Gaussian Input File データベース | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 Gaussian Input File データベース 2023/1/12 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 実験・テクニック コメント: 0 投稿者: Maitotoxin お疲れ様です！Maitotoxinです！ みなさん、計算化学好きですか？特にGaussian、好きですか？僕は好きです！自分の見えない電子の世界を、なんか見えるようにしてくれる量子化学計算ってすごいですよね〜。実際、蛍光分子を扱う以上、量子化学計算による軌道計算は欠かせないものになっています。 でも同時に、めちゃめちゃとっつきにくいものだと思います。弊ラボでも、計算設備は整っていますが、あまり自分でやろうとする方は少ないです。慣習化された汎関数や基底関数での計算なんて、数分でinputファイルを作ってソフトウェアに投げるだけなのに….。難しいんでしょうね。 このように知ってしまえば簡単なものも、知りかた
量子アルゴリズム国際ハッカソンQPARC Challengeで、で京都大学の学生チームが優勝！！ | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 量子アルゴリズム国際ハッカソンQPARC Challengeで、で京都大学の学生チームが優勝！！ 2022/8/4 化学者のつぶやき 量子コンピュータ, 量子化学 コメント: 0 投稿者: spectol21 そこかしこで「量子コンピュータ」という言葉を聞くようになった昨今ですが、実際に何がどこまでできるのかといった可能性は未知数かつ無限大な部分があります。そんな中、量子コンピュータの開発を行っているスタートアップ企業であるQunaSysが、量子コンピュータの計算能力を活かした材料開発の可能性を発掘するアルゴリズムに関する国際ハッカソンQPARK Challengeを開催しました。 そしてなんと、京都大学理学研究科化学専攻 理論化学研究室倉重グループの学生チーム kuchemQCL が優勝し、賞金＄5000と量子化学ソフトウェア使用権を手にしました！！ 38ヶ国、181名
【書評】有機化学のための量子化学計算入門 | Chem-Station (ケムステ)
化学一般 【書評】有機化学のための量子化学計算入門 2022/6/10 化学一般, 化学書籍レビュー, 有機化学, 計算化学 Gaussian, 書籍紹介, 書評, 計算化学 コメント: 0 投稿者: DAICHAN 痒い所に手が届く科学書に定評のある裳華房さんより 2022 年 6 月に刊行された「有機化学のための量子化学計算入門 –Gaussianの基本と有効利用のヒント」を読んでみました。 私は「量子計算化学をガチで導入したく、特に Gaussian を考えているが、何から始めたらいいかよく分かっていない。そもそも用語の意味もよく理解していない」という計算化学ド素人です。そんな私にとってこの書籍はまさに求めていたものだ！という感じでした。似たような境遇の方は本書を是非とも手に取っていただきたいと思います！ Gaussian を使うかどうかに関わらず、初学者にとっては DFT ？基底関
高分子マテリアルズ・インフォマティクスのための分子動力学計算自動化ライブラリ「RadonPy」の概要と使い方 | Chem-Station (ケムステ)
archives 高分子マテリアルズ・インフォマティクスのための分子動力学計算自動化ライブラリ「RadonPy」の概要と使い方 2022/6/5 archives, セミナー, 会告, 化学者のつぶやき Mi-6, RadonPy, デジタルトランスフォーメーション, マテリアルズ・インフォマティクス, 分子動力学 コメント: 0 投稿者: ケムステPR 開催日：2022/06/08申込みはこちら ■開催概要 近年、少子高齢化、働き手の不足の影響を受け、従来の経験と勘による研究開発から、データを活用して、より効率的に、また人が発見出来なかった素材を研究開発していくことが目指されています。また、デジタルトランスフォーメーション(DX)をどのように研究開発に適応するか？という観点からも、データと統計・データサイエンスを活用した素材の研究開発である、マテリアルズ・インフォマティクス(MI)が注目
光速の文献管理ソフト「Paperpile」 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 光速の文献管理ソフト「Paperpile」 2021/9/30 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web Google, Paperpile, ソフトウェア, 化学研究ライフハック, 文献管理 コメント: 0 投稿者: cosine 皆さん、文献管理ソフト、使ってますか？？ ケムステでも、過去に様々な文献管理ソフトを比較・紹介してきました（末尾の関連記事参照）。筆者（副代表）は少し前までReadCube推しだったのですが、Papersに統合されてからというものやや馴染まなくなってしまい、すっかり距離を置くようになりました。 しかしあるとき、かのGoogleが新たな文献管理ソフトを提供していることを知ります。その名もPaperpile。軽い気持ちで触り始めましたが、他のソフトを圧倒することがすぐ分かりました。めちゃくちゃ軽い！高速、いや、もはや光速！なのです。動作スピードへ
