スパコン「京」で抗がん剤の候補物質作製に成功 : 科学 : 読売新聞（YOMIURI ONLINE）
東京大と富士通、製薬会社の興和は、理化学研究所の世界最速級のスーパーコンピューター「京（けい）」（神戸市）を活用して、抗がん剤の候補物質を作製することに成功した。 「ＩＴ創薬」と呼ばれる方法で、高い治療効果が見込める薬を効率的に作る新たな技術として注目される。 研究チームは、がん細胞の表面にある増殖に重要な役割を果たすたんぱく質に着目。たんぱく質の「鍵穴」に「鍵」のように入り込み、細胞増殖を抑える化学物質をスパコンで設計した。たんぱく質と化学物質が引き合う力や体内の水分の影響など複雑な計算を、スパコンを使うことで精密に行うことが可能になった。 スパコンでの化学物質の設計は富士通が担当。興和が実際に化学的に合成できるか検証した。東大は設計方法の改良などを担った。
2014年2月19日 40ノードクラスタ＆製作費3000ドルのラズパイ自作マシンに見る“プチスパコン時代”の幕開け | gihyo.jp
Linux Daily Topics 2014年2月19日40ノードクラスタ＆製作費3000ドルのラズパイ自作マシンに見る“プチスパコン時代”の幕開け いまや世界最高峰のスーパーコンピュータ、たとえば「天河2号（中国国防技術大学）」「Titan（Cray）」「Sequoia（IBM）」などに載っているOSは、言わずもがなLinuxである。かつて世界一に輝いたこともある理化学研究所の「京（富士通）」も、CPUはSPARC64だが搭載OSはLinuxだ。いまではスパコンOSといえばデフォルトでLinuxを指すと言っても過言ではない。 昨年、京を超えるスパコンを日本から!と東大や富士通が協力してLinuxではないスパコンOSを開発するという発表が行われたが、仮にプロジェクトが順調に進んだとしても、スパコンOS＝Linuxというトレンドを覆すほどの成果を出すことは…たぶん甘
東工大の松岡教授に聞いた「TSUBAME3.0」、そしてエクサへの道(前編)
日本のスパコン開発を牽引する東工大 松岡教授 東京工業大学(東工大)の松岡聡教授は、同大のTSUBAMEスパコンプロジェクトのリーダーであり、日本のスーパーコンピュータ(スパコン)開発を牽引するトップランナーの一人である。TSUBAME1.0はアクセラレータを搭載した日本初の大規模スパコンであり、2006年6月のTop500で7位にランクインしている。そして、TSUBAME2.0は2010年11月にTop500 4位と、Top10に入るシステムを構築してきた実績を持っている。 東工大のTSUBAMEはGPUアクセラレータを使うスパコン開発の先頭を走っており、その設計思想は、現在、Top500 1位の中国の天河2号にも大きな影響を与えている。 その松岡教授に、次世代のスパコン「TSUBAME3.0」、そして国家プロジェクトとして議論が始まっているエクサスケールシステムをどのようにするべきかを
液晶テレビの二の舞を演じていないか？次世代スパコン開発
スーパーコンピュータ「京」の100倍高い性能を持つ次世代スパコン開発で、再び世界最速を2020年に実現する計画を文部科学省の有識者会議がまとめたそうです。 次期スパコンで世界一奪還へ 「京」の１００倍高い性能目指す (1/3ページ) – SankeiBiz（サンケイビズ） : 「京」といえば、事業仕分けで蓮舫さんが「2位じゃだめなんでしょうか？」というツッコミをやったことが波紋を呼び、こぞってバッシングが起こったことが思い出されます。その後、国産スーパーコンピュータ「京」は2011年に二期連続で世界最速を実現したものの、今や演算速度はクレイ社やIBMに抜かれ、第3位となったことはご存じの通りだと思います。世界最速は実現できたものの一年で記録は抜かれてしまっています。 さて、あの当時、蓮舫さんへの批判が渦巻いていたのですが、ちょっと待てよと感じたものです。情けないと思いました。特に国威発揚を
スパコン「京」に関する素朴な疑問
