応援します。 政治的にっていうと、S先生とのバトルって事で、内情を知る人間であればそれが如何に困難かは知ってるはず。 SさんはCDB内で強すぎますから。 そして、OさんとSさんの関係は、出入り業者や秘書レベルまで、皆知っていること。 「僕はケビンコスナーなんだよ」という発言なんか有名すぎます。 この件、Sさんが鍵というか主犯。 ここ一年くらいOさんとこか広報のとこに入り浸りでしたし、あの前のめり過ぎるプレスはSさんの意向で、全体のストーリーを書いた張本人。 本来は、有頂天になる以前に、冷静な疑義を彼女に突きつけなければならなかった役のはず。 Sさんが

ちょっと、うがった見方をしても良いですか？ いくらなんでも自分の博士論文の時に使った写真をNatureの論文に使うでしょうか？実は、このねつ造のストーリーはS氏とN氏がしたてあげて、それから逃れられなくなったO氏がささやかな抵抗をした、と考えられなくはないでしょうか？誰か気づいてくれ、と。先週のprotocolの発表、そのあとの理研の対応を見ているとそんな気もしてきました。 小保方さんに不正があったという流れだが、本当にそうかもしれないが、 ただ、今の世の中の、情報操作って凄いからね。白いものを黒にしてしまうからね。 STAP細胞は触れてはいけないものだったのかもしれない。 最初はジャブ程度で論文撤回を求められたが、それに応じないと徹底的に潰された。 その流れを見ているとおもしろいよね。 昨日の画像転用は決定的だと思うけど、なぜあれだけ騒がれてたのにあの核心部の転用が今頃わかるの？ STA

ちょっと、うがった見方をしても良いですか？ いくらなんでも自分の博士論文の時に使った写真をNatureの論文に使うでしょうか？実は、このねつ造のストーリーはS氏とN氏がしたてあげて、それから逃れられなくなったO氏がささやかな抵抗をした、と考えられなくはないでしょうか？誰か気づいてくれ、と。先週のprotocolの発表、そのあとの理研の対応を見ているとそんな気もしてきました。 小保方さんに不正があったという流れだが、本当にそうかもしれないが、 ただ、今の世の中の、情報操作って凄いからね。白いものを黒にしてしまうからね。 STAP細胞は触れてはいけないものだったのかもしれない。 最初はジャブ程度で論文撤回を求められたが、それに応じないと徹底的に潰された。 その流れを見ているとおもしろいよね。 昨日の画像転用は決定的だと思うけど、なぜあれだけ騒がれてたのにあの核心部の転用が今頃わかるの？ STA

とりあえず論文が撤回の方向に進んでいるようでいくらか安心しました． 真相の解明までいくか分かりませんので，10%程度の安心ですが． 誤解を受けないように明記しておきますと，今日までこの解析を行うにあたって私は一切の圧力も感じませんでしたし，協力してくださった皆さんのおかげで大変助けられました．頭に血が上った上に何の制限もなかったおかげで，周りが見えなくなって大失敗もしましたが． 一段落したことで今回がSTAPについて書く最後になるかと思います．今回の大本のメディアからも問い合わせを受け，本名を出しても構わないと返答しましたので，これからはコメントをするとしても公式な手続きを踏んだものになるかと思います． ”input”の解析でまだここに書いていなかったものとして，CNV（copy number variation）解析を最後に書き留めます． これはChIP-seqの”input”データとい

私は海外の小さなラボで研究しているものです。ESやiPSは専門ではありませんが、マウスを自由に使える環境にあるので、生後一週間のマウスの脾臓細胞（FACS分離なし）を酸処理した後、B27入り培地（LIFなし)で培養してみました。すると処理条件によっては3日後にOct4をタンパクレベルで検出できました（Westernです。コントロールとして処理前の脾臓細胞から抽出したサンプルを使いましたが全く発現なし。）どうやら、sublethalのストレスによってOct4の発現が誘導されるというのは確かにあるようです。ただし、他の幹細胞マーカーは調べてません（抗体がないので）。また、ここから多能性幹細胞として機能するSTAP細胞あるいはSTAP幹細胞を作成するまでにはかなり遠い道のりがありそうです。 以下は私の想像ですが、当初の研究でOct4がストレスで誘導されるという結果が出て、そこからの希望的観測でス