私達の時間スケールでみても、ガラスは固体ではなかった − ７年前に分からなかった問題を解決 − | Chem-Station (ケムステ)
スポットライトリサーチ 私達の時間スケールでみても、ガラスは固体ではなかった − ７年前に分からなかった問題を解決 − 2020/12/18 スポットライトリサーチ, 化学者のつぶやき ガラス, 分子振動, 結晶 コメント: 0 投稿者: Monica 第288回のスポットライトリサーチは、東京大学大学院総合文化研究科(池田研究室)・水野英如先生にお願いしました。水野さんは、2017年に第11回日本物理学会若手奨励賞も受賞されています。 「物質は気体・液体・固体の三態に分けられる」という概念ではうまく分類できない物質が、実は我々の身の回りにはあふれています。水野先生が研究している「ガラス」は、まさにその典型例です。ガラスは、21世紀に入ってから幅広い分野の研究者によって急速に研究が進められ、現代物理のフロンティアの一つとなっています。その中でも水野さんは、力学・連続体力学・統計力学をベース
自律的に化学実験するロボット科学者、研究の自動化に成功 8日間で約700回の実験、人間なら数カ月 | Chem-Station (ケムステ)
ケムステニュース 自律的に化学実験するロボット科学者、研究の自動化に成功 8日間で約700回の実験、人間なら数カ月 2020/8/24 ケムステニュース, 化学, 化学一般, 化学合成, 海外ニュースより ロボット科学者, 光触媒 コメント: 0 投稿者: Zeolinite 英リバプール大学の研究チームが開発した 「A mobile robotic chemist」は、年中無休で化学実験を自律的に行う研究ロボットだ。人間だと数カ月かかるところを8日で完了し、研究の自動化を実証した。 (引用：7月15日 ITmedia) 実験の手間を省き、ミスを減らすために作業を自動化することは重要ですが、ラボスケールの有機合成実験において自動化が実現しているのは、GCやNMRなどのオートサンプラーによる自動測定や有機合成装置によるプログラミング運転など、部分的な作業がほとんどで、実験すべてを自動で行う
なぜ電子が非局在化すると安定化するの?【化学者だって数学するっつーの!: 井戸型ポテンシャルと曲率】 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 なぜ電子が非局在化すると安定化するの?【化学者だって数学するっつーの!: 井戸型ポテンシャルと曲率】 2020/8/17 一般的な話題, 化学者のつぶやき 化学者だって数学するっつーの!, 数学, 波動関数, 量子化学 コメント: 0 投稿者: やぶ [latexpage]本記事では、量子化学の基礎を数学の視点から紐解くために、 最も簡単な系である一次元井戸型ポテンシャルのシュレディンガー方程式についてお話しします。 シュレディンガー方程式が、波動関数の曲率と系のエネルギーをつなぐ式であることを基本的な考えとして、量子力学ではエネルギーが飛び飛びの値をとる理由、 軌道のエネルギーが大きくなるにつれて軌道に節が増える理由、さらには電子が非局在化すると安定化する理由について迫ります。 前回のおさらい: 時間に依存しないシュレディンガー方程式とは 前回の記事で波動関数が定常波である
在宅となった化学者がすべきこと | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 在宅となった化学者がすべきこと 2020/4/27 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web データ整理, 動画, 在宅 コメント: 0 投稿者: Zeolinite 筆者も会社から在宅指示が出て、家で仕事をするようになりました。もちろん業務に関する仕事を続けることが在宅の大前提ですが、実験など在宅ではできない仕事がなくなり、時間には余裕ができた人もいるかもしれません。そんな時間に余裕がある今だからこそ、チャレンジすべきことをまとめてみました。大それたことはないのであしからず。 在宅のメリット 実験に日々の時間を費やしていた化学者にとって在宅は、苦痛の極みかもしれません。しかしながら、見方を変えれば在宅はデスクワークに集中できるいい機会と考えることもできます。三度の飯より実験が好きな筆者は、まとめるレポートがあってもふらふらとラボに行き、必要もないのに片付けや
天然のナノチューブ「微小管」の中にタンパク質を入れると何が起こる？ | Chem-Station (ケムステ)
スポットライトリサーチ 天然のナノチューブ「微小管」の中にタンパク質を入れると何が起こる？ 2019/8/18 スポットライトリサーチ, 化学者のつぶやき Chem. Commun., タンパク質, ナノチューブ コメント: 0 投稿者: cosine 第213回のスポットライトリサーチは、鳥取大学大学院 工学研究科・稲葉 央 助教にお願いしました。 稲葉先生の所属する松浦研究室では、人工的に設計したペプチドの自己集合を活用して巨大な構造体を合成し、それをカプセルのように使うという研究にチャレンジしています（紹介漫画① ②が分かりやすいので、ぜひご覧下さい！）。今回紹介する内容はこれまで培ったペプチド構造学の知見を生かし、自然界が生み出したさらに巨大な構造体「微小管」をナノチューブとして捉え、その中に好きなものを入れられないか？との考えから取り組まれた成果です。本成果はChem. Comm