昨晩放送されたNHKのクローズアップ現代「超高速計算が起こす“新・産業革命”〜スパコン「京」のひらく未来〜」を見た。本来ならば「スパコンを使ったシミュレーションを使えば...」と一般名詞を使うべき部分をことごとく「京を使えば...」と言い換えているため、すっかり「ちょうちん番組」に成り下がっている。 「なぜ京なのか？」という部分が私には全く伝わって来なかったのだが、この番組を見た人の大半の人は、「京ってすごい。事業仕分けなんかしなくて良かった」と感じたに違いない（というか、そうなるように作られている）。 この番組を見て、私の頭の中には以下のような疑問が次々と浮かんだのだが、この番組はこれらの疑問に答えていないどころか、疑問を提示すらしていないのが何とも残念だ。 本当に大量の税金をつぎ込む価値があるのか？税金を使うにしても、もっと別の方法があるのではないか？ 無料で京を使わせてもらえる研究機
新薬開発にスパコン「京」を活用。新薬開発競争を優位に | スラド
新薬開発にスパコン「京」が使われるとのこと。うまく行けばこれまで3年半かかっていた新薬候補の絞り込みを半年程度に短縮できるという（産経MSNニュース）。 新薬開発において臨床試験には一定の期間が必要であるため、研究開始から発売まで10～20年弱必要とされている。このため、有望な新薬候補を絞り込む段階の期間短縮が早期の新薬投入のカギを握るが、これまでは病気に関連するタンパク質と化合物を反応させる実験を手作業で繰り返し、新薬候補を選んでいたため選定に時間がかかっていた。 今回、スパコン「京」を利用する大日本住友製薬は、すでに社内のコンピューターを使ったバーチャル（仮想現実）実験で、新薬候補の絞り込み期間短縮を図ってきた。しかし、薬効を正確に評価するには、1日に1タンパク質に対して1化合物を解析するのが限界だったという。これに対し、京を使用すれば、1日に100化合物以上の解析ができるようになる。
新薬開発にスパコン「京」活用 絞り込み期間、３年半→半年 （産経新聞） - Yahoo!ニュース
神戸市で２８日から本格稼働するスーパーコンピューター「京」を活用し、大日本住友製薬が、新薬候補の絞り込みを通常の３年半から半年程度に短縮する計画であることが２３日、分かった。低迷する日本の新薬開発だが、「京」の活用で活性化し、海外勢に対して優位に立つことができる。 医薬品開発は、研究開始から発売まで１０〜２０年弱かかる。健康な人や患者に投与して効果を調べる治験（臨床試験）には一定の期間が必要で、有望な新薬候補を絞り込む段階の期間短縮が早期の新薬投入のカギを握る。 従来は、病気に関連するタンパク質と化合物を反応させる実験を手作業で繰り返し、新薬候補を選んでいたが、この絞り込み作業を京が担う。 大日本住友製薬はすでに、社内のコンピューターを使ったバーチャル（仮想現実）実験で、新薬候補の絞り込み期間短縮を図ってきた。しかし、薬効を正確に評価するには、１日に１タンパク質に対して１化合物を解析
スパコンでがんに挑む - 先端技術の活用で変わる治療研究の最前線(前編)
がんの死亡率は2004年には1960年比で2.5倍に 「がんの最先端研究とスーパーコンピュータ」と題する講演会が行われた。この講演は文部科学省の新学術領域研究「システムがん」の成果を広報するもので、がん遺伝子をスーパーコンピュータ(スパコン)で分析して、がんの仕組みを理解し、がんを抑えるにはどの遺伝子をターゲットにする薬を使えば良いのかという研究の最新状況を伝えるものである。 ヒトゲノム計画で人間のDNA全体が解読されたのは2003年のことで、この時は1000億円かかったが、DNAの読み取りを行うシーケンサと呼ぶ装置の急速な改良で、現在では10万円程度で解読することができる。また、近い将来には1万円という数字を出しているシーケンサメーカーもあるという。こうなると、個人のDNAを読んで、その人の遺伝子レベルでみて、効く薬を使うというオーダーメイド医療が現実味を帯びてくる。 現在では日本国民の
北森瓦版 - Intel CrayのInterconnect Technologyに関わる資産を買収
