にあった検索用語を調べるた

タブ区切りや":"で区切られた文字列を簡単にHashに入れて、使いやすくしましょう。 たとえば user.txt として、 Name:Jun Sese Date:2008-07-30 Status:Aliveとあったとすると, % irb irb> data = open("user.txt").read => "Name:Jun Sese\nDate:2008-07-30\nStatus:Alive\n\n" irb> user = Hash[*data.split("\n").map{|e| e.split(":")}.flatten] => {"Status"=>"Alive", "Name"=>"Jun Sese", "Date"=>"2008-07-30"}となります。偶数個の要素を持った配列から、Hashが作成できる機能を利用しています。 open.read ではファイル全体を

この数ヶ月で，国内の複数の研究所の方々とお話しさせて頂く機会があったのですが，バイオインフォで重要と私が思っていている大量データを扱うためのインフラ整備が後手に回っている印象を受けました．色々な要因があるとは思うのですが，一つの側面についてのまとめと部外者視点の理想像で考えた問題提起です． 今後，当該分野が健全な発展を遂げられますように． 100401 BioinfoinfraView more presentations from sesejun.

FASTAファイルをアノテーションや配列でgrepする事は度々あるのですが，シェルのgrepだと合致した行だけが出てきて，そのアノテーションを含む配列が何であったか，あるいは，その配列を含む配列の注釈は何かを調べるには一手間必要です．以下のスクリプトは，FASTAを検索して，該当の（行ではなく）エントリを返すスクリプトになります． 最後のエントリが表示されないバグ，修正しました．@hinaichigoさん，ありがとうございます！！！ 使い方 引数: FASTAフォーマットファイル オプション(特に指定しなければ，すべての電車がおくれます): -a: 検索範囲をannotationだけに絞ります -s: 検索範囲を配列だけに絞ります．例： % ruby grep_fasta.rb -a ATNEK5 TAIR9_cds_20090619 >AT3G20860.1 | Symbols: ATN

次世代シークエンサのマッピング関係のソフトは成熟度がまだであるせいか、パイプラインの一部にしか成らないのを自覚しているせいか、インストーラが付いていません。なので、普通にコンパイルして、PATHの通っているディレクトリに置きましょう。 Bowtie, BWA共通 パスを通します。ここではbash/zsh系を使っているとして、$HOME/bin にインストールすると仮定します。 .bashrc もしくは .profile (zshなら.zshrc)に以下を付け加えます。 export PATH=$HOME/bin:$PATH ログアウトしてログインしなおすか、source ~/.bashrc (or source ~/.zshrc)をします。 Bowtie ダウンロードします。ファイルは、http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bow