※以下のエントリは完全に間違いでした．間違いをしたことを隠さないため削除しませんが，主張は過ちであることを注記しておきます． ここまで私はChIP-seqの”input”を元に解析を行ってきました． このデータはまだいくつかのことを教えてくれますが，内容がほぼ学術論文のようになってしまうので，遺伝子発現について先に見たいと思います． 今回彼らが公開したNGSデータはChIP-seqとRNA-seqの実験のものです．このうち遺伝子発現を見るのはRNA-seqであり，いくつかの図を示しています．このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり，扱いづらい（計算時間がかかる）のですが，今知りたいのは大まかなアウトラインなので先頭の50塩基だけを使った解析を行いました．NGSデータに馴染みのない方には何のことかわからないと思いますが，データの一部を取り出して遺伝子発現

kahoさんが本文中で示されたデータから、 「CD45+細胞だけがOct4-GFPのトランスジェニックマウスで，それ以外は違う細胞を使っています」 との結論に至る理由がわからないのですが、どなたか説明できますか？ Oct4-GFP TgマウスはOct4プロモータにGFPをつないだトランスジーンをゲノム上に複数個有するマウスだと理解しています。 解析例はChIP-Seqのinput リードをマウスのリファレンス配列にマッピングした結果だと思いますが、 Oct4プロモータ領域の配列だけが極端に多く読まれている、ということでしたら先の結論も納得できるのですが、そのような図には見えません。 私は理研とは全く関わりがありませんし、小保方氏の論文についても懐疑的ですが、気になったのでコメントさせていただきました。 Dr. Knoefplerのブログのコメントに以下のリンクがありました。これはKahoさ

このエントリはずっと見てますけど、削除されたコメントってなに？ /.Jのシステムでは、日記書いている kahoさん本人はコメントを削除できません。一般的なブログのシステムと違い、/.Jのシステムでは一般ユーザにそういう削除機能が使えるようになっていないのです。 （日記のエントリを丸ごと消すことはできますが、その場合も日記についたコメントだけは残ります） /.Jシステム管理者側はコメント削除が可能ですが、特別な場合がない限り、コメント削除はされません。 本当にコメントが削除されたというなら、Web魚拓なりで証拠を示してもらえませんか。 # つうか、スコアが低くて、デフォルト表示されないだけじゃないの？

現在はどのようになっているかわかりませんが、Natureには読者からの反証データを掲載して、その著者に返答を載せることがあります。ですのでeditorあてにKahoさんがデータと文章を送ればDebateの形で最も科学的に論議しあえると思います。ネット上での反証では周辺の科学者は引用も難しい。ぜひ正式にNatureにデータを添えて疑問をなげかけていただければ、と思います。Retractionとまではいかなくてもそうやって引用されなくなった論文はいくつか知っています。

それから、前の日記にあった反証論文をpeer review誌に、とありますが、お薦めしません。今までNature姉妹誌などに反証論文を何度か掲載していますが、普通の論文を通すよりずっと難しい。意地になって最後までやってましたが、コストも時間も猛烈にかかります。 Natureの編集部と文部科学省の窓口にデータと共に実名でかけあうことです。