Intel Acquires HPC Interconnect Technology from Cray（Bright Side Of News） Intel makes a grab for Cray interconnect tech（bit-tech.net） Intel Buys Supercomputer Interconnect Hardware Assets from Cray.（X-bit labs） Intel Acquires Industry-Leading, High-Performance Computing Interconnect Technology and Expertise（Intel Newsroom） Intelは4月24日、CrayよりHigh-performance computing（HPC）内部接続技術に関連する資産を買収することで合意に至っ
九州地区最大規模、九州大学様の新スーパーコンピュータシステムを受注 : 富士通
English PRESS RELEASE 2012年4月4日 富士通株式会社 九州地区最大規模、九州大学様の新スーパーコンピュータシステムを受注 「PRIMEHPC FX10」、「PRIMERGY CX400」により691.7テラフロップスの総理論演算性能を実現 当社はこのほど、国立大学法人 九州大学情報基盤研究開発センター（センター長：青柳 睦、以下、情報基盤研究開発センター）様の「スーパーコンピュータシステム」および「高性能演算サーバシステム」からなる新システム（注1）を受注しました。 「スーパーコンピュータシステム」は当社の「PRIMEHPC FX10（プライムエイチピーシー エフエックステン）」などから構成され、「高性能演算サーバシステム」は当社のPCサーバ「PRIMERGY CX400（プライマジー シーエックスヨンヒャク）」によるPCクラスタで構成されています。両システム合わ
近畿大学、富士通のスーパーコンピュータ「PRIMEHPC FX10」を導入 : 富士通
PRESS RELEASE 2012年3月29日 近畿大学 富士通株式会社 近畿大学、富士通のスーパーコンピュータ「PRIMEHPC FX10」を導入 私立大学で初めて、「京（けい）」とソフトウェア互換性のあるスパコンを採用 生物理工学部を中心に最先端研究に活用 近畿大学（本部：大阪府東大阪市、学長：畑博行）は、このほど、富士通株式会社（本社：東京都港区、代表取締役社長：山本正已、以下：富士通）のスーパーコンピュータ「PRIMEHPC FX10」の導入を決定しました。「PRIMEHPC FX10」は、スーパーコンピュータ「京」（注1）とソフトウェア互換性があり、私立大学では、初めての採用となります。 文部科学省は、「京」を用いて戦略的・重点的に研究を推進していく「戦略分野」として「予測する生命科学・医療および創薬基盤」「新物質・エネルギー創成」「次世代ものづくり」などをあげています。生物理
近大、「京」とソフトウェア互換性があるスパコンを導入
富士通は3月29日、同社にスーパーコンピュータシステム製品「PRIMEHPC FX10」が近畿大学（近大）生物理工学部に採用されたと発表した。国内私立大学の採用は初めてで、7月に本格稼働を開始するという。 近大が導入するPRIMEHPC FX10はシングルラックモデル。プロセッサには理化学研究所の「京」に使用した「SPARC64 VIIIfx」をベースとして性能向上を図った「SPARC64 IXfx」を搭載。理論演算性能は2.5テラフロップス。PRIMEHPC FX10と京はソフトウェア互換を実現しているため、将来は両システムによる大規模シミュレーションも実行できるという。 生物理工学部では生物学を中心とした科学技術分野での先端研究にPRIMEHPC FX10を活用する方針。ゲノム・プロテオーム解析や生体分子シミュレーション、脳・神経系モデルシミュレーションなどを計画している。
スパコンと薬。薬作り職人のブログ
