タンパク質構造予測・検索は生物学史に新たな章を開いた、かつてのBLASTのように - 殺シ屋鬼司令II
「構造生物学なんもわからん」生物学者でもさわれるのが大事 AlphaFoldの吐く構造をわからんなりにぐりぐりしててわかってきたのは、生物学は完全に新しい章に入った。 thinkeroid.hateblo.jp いきなり大風呂敷広げるやんけ、と思うかもしれないが、こういう状況を私は密かに予見していたというわけではないけど、構造を予測し比較して検索する一連のラインが個人的に欲しい、と思っていた。それがAlphaFoldとその後にでたツールで実現したということだと考えている。 なぜそんなことを考えていたのか？ それは最近、2020年頃までに立て続けに、「配列的な類似性は低い（有意な類似性が見い出せない）が、構造はどう考えても似ている（そして機能的にも非常に似ている）」という研究発表が近い分野で続出したからである。 例えば典型的な例としては2017年にScience誌に掲載された研究だ。 Hol
恐竜の進化史書き換えか 「革命的」新系統樹、英チームが発表
ティラノサウルス類の骨格標本を見る人。モンゴルの首都ウランバートルの博物館で（2016年7月2日撮影、資料写真）。(c)AFP/Johannes EISELE 【3月23日 AFP】恐竜は130年もの間、その複雑な系統樹の最初の分岐点として「鳥盤類」と「竜盤類」の2大グループに分類されてきた。だが、教科書や古生物学界で疑いようのない事実として説明されてきたこの系統樹を覆す可能性のある「革命的」論文が22日、英科学誌ネイチャー（Nature）に発表された。 論文の共著者、英ロンドン（London）自然史博物館（Natural History Museum）のポール・バレット（Paul Barrett）氏は「われわれの研究は130年にわたる定説を覆すものだ」と語った。 研究チームが原始的な恐竜の特徴を詳細に分析した結果、竜盤類に分類されるティラノサウルス・レックス（T・レックス）と、鳥盤類に属
わけわかんない進化をゴチャゴチャ言わずに直接観察する話 - 雨に煙る
この記事は 今年読んだ一番好きな論文2016のエントリーとして書かれました。 こんにちは。なんと昨年の #今年読んだ一番好きな論文2015 ぶりのブログ更新になってしまいました。その間に修士号取得したり学振取って辞退したりアメリカの博士課程に留学開始したりといろいろあったのですが、まあその話はまたの機会にするとして、今年も論文紹介してみます*1。 今年ご紹介する論文はこちら。 http://science.sciencemag.org/content/353/6304/1147 和訳すると『抗生物質ランドスケープにおける微生物の時空間的進化』、なかなかカッコイイ論文タイトルです。 とっても長い前置き：進化と進化実験 本論文のテーマはずばり『進化』です。 ドブジャンスキーの有名な"Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Ev
母なる培地の懐に ～寒天培地はなぜ「寒天」なのか～
Y Tambe @y_tambe @Butayama3 そう。そこらへんにいる環境の常在菌。うちの実習内容をもうちょっと検討するために、試しにいくつかやってみてるのの一つ。だぶ先生 @fluor_doublet との話でも出たスコプラリオプシスも何か見つかるといいな。
ゲノム解読から明らかになったカメの進化 | 理化学研究所
ゲノム解読から明らかになったカメの進化 －カメはトカゲに近い動物ではなく、ワニ・トリ・恐竜の親戚だった－ ポイント カメの祖先はワニ・トリ・恐竜のグループと約2億5千万年前に分かれ進化 特異な形態を持つカメも脊椎動物の「基本設計」を守りながら進化 爬虫類で初めて哺乳類に匹敵する数の匂い受容体を発見、陸上動物最多クラス 要旨 理化学研究所（理研、野依良治理事長）は、カメ類2種（スッポンとアオウミガメ）のゲノム解読を行った結果、カメの進化の起源と甲羅の進化に関して遺伝子レベルの知見を得ることに成功しました。これは、理研発生・再生科学総合研究センター（竹市雅俊センター長）形態進化研究グループの倉谷滋グループディレクターと入江直樹研究員、中国ゲノム研究機関BGI、英国ウェルカムトラストサンガー研究所、欧州バイオインフォマティクス研究所らをはじめとする国際共同研究グループによる成果です。 爬虫（はち
トキソプラズマが人の脳を操る仕組み - ニュース - 科学＆宇宙 - ナショナルジオグラフィック 公式日本語サイト（ナショジオ）
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山中俊治の「デザインの骨格」 » 車輪を持った生き物
“自転車のすばらしい移動効率を考えると、車輪を持った生き物がいないのは、やっぱり不思議。” 昨年末に私がこんなことをつぶやいたのがきっかけで、生物が車輪を持っていないのは何故かということについてツイッター上で議論が盛り上がりました。 血管がある生き物には360度以上回転する部位を持つことは構造上難しいとか、車輪は直径の1/4以上の段差は登ることができないので、でこぼこの世界に住む小さな生物には意味がないとか、車輪を持てなかった理由について様々な意見をいただきました。一方で、どういう構造であれば既存の生物たちの進化の可能性の中で車輪が持てるかを考えてみるのは面白そうだということになり、いろいろなアイデアも登場しました。その議論については pseudotaro さんがtogetterにまとめてくれたので是非ご覧ください。 生物は進化の過程で車輪をなぜ持たなかったか 山中俊治さんを中心とした会話
生物は進化の過程で車輪をなぜ持たなかったか 山中俊治さんを中心とした会話
「生物は進化の過程で車輪を何故持たなかったか（可能性はあったか）、という話題（…）いつの日か私たちは生物そのものをデザインすることになるだろう。その時ための思考実験」（山中俊治） 追記：このまとめに興味を持たれた方はぜひこちらもご覧ください。「空気と飛行、重力、デザインについて 原研哉さんと山中俊治さんの対話を中心に」 http://togetter.com/li/141585
みんな納豆菌を甘く見ない方がいい - クマムシ博士のむしブロ
image from Wikipedia もしあなたが、納豆菌のことを納豆作りのために必要なだけの貧弱な菌だと考えているなら、それは納豆菌のことをみくびっていると言わざるをえない。 納豆そのものや、納豆菌から産生されるナットウキナーゼが、健康増進作用を持つと代替医療団体やテレビ局によって持ち上げられることもある。だがこれは、納豆菌たちが画策した印象操作にすぎない。 栄養補助食品として販売されるナットウキナーゼ 後述する通り、彼らは本当に恐ろしい奴らなのだ。 納豆菌の学名はバチルス・サブチリス・ナットー(Bacillus subtilis var. natto)。枯草菌のグループに属している。 家庭用に販売されている粉末状の納豆菌 こいつらは、栄養不足になると芽胞を形成する。この芽胞のスペックは半端ではない。まさに不死身ともいえる、驚異的な耐性能力があるのだ。 そのスペックとは、 ・栄養源な
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【やじうまPC Watch】 神経レベルで再現したデジタル生物が2015年登場
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