水素結合を深く知りたいケミストでもモデラーでも活性ちょっとでもあがると、オウムのように「スイソケツゴー！」って言うんだけど、水素結合の本質わかってんの？と思うことがあるわけだ。 ていうか、あんまスティックモデルに慣れすぎんのも、化学反応の本質というかオービタリスティクな精神の高みを目指すという気概を忘れるのであかんと思うね。
「ライフログ入門」を読んだ
または著者の連載楽しめたら買えばいいと思います。 結局のところライフログというのは自分自身を知りたいという欲求からくるもので、それは極めて個人的なものであり、本人が重要視しているものを他人が同じように重要と思うかはわからない。そういう意味で本書は美崎薫さんのライフログの実践を通して、自分にとって役に立つヒントを得るための本である（と僕は解釈している） なので、少し片足突っ込んでいる状態でないと面白くないかも。 ライフログとは、この月並みで特徴の見つけにくい凡庸な記録の山をヴィンテージの宝物に変える技術である ライフログとは、ログをとれるセンサー機器と蓄積できるストレージの発達によって生まれた様々な人生の断片を組み合わせて活用する作業であり、活用可能な状態のログをいう ライフログの大部分の記録は、この単調で日常的な情報である ライフログがブームになりにくい大きな理由は二つあると考えられる。ひ
TM値計算用スクリプト - Loud Minority
BioRubyの中に見つからなかったので，書きました． BioPHPのhttp://www.biophp.org/minitools/melting_temperature/を参照，というかコピーしています．(ライセンスはGPL) コマンドラインから引数に配列を与えます． % ruby tm.rb TTGCTTTCGAACAGTAGACAACATTTGAGCGTTTACATCATTTAGACACAGAAGAAACAT {:tm=>67.6759141696788, :enthalpy=>-479.6, :entropy=>-1375.14333912341}#!/usr/bin/ruby require 'pp' def nnmethod(seq, conc_primer, conc_salt, conc_mg) array_h = Hash.new array_s = Hash.new
情報系の人が生命科学者のモチベーションを知るのに有用かもしれない統合TV 10選 - Loud Minority
Entrez SNP を使い倒す（前編）PubMed/OMIMへの扉をひらく Entrez SNP を使い倒す（後編）下戸遺伝子の多型をさぐる 新たなる有用遺伝子候補を探索する 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009 遺伝子発現データの活用事例 biomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜2009 Biomartを使い倒す-マイクロアレイprobeIDの対応表を作る Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する OMIMを使い倒す 家族性乳がんの関連遺伝子をさぐる RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる おまけ． Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする 自然言語処理技術の活用実例
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
データ整備・解析のためのインフラ整備について - Loud Minority
この数ヶ月で，国内の複数の研究所の方々とお話しさせて頂く機会があったのですが，バイオインフォで重要と私が思っていている大量データを扱うためのインフラ整備が後手に回っている印象を受けました．色々な要因があるとは思うのですが，一つの側面についてのまとめと部外者視点の理想像で考えた問題提起です． 今後，当該分野が健全な発展を遂げられますように． 100401 BioinfoinfraView more presentations from sesejun.
並列分散ファイルシステムLustreを試してみた - Loud Minority
速度が出なかったのは，100Mのハブに何故か繋がってたからでした．ということで速度書き直しました． 1台では容量が足りないという場合や，速度が足りないという場合用の並列ファイルシステム．最近クラスタやスパコンで使われるようになったlustreをインストールしてみました．既に2.0が出ていますが，ここでは多少ノウハウが溜まっている少し古い1.8の方をインストールしました． 準備 マシンを3台以上用意します． 1台はMGS(/MDT)と呼ばれるメタデータを入れる所．ファイルシステム全体の1-2%位を用意．ディスクの追加はできるが，MGSの追加は出来ない(or 厄介？)ようなので，少し多めに2%を取りましょう． 1台はOSSと呼ばれる実際にデータ入れる所．MGSと兼ねることができます． 1台はクライアント(MGSやOSSと兼ねる事は推奨しません) 今回はノード間はGigabit etherで繋が
8万円以内で8TBのサーバを作る - Loud Minority
材料 HP ProLiant MicroServer (\35,700) http://h50146.www5.hp.com/products/servers/proliant/micro/ 2TBのHDD * 4本 (4万円前後): 今回は，日立製 0S02602 Deskstar バルク品を買うときには，HDDを留めるネジが別途必要（HPの本体に付いてこない）なので注意 設置 箱明けて，本体取り出します．正面の扉を開ける鍵は，背面に着いてます。写真左の銀色は3.5インチHDD 開けて見ます．HDDは，引き出して，マウントする事が出来ます． HDD以外（メモリ等）を増設するには，本体下部のマザーボードを引き出します．トルクスネジですが，工具は蓋に着いてます． ケーブルが押し込めてあるので，結構取り出す＆しまうのに苦労します． あとは、CentOSいれて、Software raidを組んだ
Beginning OS X 10.5/運用編 - Beginning OS X
