定兼 邦彦 (Kunihiko Sadakane) - 簡潔データ構造講義資料 - researchmapresearchmapは、日本の研究者情報を収集・公開するとともに、研究者等による情報発信の場や研究者等の間の情報交換の場を提供することを目的として、国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）が運営するサービスです。
FM-Indexes and Backwards Search
Last time (way back in June! I have got to start blogging consistently again) I discussed a gorgeous data structure called the Wavelet Tree. When a Wavelet Tree is stored using RRR sequences, it can answer rank and select operations in $\mathcal{O}(\log{A})$ time, where A is the size of the alphabet. If the size of the alphabet is $2$, we could just use RRR by itself, which answers rank and select
FM-Index - 気ままなブログ
BWTとウェーブレット行列を使って、FM-IndexをJavaで実装してみました。 BWTのソースコードは以下にあります。ちょっとバグを見つけたので、気が向いたら直します。 http://rn.hatenablog.com/entry/2013/02/16/115423 ウェーブレット行列のソースコードは以下にあります。 http://rn.hatenablog.com/entry/2013/02/23/222314 FM-Indexは、圧縮全文索引であり、テキストを圧縮して保持しながら、全文検索を実現することができます。Compressed Suffix Array(CSA)よりも高速と言われているデータ構造です。FM-Indexは、ざっくり以下のようなことができます。 元のテキストを完全に復元することができる(self index) 任意のキーワードが出現する位置と数をキーワードの文字
wat-arrayでラクラク実装☆FM-Indexの作り方 - EchizenBlog-Zwei
というわけで大変便利なライブラリwat-arrayを使ってFM-Indexを簡単に実装してみるよ。本格的なライブラリは既にFM-Index++という良いものがあるので、本記事では仕組みの解説を目的とする。 参考資料: FM-index++を公開しました - tb_yasuの日記 An alphabet-friendly FM-index (P. Ferragina, G. Manzini, V. Makinen, G. Navarro, 2004) なお、本記事では前回の記事で実装した(ってほどでもないけど)text2bwt()とLF()を使っている。 話題のwat-arrayを使ってBurrows-Wheeler変換(BWT)してみた - EchizenBlog-Zwei 今回もテキストとしてmississippi#を使う。まずテキストから任意のキーの出現回数を得る関数get_rows(
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