特許の基礎知識（３） 方法特許に注意！ カリクレイン事件の紹介 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 特許の基礎知識（３） 方法特許に注意！ カリクレイン事件の紹介 2019/8/7 一般的な話題, 化学者のつぶやき 特許 コメント: 0 投稿者: P.A. 以前の記事で、発明には色々なものがあることを紹介しましたが、特許法では、発明を、大きくは以下の３種類に分類しています（特許法第２条）。 (1)「物」の発明：化合物、組成物（混合物）、フィルム/シート、装置、器具…など、物として存在するものに関する発明。 (2)「生産方法」の発明：ある物（原材料）に変化を加えて、別の物を生産する発明。 (3)「単なる方法」の発明：制御方法、測定方法など、方法を行うことで何かが製造されるわけではない発明。 ある発明コンセプトを思いついたとき、それを、物、生産方法、単なる方法のどれで表現するかは、任意です。物、生産方法、単なる方法のうち、２つ以上の表現ができる場合も多いです。特に、生産方法と単
創薬化学における「フッ素のダークサイド」 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 創薬化学における「フッ素のダークサイド」 2019/7/4 化学者のつぶやき, 論文 フッ素, 代謝, 医薬化学 コメント: 0 投稿者: cosine フッ素は全元素中最大の電気陰性度を有するなど、化学的物性値に外れ値を示す事が多く、元素として特殊な扱いが成されます。 これを医薬構造中に入れこむことで、薬効を調節したり、疎水性を高めたり、代謝安定性を改善したり、動態追跡のPET応用に用いたり・・・などの良い効果があるとされています[1]。この有用性から「分子にフッ素を効率良く導入する反応」が歴史的にも沢山開発されてきています[2]。 しかしその一方で、フッ化医薬構造の分解により予期せぬ悪影響が生じてしまうことも指摘されています。この事例をNovartis社の研究員がまとめておりましたので、今回はこれを取り上げてみます。 ”The Dark Side of Fluorin
ものごとを前に進める集中仕事術「ポモドーロ・テクニック」 | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 ものごとを前に進める集中仕事術「ポモドーロ・テクニック」 2019/4/6 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web ポモドーロテクニック, 仕事術, 集中 コメント: 0 投稿者: cosine マネジメント職になって以来、諸々の雑務に追われる日々。とにかくやらねばならない仕事が永続するものの、面白くない雑用にどうにもやる気が起きなかったり、そもそも時間の確保が難しかったりすることも。まぁ人間なのであるあるですが、やらなければ後々しんどくなるのも事実。 意識的にそこら辺を解決すべく取り入れている、ポモドーロ・テクニックを今回はご紹介したいと思います。 ポモドーロテクニックとは？ 集中できる時間の確保を目的とした仕事術の一種です。 実際にやることは至極シンプルで、 「25分は特定タスクに集中し、その後5分休憩」のサイクルで仕事をする ただし、「25分間は他の作
Whitesides’ Group: Writing a paper | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき Whitesides’ Group: Writing a paper 2009/12/24 化学者のつぶやき, 実験・テクニック, 論文 ノウハウ, 執筆法, 論文 投稿者: cosine 今回紹介する文献“Whitesides’ Group: Writing a Paper”では、世界一線級の化学者であるGeorge M. Whitesides教授が自ら、優れた論文執筆法を解説しています。 具体的には『アウトライン法』――すなわち、始めに論文の枠組み(アウトライン)を作り、研究データの蓄積と同時並行して何度も修正を加えてゆく、実験データはその時々で補完、図表重視のアピールを心がけ、テキストを書くのは一番最後、という論文作成法――の提唱を通じ、研究のプロダクティビティ・時間効率の向上に効果的たる仕事術にも触れています。３ページ程度の短文ながら、多くの示唆に富む文章となって
並行人工膜透過性試験 parallel artificial membrane permeability assay | Chem-Station (ケムステ)
chemglossary 並行人工膜透過性試験 parallel artificial membrane permeability assay 2017/4/29 chemglossary, 医薬化学 人工脂質膜, 医薬化学, 物性評価, 膜透過性 コメント: 0 投稿者: cosine 並行人工膜透過性アッセイ（parallel artificial membrane permeability assay, PAMPA）は、人工脂質膜を用いて化合物の受動的膜透過性を評価する手法。 培養が必要な細胞型アッセイ(Caco-2アッセイなど)よりも簡便であり、多数の化合物をマルチウェルプレートで短時間で一度に評価できるため、高いハイスループットを有することが特徴。 原理・手法 薬物を溶かしたドナー分画ウェルに、人工脂質膜を底敷きしたたアクセプター分画ウェルをサンドイッチするように静置する。所定の