[編集] 総則 [編集] パッケージシステムの混用は避けるべき MacPorts は基本的に自己完結を是としており、他のパッケージとの協調はほとんど考慮されていない。これは Fink などでも同じで、根本的には UNIX 環境自体の制約に由来するところが大きい。たとえば X11 の app-defaults に関する検索パスはユニークなリソースだが、Fink はそれを占有し、他に明け渡さない排他的な設計になっている。 結局のところ、複数のベンダーから提供されている UNIX バイナリパッケージを同時に幾つも導入していくと、必ずある段階で問題が生じることになる。利用するパッケージシステムを一度決めたなら、極力それ以外は使わないようにするのがよい。特に、/usr/local 以下にライブラリを勝手にインストールするようなものは避けること。 [編集] OS の上書きインストールは避けるべき Ma
YouTube - Zheng Lab - Bad Project (Lady Gaga parody)
*edit* We are the Hui Zheng lab at BCM and study Alzheimer's Disease. Thanks everyone for your comments and words of encouragement! We had no idea this would spread like it has, but I guess some of these feelings are universal (and international!). This was all in good fun and took us only a few days to do the filming and editing. If you are caught in a bad project, best of luck and hope you can t
プログラミング言語人気TOP10の簡易解説
0-1. 前書き この世にはたくさんのプログラミング言語が存在します。Wikiepdiaのプログラミング言語一覧を見ると、実に200個以上というわけの分からない数の言語が並んでいたりします。 【参考URL】プログラミング言語一覧 - Wikipedia http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%... 200の中にはほとんど使われてない言語も混じってるので、実際に仕事でざくざく使われている言語は20とか30とかそういうオーダーなのですが、それでも1人の人間が把握するにはちょっと多過ぎる数です。 本記事では、そうした有り余るプログラミング言語の海の中で「どれを勉強したらいいの？」とか「どれを採用するのが適切？」という悩みをお持ちの方が「よし、この言語に決めた！」と自信を持って決断できるように背中を押すことを目的として書か
脱税疑惑のスイス口座2000件、告発者がウィキリークスに提供へ
ロンドン（London）の治安判事裁判所前で、報道陣にコメントを発表する内部告発ウェブサイト「ウィキリークス（WikiLeaks）」の創設者、ジュリアン・アサンジ（Julian Assange）容疑者（2011年1月11日撮影）。(c)AFP/LEON NEAL 【1月17日 AFP】スイスの元銀行家で内部告発者のルドルフ・エルマー（Rudolf Elmer）氏は、16日付のスイス紙ゾンターク（Sonntag）で、脱税目的の可能性のある銀行口座2000件のデータを記録したCD2枚を、内部告発ウェブサイト「ウィキリークス（WikiLeaks）」に提供する予定であると語った。 「おそらく脱税を目的として、銀行の機密性の影に隠れている人びと」が資料で明らかになると、エルマー氏はゾンターク紙に語った。17日のロンドン（London）での記者会見の際に、データをウィキリークス側に提供する予定だという
HotSpot VMの特性を知る
Permanent領域のチューニング JVMにはPermanent領域と呼ばれるヒープ領域があります。ここにはクラス定義やメソッド、フィールドなどのメタデータが格納されます。 Permanent領域のデフォルトのサイズは、一般的なアプリケーションにとって十分な大きさに設定されています。しかし、アプリケーションによっては非常に多くのクラスをロードするものもあり、Permanent領域が足りなくなることがあります。例えば、JSPやサーブレットを多用するアプリケーション（アプリケーションサーバなど）は、デフォルトのPermanent領域サイズでは足りなくなり、次のようなエラーが発生することがあります。 $ java ManyClassLoadingTest Permanent generation is full... increase MaxPermSize (current capacity
HotSpot VMの特性を知る
本記事は、HP-UX Developer Edgeに掲載された記事を株式会社アットマーク・アイティおよび本記事の筆者が独自の判断のもとに加筆・修正したものです。 本連載の最終回は、HotSpot VMに固有の振る舞いを学びます。HotSpot VMのデフォルト設定ではパフォーマンスが思うように向上しないケースを紹介し、対処方法を説明します。また後半では、JVMのPermanent領域のチューニング方法を説明します。 ベンチマーク・プログラムからHotSpot VMの特長を探る アプリケーションのチューニングの効果を比較するためにしばしば作成されるのが、簡単なベンチマーク・プログラムです。しかし、HotSpotベースのJVMでは、ベンチマークの設計のまずさが誤解を生む原因となりかねません。例えば、ベンチマークによっては、旧型のJIT（Just-In-Time）コンパイラを備えたClassic
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
Amazon.co.jp: 天才! 成功する人々の法則: マルコム・グラッドウェル (著), 勝間和代 (翻訳): 本
IDEA * IDEA
リコー、パッシブAFセンサー搭載の「CX5」 ～超解像技術や“たーまやー”のシャッター音も
Which are faster? | Computer Language Benchmarks Game