2019 9/11 インストール追記 KMCは高速なk-merカウントの方法論。初代KMC、KMC2、KMC3が発表されている。ここではversion3のKMC3について記載する。ヒトゲノムの619GBのgz圧縮fastqを89分で分析できたと書かれている（2.3GHzの12コア、HDD２台のストライピング読み書き）(注1)。 インストール 公式HP mac、windows、linuxのバイナリが用意されている。 http://sun.aei.polsl.pl/REFRESH/index.php?page=projects&project=kmc&subpage=download ./kmc #動作確認 #bioconda (link) conda install -c bioconda -y kmc $ kmc -h K-Mer Counter (KMC) ver. 3.0.0 (201

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知っていると便利かもしれない小技から，どーでもいい小技まで．ググったサンプルをコピペして完了！系大学院生が読むと，何か新しい発見があるかもしれません．使わなさ（当社比）を４段階（☆☆☆，★☆☆，★★☆，★★★）で表記しますので，ああ確かに知らなくていいなって思ってください．新しい技を仕入れ次第，更新します． 多次元データへのアクセス 次元を落とさない 使わなさ：☆☆☆（そこそこ役に立つ） デフォルト設定では，行列や配列の一部分にアクセスした場合，その戻り値はできる限り次元を落としたものになります（次元を落とすことを「ドロップする」と言うことにします）．データフレームでも同様です． > x <- array(1:1000, c(10, 10, 10)) > class(x[1, 1, 1]) # 3次元配列 → 要素数1のベクトル（スカラ） [1] "integer" > class(x[1

前回に引き続き、類似度データ解析法の勉強中。 しかしいろんな多変量解析手法がありすぎて、ちょっとパンクしそうです。たくさんの手法をざざっと見る段階は終えて、そろそろ一つ・二つの手法を深く理解しなければ…。 下の総説3つを読んで、基礎理解。 長谷川元洋, 2006, 土壌動物群集の研究における座標付け手法の活用, Edaphologia, (80), 35-64. この論文では、統計ソフトCANOCOを使ってます。RでDCA (Detrended Correspondence Analysis) をおこなう場合は、veganパッケージのdecorana関数を用いる。RDA (Redundancy Analysis) は同じくveganのrda関数。 DCAの第一軸のgradient length (Rの結果ではDCA1のAxis length; 主軸でのSD値？) が4以上か4未満かで、デー

データ内容をシンプルにブラウザで確認できるパッケージです。データサイズ、構成、NA値も確認することができるので以外に便利かと思います。エクセルを読み込むパッケージと合わせて利用すると良いかもしれません。 パッケージバージョンは0.8.2。実行コマンドはwindows 11のR version 4.1.2で確認しています。 パッケージのインストール下記コマンドを実行してください。 #パッケージのインストール install.packages("DataExplorer")実行コマンドの紹介詳細はコマンド内を確認ください。 #パッケージの読み込み library("DataExplorer") library("tcltk") ###データ例の作成##### n = 100 TestData <- data.frame(Group = sample(c(paste0("Group", 1:5)

NECは5月26日、2012年に発表した同社独自の機械学習技術を強化し、数千万サンプル級の超大規模データを用いた学習を大幅に高速化する「分散版異種混合学習技術」を発表した。同社が注力する社会ソリューション事業での活用も期待される技術。2017年度のサービス実用化を目指す。 同日の発表会では、4月に発足したNEC データサイエンス研究所から所長の山田昭雄氏、同技術の開発を牽引する主席研究員の藤巻遼平氏が登壇し、技術背景や具体的なニーズ、適用ソリューション領域などを説明した。

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Rのグラフィック第2弾 さて、前回の記事（第1回）Rを使ったグラフィック -ggplot2- - Data Science by R and Pythonから、時間が少しかかりましたが、ggplot2を持ちいたグラフィックの第2弾を紹介します。 描画要素の配置の指定を行う。 ここで、指定するのは"position"という引数です。これを与えることで表示を変更することができます。特に、有効なのは「棒グラフ」の場合です。積み上げ型の図を書きたい場合もあれば、並べて表示したい場合もありますし、更に「全体を100」にして割合で表示したい場合もあります。こういうのをRの通常のプロットを使ってやるのはなかなか面倒なのですが、ggplot2なら楽々できてしまいます。具体的なコマンドは次の通りです。 setwd("~/Desktop/blog/ggplot2") #library library(ggpl

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丸亀製麺は、天丼屋さんでもある 丸亀製麺といえば、セルフ方式のうどん屋さんとして有名ですよね。基本、みなさん「うどん屋さん」として認識してると思います。 しかしながら我々ガジェット通信編集部はその認識を改めつつあります。 「丸亀製麺は、うどん屋さんであり、かつ、天丼屋さんでもある」 という風に。既に編集部では「丸亀天丼いってくる」といいながら丸亀製麺にでかけるものもいるほどです。みなさんは、丸亀製麺で、天ぷらだけ買っている人をみたことありませんか？ ワタシはあります。 天ぷらだけ買って帰る人もいるぐらい、丸亀製麺の天ぷらは人気なのです。うどんにのっけるのが前提になっているので、コロモがカリッと歯ごたえがあり、おいしいのです。 こうなるともう、 「丸亀の天ぷらで、天丼つくりてぇ」 となるのは時間の問題。 で、それ、できるんです。 なんと丸亀製麺の、うどん注文口で「ごはんください」というと、天

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