whileの使い方 | Chem-Station (ケムステ)
接続詞「while*」には2種類の意味がありますので、誤解を避けるために注意が必要です。 「while」が接続詞として用いられる場合は、「同時性」もしくは「対照性・対立」を表します。文章の内容によっていずれの意味で使われているかが明らかな場合も多いのですが、以下の文が示すようにそうではない場合もあります。 The temperature decreased while the growth rate increased. この文章は、「温度が下がったと同時に成長速度が上がった」という意味と、「温度が下がったのに対して、成長速度が上がった」という意味との2通りに解釈できます。 正確には、後者の解釈が正しい場合には「decreased」と「while」の間にコンマが必要ですが、いずれにしてもこのままでは解釈が定まりません。上の文の意図を明確に表すためには以下のいずれかの例文のように書き直すべき
なぜあなたは論文が書けないのか | Chem-Station (ケムステ)
概要 ―ネタがあっても論文にならない,書こうと思っても進まない,書く時間がない,アクセプトされない 論文が書けない理由から迫る症状別解決策! 従来のマニュアル本とは一線を画す,論文執筆のための新機軸! 多くの若手医師・研究者の研究,学会発表,論文執筆を指導してきた著者が,その経験から見えてきた「論文が書けない理由」を40のQuestionにまとめ,珠玉のメッセージと方法論だけはない独自の視点で解決します。 簡潔な構成なので,忙しい合間にも読み進められます。 目次の40のQuestionを是非ご覧ください! あなたの論文が書けない理由がきっと見つかります。（内容紹介より） 対象 論文執筆経験に乏しい若手研究者（大学院生～博士研究員） 論文執筆を指導する立場にある駆け出し助教～PI 解説 2016年7月に発刊されたばかりの論文執筆ノウハウ本のひとつ。先日レビューした佐藤雅昭 著「なぜあなたの研
できる研究者の論文生産術―どうすれば『たくさん』書けるのか | Chem-Station (ケムステ)
仕事術 できる研究者の論文生産術―どうすれば『たくさん』書けるのか 2015/7/7 仕事術, 化学書籍レビュー, 論文執筆 自己啓発, 論文 コメント: 0 投稿者: cosine 内容 論文の書き方に関する指南書はこれまでも数多く出版されているが、本書が画期的なのは、いかにして論文執筆のモチベーションを上げ、精神的負担を軽くして論文執筆に取り組めるようにするかについて、メンタルな面を含めて冷静に分析し、その解決策を誰にでもわかるように明瞭に提示している点だろう。（本書あとがきより） 対象 論文執筆を生業とする研究者およびその卵 研究に携わらずとも、文章執筆がなかなか進められない人 感想・評価 本書は論文執筆をテーマとする自己啓発書“How to Write a Lot: A Practical Guide to Productive Academic Writing”の邦訳版である。あ
できる研究者の論文作成メソッド 書き上げるための実践ポイント | Chem-Station (ケムステ)
化学書籍レビュー できる研究者の論文作成メソッド 書き上げるための実践ポイント 2017/1/2 化学書籍レビュー, 論文執筆 研究, 論文執筆 コメント: 0 投稿者: webmaster 概要 どうすれば「インパクトがある論文」を書けるのか。 「本当に使える！」と大好評の『できる研究者の論文生産術』に続く第２弾！ 原稿の各種スタイルはもちろん、雑誌の選び方、共著論文執筆のヒント、投稿後の対応など実践ポイントを解説した。爽快でユーモア溢れるシルヴィア節は健在で、初めて英語論文を書く大学院生に有益この上ない！ 【訳者あとがき】 本書は､2014年に出版されたポール・J・シルヴィア(Paul J. Silvia)『Write It Up: Practical Strategies for Writing and Publishing Journal Articles』の邦訳で、同じく2007
comparing with (to)の使い方 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき comparing with (to)の使い方 2017/1/1 化学者のつぶやき, 化学英語・日常英語 化学英語, 英語 コメント: 0 投稿者: webmaster 副詞の役割を果たす「comparing with (to)」もよく誤って用いられる語です。以下にその典型的な英語論文での誤用例と修正例を示します。 [誤] Comparing to the previous results, the present results are much more complete. [正] The present results are much more complete than the previous results. [誤] Comparing with the thermal velocity, u is quite small. [正] In compariso
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