スーパーコンピュータ（スパコン）の記事を時々見かけるのですが、スパコンの有用な応用分野として「新薬の開発」がよく挙げられています。 読売新聞 「京」応用スパコン輸出再開…富士通 富士通は７日、来年１月から最先端スーパーコンピューターの輸出を約１０年ぶりに再開すると発表した。理化学研究所と共同開発した世界一の性能を誇るスパコン「京」（神戸市）の技術を応用した新製品を、欧州などの政府機関や企業へ売り込む。 新開発した「ＰＲＩＭＥ（プライム）ＨＰＣ ＦＸ１０」は、「京」よりもＣＰＵ（中央演算処理装置）の性能を向上させ、１台で毎秒２兆５０００億回の計算ができる。１０２４台まで組み合わせることが可能で、最大で毎秒２・３京回（京は１兆の１万倍）の計算速度となる。毎秒０・１京回計算できるスパコンなら、価格は５０億～７０億円になる見込みだ。 現在主流のスパコンは、心臓一拍の動きの解析に２年かかるが、京の計
日本SGI、京大化学研究所から次期スパコンシステムを受注
京大化学研究所の「ゲノムネット」の次期基盤となるシステムに、「SGI UV 1000」などが採用された。 日本SGIは11月2日、京都大学化学研究所から新たにスーパーコンピュータシステムを受注したことを発表した。京大化学研究所のバイオインフォマティクスセンターが提供する「ゲノムネット」の次世代基盤として、2012年1月に稼働を始める予定。 新システムは、化学計算サーバ、ゲノムネットの計算サーバおよびWebサーバ、開発サーバ、ファイルサーバ、化学データベースサーバの6つのサーバ群で構成され、ネットワークが現行の1Gbpsから10Gbpsに強化される。中核となる化学計算サーバとゲノムネット計算サーバには、Linuxで稼働する日本SGIの「SGI UV 1000」を採用。ゲノムネット計算サーバは2つのサブシステムで構成され、メモリが現行の2テラバイトからサブシステム当たり16テラバイトに、搭載コ
スパコン「京」が“京速”達成、LINPACK性能で10.51ぺタフロップスを記録
理化学研究所（理研）と富士通は11月2日、両者が共同開発を進めている次世代スーパーコンピュータ「京」がLINPACKベンチマークテストで10.51ぺタフロップスの性能を記録したと発表した。実行効率も93.2％を達成している。 京は8月末に864筐体全ての搬入と据え付けが完了。今回の計測は、864筐体の8万8128CPU（理論性能11.28ペタフロップス）による最終構成のシステムでの基本動作と設計性能を確認する目的で実施され、実行時間は29時間28分だった。この間は無故障で全システムが安定稼働し、設計通りの性能と安定性を実証できたとしている。 6月に実施したLINPACKベンチマークによる性能評価では8.162ペタフロップスの性能と93.0％の実行効率を達成し、LINPACKベンチマークTop500で国産スーパーコンピュータとしては7年ぶりとなる首位を獲得。理研と富士通は今回の評価結果をTo
理化学研究所「京（けい）」、スパコンランキングで1位--「TOP500」
日本のスーパーコンピュータが世界最速の地位を2004年以来初めて獲得した。 ドイツのハンブルグで開催のカンファレンスで現地時間6月20日に発表予定の「TOP500 Supercomputing List」によると、神戸市の理化学研究所に設置されているスーパーコンピュータ「京（けい）」が世界最速となったという。京は、毎秒8.162ペタFLOPS以上の処理能力を持ち、2010年11月に同リスト1位を獲得した中国の国防科学技術大学に設置されている「Tianhe-1A」（天河1号A）の2.67ペタFLOPSを上回った。 京は、富士通が製造しているが、同社声明によると、TOP500リストに今回登録したシステムは、現在整備途中段階のもので、672筐体（CPU数6万8544個）の構成となっているという。日本がスーパーコンピュータでトップとなったのは、2002年のNECの「地球シミュレータ」以来となる。同
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スパコン「京」完成、計算速度は毎秒１京回超す : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
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JCSがGPGPUサーバの新製品を発売、最高性能は5TFLOPS以上 － ＠IT
【森山和道の「ヒトと機械の境界面」】 スパコン「京」を使う「次世代生命体統合シミュレーション」とは