STAP論文のpublicly availableなChIP inputをショットガンシーケンス様にアラインし直したところ興味深いことが解った、という一連の日記を興味深く拝見させていただきました。どなたかもおっしゃっていますが、学術雑誌のエディターおよび研究者コミュニティーへの提言ということで、査読論文ではなくてコメンタリーとしてpublishされることをおすすめします。NATUREでしたらBrief Communication、SCIENCEならLettersというセクションがそうなのかな。 学術誌では、既に発表された論文の信憑性に大きな問題があると思われたとき、それを批判しさらには否定するデータをのせたコメンタリーを研究者が実名で発表することはよくあります。内部告発よりも効果的ですし、研究者として正攻法だと思います。例えば、植物分野ですが、２００５年にNATUREに突然変異が不可思議な

私は生物学・医学の門外漢ですが、理化学研究所が行った3月5日の stap細胞手技公開の発表には以下の手続き上の重大な欠陥があると 考えます。 ***** 理化学研究所の3月5日のSTAP細胞作製に関する実験手技解説の発表 には科学者倫理の監査上の手続き上の重大な欠陥が二点あります。 第一の手続き上の重大な欠陥は、当初の理化学研究所の小保方 晴子他が発表した論文(Nature 505,641–647)に他者の論文の不正 転載疑惑とそれに伴う実験不存在疑惑が指摘されており、まず古い 実験機器や試薬を実際に使ったのか理化学研究所内部で倫理監査 として調査・発表すべきだったにもかかわらず調査・発表して いない事です。 第二の手続き上の重大な欠陥は、小保方晴子他が発表した論文 (Nature 505,641–647)の共著者の若山照彦氏が山梨大学に移籍後は STAP細胞の作成ができなくなったという事

小保方たちは、STAP細胞から幹細胞ができたのではなく、もともと存在していた幹細胞が増えてきたと言いたいようだ。その説明で納得している（？）方々が一部にいるようなのではっきりさせておきたい。現在までのところ、「成体マウスの中に存在するpluripotent、totipotentな幹細胞」などというものの存在は、幹細胞業界の常識ではいっさい確認されていない。VSEL, spore like stem cell などは再現性がないためすべて主流派からは否定されている。もし小保方らがそれを再現性よく採取できるというならば驚きであり、Natureに値する。だから、「なーんだ、成体に存在した幹細胞がとれてきただけか」と納得してはいけない。

全く分野外で関係ないコメントして恐縮なんですけど、今回のSTAPを振り返ると、NASAのヒ素細菌を思い出しますね。 あの時も予算とるために、常識を覆す大発見として、マスコミを通じて大々的に報道しましたよね。 あの論文確か未だに撤回されてないですけど、みんなあの時、「ああ、NASAやっちまったな」って思わなかったですかね。 正直今も「NASA」と言って連想するのはあの事件だし、今後もそうだとおもうんですよね。 この流れだと今回は、「ああ、理研やっちまったな」って海外の人から思われるんでしょうね。 そして恐らく、今後も「ああ、あの理研か」って言われるんですよね。 一番迷惑をこうむるのは、理研内部の、分野外の人ですね。 すっごいストーリーでっちあげておいて、間違ってたらグレーゾーンで逃れる。 一体研究って何なのかなあって本当、悲しくなります。 当事者も一流の研究者なのですから、責任と自覚を持って

私事によりここ数日は休暇を取り多忙であったため出遅れてのコメントになります。 そのつもりはなかったのですがこちらでの発言に対して匿名での（卑怯な）告発扱いをされたこともあり最近は実名でTwitter(@caripso)での発言だけにしていました。今回こちらに書くのは140文字では収まらないからですが，色々騒がせてしまったこともありこのアカウントはこのエントリで最後にしようかと考えているところです。 私は調査委員会そのものに呼ばれたことはなく，解析も担当していないため発言には制約を受けないと考えますので思うところを述べていきます。以下の発言は組織とは全く関係なく，私一個人の意見です。 調査報告書に示された残存サンプルの解析は情報量も解析内容も膨大かつ詳細で，感嘆せずにはいられませんでした。 関係者の皆様のご苦労をねぎらうとともに感謝を捧げたいと思います。 一方で，調査対象になった著者のうち事

残念ながら政治的には勝てそうにありません． しかしここを読んだ人に誤解していただきたくないのは，私が孤独な戦いをしているというわけではないということです．むしろ話をした方々は全て私に賛同し応援してもらっており，数の上では私の方が圧倒的なマジョリティだと思っています． 科学雑誌の論文は著者全員の同意がないと著者側からの撤回はできませんので，一人でも意見を曲げない人がいれば強制的に撤回させる方法はないのが現在の制度であるのです． ところでSTAP幹細胞ではTCRの再構成がみられないが，STAPでは見られる，という現在のストーリーですが，前回のTCR領域を見て頂ければ分かりますが，酸で刺激した段階でゲノム再構成はほぼ観察されなくなっています．わずかに含まれるかもしれませんが，殆どの細胞は再構成の起きていない細胞になるはずです．この点，修正を出すなら著者らは説明する必要があるでしょう．STAP幹細

非実名の論客にすら合理的に論破される実験報告は、科学と呼べない。 ただし、私が先にも書いたようにkaho氏にも冷静に誤解されにくい指摘文を作成願いたい。 #この日記を読むまでは小保方氏を信じていたが、今は30%位かな・・・・・

STAPの論文を信じている訳ではありませんが、匿名で"査読なし"の形で こうやって批判を展開されることに違和感を感じます。 科学者としてあまり健全なやり方とは思えないように思います。 (あなたの評判をも落とす可能性があります) 結果に疑義があるなら、まず査読論文誌の反論となるような論文を出版し、 きちんとpeer-reviewがされる査読誌上で議論を展開していくべきでしょう。 #2557225 のACさんの意見に賛成。 自浄作用が働くことをきちんと示すことはアリだと思います。 まぁ、オープンな場でやってくれてもいいとも思いますが。 少なくともそーゆー意味では査読誌はなんだかんだ時間がかかるんで、 そんなとこでちんたらやってる場合じゃない、という感覚は全くもって おかしくないと思います。データや議論を公開してある意味公開査読を うける形に問題があるとはあまり思えません。匿名性についてはなんか

STAPの論文を信じている訳ではありませんが、匿名で"査読なし"の形で こうやって批判を展開されることに違和感を感じます。 科学者としてあまり健全なやり方とは思えないように思います。 (あなたの評判をも落とす可能性があります) 結果に疑義があるなら、まず査読論文誌の反論となるような論文を出版し、 きちんとpeer-reviewがされる査読誌上で議論を展開していくべきでしょう。 #2557225 のACさんの意見に賛成。 自浄作用が働くことをきちんと示すことはアリだと思います。 まぁ、オープンな場でやってくれてもいいとも思いますが。 少なくともそーゆー意味では査読誌はなんだかんだ時間がかかるんで、 そんなとこでちんたらやってる場合じゃない、という感覚は全くもって おかしくないと思います。データや議論を公開してある意味公開査読を うける形に問題があるとはあまり思えません。匿名性についてはなんか

STAPの論文を信じている訳ではありませんが、匿名で"査読なし"の形で こうやって批判を展開されることに違和感を感じます。 科学者としてあまり健全なやり方とは思えないように思います。 (あなたの評判をも落とす可能性があります) 結果に疑義があるなら、まず査読論文誌の反論となるような論文を出版し、 きちんとpeer-reviewがされる査読誌上で議論を展開していくべきでしょう。 #2557225 のACさんの意見に賛成。 自浄作用が働くことをきちんと示すことはアリだと思います。 まぁ、オープンな場でやってくれてもいいとも思いますが。 少なくともそーゆー意味では査読誌はなんだかんだ時間がかかるんで、 そんなとこでちんたらやってる場合じゃない、という感覚は全くもって おかしくないと思います。データや議論を公開してある意味公開査読を うける形に問題があるとはあまり思えません。匿名性についてはなんか